До колкото знам, един от проблемите с макроеволюцията е бил за доста дълго време (и все още е) т.нар. стабилност на видовете. Повечето от видовете във фосилния рекорд (fossil record) са непроменени за милиони (често десетки милион години) след, което внезапно изчезват. Всъщност видове, които плавно преминават от един в друг и в по-следващ (мисля, че конете са много добър пример) са по-скоро изключения от колкото правило. Дори Дарвин е знаел за този факт и това доста го е притеснявало (както и редица други еволюционисти след него). Така възниква теорията за пунктуирания еквилибриум (Punctuated_equilibrium).
Един цялостен пробелм с еволюционната теория е сложността на материята. Докато пиша този отговор на десетина метра от мен има цели рафтове с учебници по еволюционна теория, но всеки път, когато ги взема се отчайвам, защото те приличат по-скоро на учебници за студенти по математика (от горните курсове). Има няколко учебника, които са по-елементарни, но дори там математиката като цяло е на над гимназиално ниво. В същото време научно популярните книги за еволюция винаги те оставят с впечатлението, че има много неща, които стават "зад сцена" и въпреки, че са интересни, не ти дават това, което търсиш - познание - логична теория, отделните стъпки/съждения, на която могат да бъдат проверени (доказани или отхвърлени) от твоя собсвен ум. Това е в общи линии. Станах многословен - извинявай. Мисля, че ако трябва да обобщя - единствено човек с добра математическа и известна биологическа подготовка може да разбере в пълнота модерната (20 век) еволюционната теория.
Поздрави.