tantin

Украина е далеч и много далеч от българския път. Това с военната техника е последното нещо дето може да приближи укрите до нас. България е уцелила подходящото време, откъснала се е от братската прегръдка с СССР  / РФ/  и следва своя път в рамките на Евро-структурите.

Украина е до никъде и преспективите и са за никъде. Ако трябва да правим съпоставки то конфликта Украйна-РФ е аналогичен на спора РСМ - България.  И така както северомакедонците крадат от нашето минало и история по подобен начин укро-нацизма се опитва да си построи велика Украйна с кражба на исторически елементи и с опит за тотално отричане на руското им минало. Но все пак има много разлики, има и доста паралели.  Крим е даден на Украйна от СССР- Хрусчов. А Македония е дефакто подарена на СФРЮ от Г.Димитров и Сталин..  

Общото с нас е това че проблемите са наследство от комунистическото минало. Но все пак Балканите и ние успяхме да се откъснем от това минало и днес сме част от голямата система, без да сме "безмозъчни" и луди промити мозъци относно идеологията на дъгата, обратни, лесбо-педер. истории.. Българите успяхме да си запазим разсъдъка и традициите без да отиваме в тия крайности на демократичната лудост и безнаказаност, неморалност и тотален упадък.. Така че България си има своята мисия и ние можем само да се гордеем с това което сме и това което защитаваме.. А македонци и украинци се опитват да се впишат в световната мода и лудост и понякога го правят успешно, но повечко откъм категорията за лудост... Относно военните стратегии и оръжия няма да коментирам.   Политическата воля е по-важна, но надали Украйна ще успее да намери такава воля за обединение на собствените си или бившите си територии, понеже украинската национална идея е невъзможно да бъде обединена в едно цяло..  По същия начин македонизма няма как да бъде обединителна идея, понеже и там всичко се свежда до кражба.. Кражба на история и фалшификация на фактите. Македонизма е български диалект, късче от българската история, обаче веднъж откъснати и с промити мозъци същите се превръщат в анти-българи...  Украинците са повече македонски аналог, а не българи..  Украинците са по-зле и от македонските ни събратя и ги чака дори по-лоша участ от тази на македонците.. Ние все пак ще си се грижим за нашите събратя, колкото и да ни презират, мразят и неуважават. Ние сме с християнска култура, ние сме толерантни, но все пак си уважаваме традициите и морала.. А украинците са загубили всякакви морални ценности. Все пак да се надяваме че македонските ни събратя няма да тръгнат по пътя на укрите.  Те реално са на опашката, щото за НАТО сега Косово е с приоритет, а ние сме в НАТО.

В други ситуации можеше да сме на обратно: македонците да са в ЕС, а ние да трябва да признаваме македонски малцинства и потомци на Ал. Македонски тук и там. 

Преди 5 часа, Кухулин said:

Тоест трябва сам да си компилирам гено файл? Или има някаква друга система?

Това е системата. Сливаш фаийловете: (merge).

Това се прави на Линукс машина. 

Аз първо ги конвертирам в plink формат: .bed .bim .fam .

След това ги обединявам с plink. Веднъж обърнати в plink формат може директно да се правят ф3 и ф4 статистики.

Адмикстоолс 2 може да работи доректно с plink данни, няма нужда да се обръщат обратно в geno формат.

Аз това съм го отработил, ако ти трябва мога да дам скриптовете.

On 19.06.2023 г. at 22:37, Кухулин said:

Интересна работа. В базата на Райх липсват доста проби от Южната дъга. Например българката I19455 с 296к снипа.

I19455/Tell Kran 2009; grave 8, sample 36 (outside jar; long bone), genetically female.

Мисля че не са ги обединили все още с основната база. Уж са в процес на обновяване на голямата база, но кой ги знае докъде са стигнали. 

Все още сме на v54.1.p1, след дребните козметични промени.  Ако искаш можеш да си ги обединиш, не е проблем, но после базата става още по голяма и трудна за обработка. 

Преди 3 часа, Кухулин said:

Славянските миграции също са различни, вероятно от различни славянски  популации. Не е изключено българските славяни да идват тук като готова омешана популация от "хърватоподобни балканци" и "прасалвяни" (сценарият с HRV_Trogir_Byz_outlier). Или пък някакъв друг сценарий.

Изобщо, не ми е ясна тая работа със сеченията.

Относно сеченията: мисля че му схванах замисъла на Стоян:

Примерно имаме едно славянско ядро от Карпатите, някъде в Южна Полша.

От там едни славяни хващат западния маршрут и се оказват в западните Балкани. Хървати и сърбите примерно.

Други обаче идват от към Румъния и Онгъла.

Сечението на едните и другите трябва да ни даде същинския пра-славянски компонент от Карпатите.

Да ама след много търсене и сметки Стоян ги изчислява че сечението се получава не от славянско ядро, а някакви си скити или сармати. Което е голям ядец.. 

Преди 1 час, Южняк said:

Кухулин, котиас си ползвал ама котиас го отпиши. за кавказец. тоя е над 50% неолитен фермер. то и аз се подведох покрай теб и ползвах котиас за определяне на какваз, без да знам че е котиас, щото си му сменил името.. котиас е дълбоко смесен. да, знам че ти звучи странно. тоя е твърде стар, на 20-на хил г. по това време неилитните фермери от анатолия са баш там, в грузия. мътна работа. но да знаеш че котиас не става. е, до нови срещи.

Това малко пресилено ми се струва, че КК1 Котиас е 50% неолитен фермер. 

Ако КК1 е 50 % неолитен фермер, то тогава кой е същинския КЛС?  Сори, ама няма по- добри представители за КЛС от КК1 и другия кавказец от Сатсубрила. Satsurblia cave.

После пак там се набутват и иранските неолитчици и влизаме в теоретична дискусия кой какъв е.

За капак - финладските еленовъди -Саами също показват някаква близост с Кавказците КЛС. И въбще цяла Европа от Неолита насам показва близост към КЛС.

Изключение разбира се са ЗЕЛС - WHG.

Примерно тук си заслужава да кажем нещо и за Джуджуана. Джуджуана са наследници на късния бачо-кировец и на руменеца от пещерата Муерти.  Джу. се явяват нещо като предшественици на КЛС и също на Анатолийския Неолит.

Но докато пътя към ЗЕЛС е добре утъпкан и виждаме много представители от различни времена, то пътя към Кавказ и Анатолийския неолит е много разкъсан и разхвърлян, тук таме някое камъче и нищо...  Премного празнини.

Преди 5 часа, Стоян Денев said:

Трябва да изчетеш цялата 20 страници боза на тролчето Таня, че да отсеяш материалите и резултатите.

Стоянчо, не ме набутвай пак мене. Темата си е твоя и ти я разработваш. Аз само съм се обаждал тук и там за разяснения и поддържане на интереса. Аз съм твой фен, знаеш. Дори много те хваля, щото ти ни даде тука базовите насоки как да ползваме базата. Заради тебе изгорихме толкоз неврони и загубихме много часове в ровичкане по сниповете.. Ама това е. По- лесно е от това да се копае земята и да се стържат старите кости и грънците.

Все пак малко доуточнение: как се получават конкретните стойности за построяване на heatmap?

Вземаме византиеца за база за сравнение.

Гледаме кой е най близко до него: 99.

Византиеца спрямо себе си е на 100 процента блозост.

Съседа му е на 99.9 процента.

Следващия да речем че е на 87 процента близост.. И така нататък.

Най-отдалечените ще са на 0 процента близост.

Тоест таблицата за heatmap e обратно пропорционална на генетичната близост.  Най високата стойност е към референтния индивид за сравнение.

Преди 2 часа, Кухулин said:

Тези стойности в какви единици са? В смисъл - как са получени?

Тези стойности в таблицата се построяват на база разтоянията между всеки 2 индивида (или групи съответно).

Подобно на ПСА таблицата.

Като оцветим таблицата в цветови код, съответстващ на разтоянието се получава heatmap.

Разтоянията в примера на Южняка се формират така:

Ф3(мбути, тест1 , тест2)

Диагоналните стойности са всеки по себе си и затова са нулеви.

Съответно таблиците са симетрични, огледални по диагонала.

Над и встрани от таблицата се дава схемата с клъстърите. Тези схеми се наричат дендрограм или филограм в биологията.

Преди 2 часа, Южняк said:

ф3 (Мбути; х,у)всеки с всеки; най-голям общ дрифт имат аустриа клоустен..роман.сг с аустираклоустен- не знам си какво романсг -оут; което се приравнява на 100; оттам нататък е скала надолу спрямо размера общ дрифт на аустриа клоустен..роман.сг с аустираклоустен; т.е. примерно алан/монголия имат 26% общ дрифт, ако вземем общия дрифт между аустриа клоустен..роман.сг и аустираклоустен- не знам си какво романсг -оут за 100; т.е. ако дрифта на двамата римски войника от австрия помежду им възлиза на  100 снп-та, дрифта между алани и монголци възлиза на 26 снп-та, ; ако дрифта между австрийците възлиза на 4000 снп-та (от общо 500 хиляди), дрифта между алани и монголци възлиза на 1000 снп-та (пак от 500 000). т.е. 100 не значи изобщо автоматично сто процента, а само най-високото количество общ дрифт между коя да е сравнявана двойка. И...започваш да виждаш някои закономерности...междувпрочем, когато ти казах, че Тантин може да ти го обясни, не се шегувах. Питай го и ще видиш, че ще ти обясни техниката. Прави се с адмикстуулс 2. това, дето го обсъждаме тука.

Горе доли съм наясно, но не съм чак толкоз навътре че да обяснявам. Пробвал съм да пускам подобни, но и съм позабравил.

Виждам че ти директно от Ф3 статистиките ги извеждаш.

Аз ползвах едни скриптове от Нгансан ( или както му беше там името) , от ПСА данните може да се прави директно хийтмап и клъстърен анализ.

Мерси за похвалите Южняк! Пробваме се, но има много какво още да се желае.

Преди 1 час, Южняк said:

Недей да се отказваш, ти за нула бройки напредна супермного. Иначе се чувствах като ви чета и тебе, и тантин напоследък. Тантин знае повече, отколкото покава, обаче има някакви странни сривове на моменти в интерпретациите. Кухулин, хубави са ти моделите и всичко е така, както го казваш. българите могат да се моделират по доста начини, с алани е само един от тях. самоводене е странен, има някакъв непревземаем дрифт в него, или е нещо близко до акъла, но аз не се сещам. няколко графики с адмикстуулс, тантин ще ти обясни как съм ги направил, той знае. ф3 хийтмап с използвани мбуту за оутгруп. дето се викаше едно време във форума, луда работа... славпро са ав1 и ав2, лонгсоут са 3-те щжни генома от сзолад лонгобардското гробище, сзстеп са 3-те генома със степен компонент пак от лонгобарското гробище, лсармат са 10-тина късносарматски генома от 4-5 в. унгарияо станалите май са ясни. 100 не е равно на 100% от генома, а на максималния брой споделени снп-та от коя да е от двойките, 0 не е 0% а двойката с най-малко общи снп-та. Значи, ако си снабито око, тука, почват да се виждат едни интеревсни цветови патерни, обединяващи някои популации, намекващи за общност. самоводене, уви, е башка; това дето съм го написал в червено като 20% не е двадесет процента, а 20 в скалата от 0 (двойката с най малко общи снп-та) до 100 (конкретната двойка с най-много общи снп-та.) аланът има някакво далекоизточно днк, както и сам се сети; за съжаление, самоводене не влиза в никоя от групите, както виждаш; има там нещо аланско, но слабо, има монголско, пак слабо, но по същество не се групира в популации. но пък след малко ще ти пусна един интересен кп админ за него..

Много добре я подкарахте темата! Браво!

Поздравления и за вкарването на heatmap в играта.

Аз обичам когато се дава също цветния код - като легенда, кой цвят на накво разтояние съответства.

Вижда се тука че по топлите, червените цветове са по-близките.

Съответно сините се раздалечават.

На база тия разтояния се прави клъстърния анализ, съответно групирането по клъстъри.

Клъстърите са дадени като линийки, дървовидната структура над и встрани от таблицата.

На мен повечко ми се струва че има някакъв балкански компонент, групирани около византиеца , виждаме много стабилно ядро което е доста разнородно но се е стабилизирало и умножило.

Преди 12 часа, Кухулин said:

Сега погледнах пак началото на темата. Не мога много ясно да разбера каква е тезата, но връзката на съвременните българи с Капитан Андреево и със сарматите се доказва достатъчно просто:

Друг е въпросът, че КА не е директен компонент, дори само по хронологични причини. Връзката явно минава през по-късни популации, според мен близки до BGR_Anc и BGR_RomByz.

Тезата на Денев доколкото си спомням бе доста екстравагантна. Украинските скити при него са основополагаща ключова популация и чрез тях той доказва всякакви други. Но не се знае дали Денев все още е на същата позиция или вече се е отместил.  Един вид всякакви славяни и прабългари стават излишни при модела Денев.

Смесваме скити и траките от КА и хоп: готово. Имаме ги средновековни и съвременните българи.

Преди 5 часа, Tomata said:

“Разлика в понятията долавя и В. Степин, според когото „Понятието антинаука се фиксира посредством множество термини: девиация на науката, паранаука, псевдонаука и накрая, лъженаука“^[7].

На български двата термина псевдонаука и лъженаука се използват в най-общия случай взаимозаменяемо, но в научните среди се предпочита първият^[3]. Според Л. Гурова проблемът с псевдонауката е претенцията ѝ за научност, защото тя се стреми да отклони средства от науката и по този начин я злепоставя ^[3].“

Т.е  проблемът както винаги е чисто финансов...или защо не личностен- накърнено Его etc.  Всичко това е следствие на един единствен критерий за простота наречен „научен метод“  който за щастие все още не изключва обсъждане и отхвърляне на грешни хипотези. Инструмент за това е същият този научен метод, към когото много от тук присъстващите уж се придържат.. 

Има още един термин: алтернативна наука.

В смисъл на друга наука.  Алтернативната наука може да си седи в сянка, да не се изввява и рекламира, да чака за по-добри времена или за нови факти и доказателства.

Ето кадри от разходката на Краус из тракийските гробници. Вероятно по тоя проект са новите резултати дето вече са ни достъпни. Но предполагам че официалната им  публикация може още да не е готова.

Тия от "Юнаците" ми се видяха много интересни..  I2a haplogroup. Най -интересното предстои...

Преди 2 часа, Стоян Денев said:

Южняк, танин точно си троли. Но си мисли, че ако е учтив, някак си му се е получило. Това е, когато са ти преподавали, как да спретваш манипулации в библиотекарския. Но си яко тъп и си личи. :-D.

Остави ги тия приказки за друго време. Кажи по-добре Стояне докъде ги докара твоите сметки с капитан-андреевците и скитите..

Тия дни изскачат на бял свят още проби от МаксПланк, това са доста стари проби, вероятно са насъбрани още преди 5-6 години от Йоханес Краус, но сега излизат на бял свят. Гледам вече южняка се включи в дискусията в андроженика. Там ги има и пробите достъпни за сваляне, съответно Юнаците, Варна, Бояново и от Румъния.

Аз нямам време да правя проверки, разкачил съм системата ми заради ремонт.. Само поглеждам през телефона какво ново тук и там.  Вероятно ще съм на линия след 10 дена. Това е.

Преди 12 часа, Кухулин said:

Анатолийка, с много.

Това ли показва Ф4?  

По моите наблюдения месопотамците са разновидност на анатолийците.  На ПСА графиките са близки едни спрямо други, месопотамците са съпоставими повече с тия от Левант - Израел.

Преди 25 минути, Кухулин said:

Този въпрос трябва да го зададеш на Лазаридис.

То реално мога и на себе си да го задам и да направя проверката, но съм се хванал да боядисвам една стая...  Ти ако сложиш една две проби може да кажеш дали Джулюница са повече анатолийци или месопотамци.

Преди 46 минути, Кухулин said:

При по-сериозна проверка аутгруп-ф3 статистиката показа, че хърватското и джулюнишкото желязо имат по-висок месопотамски компонент от Розово. Тоест аргумент номер 3 е невалиден.

Пълен код:

> result_f3 = f3 ("C:/AdmixTools/Dataset/v54.1.p1_1240K_public", verbose = T,
+              c ("Mbuti.DG"),
+              c ("Mesopotamia"),
+              c ("SRB_Iron_Gates_HG",
+                 "BGR_Dzhulyunitsa_IA",
+                 "HRV_IA",
+                 "BGR_Anc",
+                 "GBR_England_Bell_Beaker"))
ℹ Computing from f3 from genotype data...
ℹ Reading metadata...
ℹ Computing block lengths for 1150639 SNPs...
ℹ Computing 5 f3-statistics for block 713 out of 713...
ℹ Summarize across blocks...
> result_f3[order(result_f3$est),]
# A tibble: 5 × 8
  pop1     pop2        pop3                      est      se     z     p      n
  <chr>    <chr>       <chr>                   <dbl>   <dbl> <dbl> <dbl>  <dbl>
1 Mbuti.DG Mesopotamia SRB_Iron_Gates_HG       0.269 0.00227 119.      0 861146
2 Mbuti.DG Mesopotamia GBR_England_Bell_Beaker 0.276 0.00220 126.      0 857898
3 Mbuti.DG Mesopotamia BGR_Anc                 0.279 0.00291  95.7     0 346647
4 Mbuti.DG Mesopotamia HRV_IA                  0.279 0.00230 122.      0 785255
5 Mbuti.DG Mesopotamia BGR_Dzhulyunitsa_IA     0.283 0.00273 104.      0 605558
>

Аргумент номер 2 също не е валиден, тъй като 5-компонентният модел не е възпроизводим. И в ф4 статистиките липсва завишен дисбаланс КЛС-ИЕЛС.

С други думи на този етап няма обективни причини  да разглеждаме Розово отделно от местното желязо.

 

 

А защо да е Месопотамски, а не Анатолийски, неолитен?

Месопотамския като цяло е под въпрос що за група са. Докато при анатолийците гъмжи от цивилизация, особено тия от Гьобекли тепе.

Преди 16 часа, Южняк said:

ОТ: ползваш ли qpfstats = true при екстракция на ф2 със запазване в диска в експериментите сио досега?

 

Южняк, ти задаваш въпроси дето и на английски и на бушменски да питаш трудно ще ти отговорим. Дотам не сме стигнали,  и аз не съм стигнал още и не знам за какво става дума. Аз му дадох основните насоки на Кухулин и му се възхищавам на ентусиазма .   Обаче в тънкостите с Ф3/Ф4 , още не сме толкова супер напреднали. Аз обаче си имам самочувствие, понеже на първо място ползвам ПСА, а статистиките са ми само за доуточнение.

Ти не си най-добрия инструктор за начинаещи, сори че се налага да ти го кажа. Стоянчо Денев беше къде къде по-търпелив с такива като нас докато не му издържаха нервите, щото някой хора го провокираха, пък и той самия такива тези защитаваше че ти знаеш как е там работата...

Относно Маготин: няма лошо с беневолството, няма лошо да е координатор.. Никой няма да го критикува за тая му дейност. Напротив. Само похвали, дори и за медал ако трябва да го предложим.. Но относно историческо-генетическите му тълкувания: ами аз поне доколкото те следвам теб и доколкото виждам какви позиции отстоява Маготин: вие от съдружници се превърнахте във върли врагове и не знам как въобще се понасяте.. Но евала на приятелстовото ви и че го защитаваш.. Аз поне доколкото ви следя позициите: ти реално го отричаш, ти си на съвсем друго мнение по отношение прабългарите.. Докато Маготин си знае за някакви си кавказци и алани и сармати.. Те били същинските прабългари.. Евала и похвали на Кухулин че се нагърби с тая неблагодарна задача да развенчае тоя глупав мит дето такива като Маготин се опитаха да пробутат,  че едва ли не прабългарите били някакви си кавказци и алани, при това индо-европейци .. И прочие недомислици..  Аз нямам нищо против една таква теза да бъде отстоявана, но Маготин ползва погребения и архитектура за да го доказва.  В генетиката досега Маготин е чист асистент и секретарка, координатор на проект.. Да му давате думата за главен говорител, анализатор, и експерт по генетиката, сори приятелю...  Колкото и да не разбираме, вече от тук и оттам има хора дето разбират това и онова.. Тая работа с Кавказкия произход хич, ама хич не виждам как Маготин може да я отстои.. То реално ти си тоя дето ще му сложи пръта в колелото, но не разбирам що го оставяте човека да си развихря фантазията и да мъти вода на пресните риби, дето не знаят за какво става дума..  

Преди 10 минути, Tomata said:

Ето един по-сложен казус- старобългарското „олово“. Ако идва от плумбум или галенит ще е много странно.. или от „лея/полея“ може би?

Олово, изглежда че е старославянска / старо-българска / дума, което ще рече че е древна дума на поне 1000 години  че и доста повече.. 

Цитирай

Слово олово — общеславянское, однако в некоторых славянских языках такое же или однокоренное слово (польск. ołów, чеш. olovo, серб. олово, белор. волава и др.) используется для обозначения другого, внешне похожего металла — свинца. Слово олово имеет соответствия в балтийских языках (ср. лит. alavas, alvas, латыш. alva — «олово», прусск. alwis — «свинец»). Оно является суффиксальным образованием от корня ol- (ср. древневерхненемецкое elo — «жёлтый», лат. albus — «белый» и пр.), так что металл назван по цвету^[7].

ср. лит. alavas, alvas, латыш. alva — «олово»

Тоест Олово директно го извеждаме от литовската и латвийската версия, а те пък са свръзани с латинското: albus  което ще рече "бял".

Преди 1 час, Стефан Атанасов said:

     Както е добре известно Иван Михайлов се бореше за независима македонска държава със столица Солун, в която съставящите я народи да бъдат българи, турци и гърци. Да си представим, че това се беше осъществило, а Иван Михайлов го избират за министър-председател. Българи в една такава държава ще се наричат той и хората от неговото поколение. Но техните деца или внуци вече ще бъдат македонци, независимо от езика с който си служат. Където има държава, има и нация. Книгата на Иван Михайлов се нарича „Македония – Швейцария на Балканите“. Дава я като пример, но там французи, немци и италианци са били само първите едно-две поколения. Сега всички са швейцарци, независимо дали говорят на френски, немски или италиански. Същото важи и за Македония.

Добре си го формулирал като идея... Но оттук нататъка накъде?

Ако забелязваш швейцарците са най-неутралната нация на Европа, ако не и на планетата....

 Швейцарците се въздържат от участие в военни блокове и това не се знае откога.. Причината е проста. Швейцарците си имат и италианци, и германци и французи че и други.. Няма как швейцарците да влязат в коалиция с някого без това да отприщи техни вътрешни проблеми и противоречия.. И затова това им е основна политика, политика на изолираност и неутралност. Изолацията при тях е много относителна. Реално те приемат парите на хора от цял свят и добре се грижат за тях.. Но в същото време си затварят очите за политически и военни съюзи и прочие..

Македонците не могат да се похвалят с неутралност. Те се карат и с гърци и с албанци и с българи. И като че ли най-големи приятели са им сърбите, но не сегашните сърби, а онези от СФРЮ. Щото сегашните сърби са нещо доста различно..

Ако македонците искаха да са Швейцария на Балканите, то те щяха да са много по открити, по гостоприемни, по благородни и прощаващи.. А те са по-скоро някакви злостни отмъстители, бетер украинци... Гърците им криви, щото не им дават историята с Ал. Македонски. Ние сме им криви, щото не им даваме да си размотават фанатазията и коня с славянската писменост..Вероятно и албанците са им криви, но там ножа е до кокала.. А са казали нещо лошо за албанци, а им се е отцепила 1/3 от Македонията с албано-говорящите македонци...

Дори и да беше жив Ванчето Михайлов, надали щеше да сътвори някакво си чудо.... Няма я базата, няма ги ресурсите, няма ги условията.. Македония е слаба ракия.. Напъват се и ги измислят никакви си.. Сами си се набутват в ситуации без изход.. На Европа не и е нужна Втора Украйна..  Особено когато България е вече в НАТО и в ЕС.. Ако България беше нещо като съюзник на Русия в някакъв азиатски съюз, то YES,  Македония щеше да приложи формулата на Украйна и България щеше да им плаща репарации  во веки веков... Ама НЕ>>.   Няма как да стане тая работа.. Македонците са изостанали, извън времето,  реформите им са до никъде, промишлеността им я няма, инвестициите им ги няма..  Единственото за което да се хванат е езика и азбуката.. Ама пак не са познали.. Щото древната държава се казва България.. А тяхната Македония е най-изостаналата и захвърлена област от България.. Проблема си е техен..  Трябва да се оставят съвсем  да закъсат и сами да търсят помощ и закрила от България..  А не да им се наливат пари и оръжия и после с тия пари и оръжия да се стреля по България..... 

Преди 3 часа, Кухулин said:

Ще извиняваш за дърварското изпълнение, ама не сме на конкурс за кодери  

Мерси за проверката.  Извода какъв е?  От тия 16 хиляди в последната версия на Райх към 4000 се повтарят.  Тоест остават ни 12 000.  А тия повторения са досадни, щото забавят изчисленията.  И други ефекти имат.  А като ги погледнем на ПСА  - явяват се 3 точки една до друга за все същия индивид. 

Да речем че в качествения контрол преминат бариерата 2500 от тия с повторенията.  За съжаление с повторенията  обаче бройката им става над 5000 .

Тоест ние се напъваме с бавните компютри да изчислим група от 10 хил . индивида.  Лаптопа се задъхва и пращи от всякъде, може и до 24 ч. да върти сметки.. И накрая се оказва че сметките са били за лудо, щото не сме изчистили повторенията и сме смятали за едни и същи индивиди... 

--

Моите скриптове са къде къде по-дърварски    . Ти си по напреднал .  Аз си карам съвсем по аматьорски с R студиото.  Половината ми скриптове съм ги накласил с търсачката на гугъла. 

Преди 26 минути, Кухулин said:

И двете бази ползвам, същата работа.

При мен се получават:

# A tibble: 12 x 7
   pop1                pop2                      pop3                        est      se     z     p
   <chr>               <chr>                     <chr>                     <dbl>   <dbl> <dbl> <dbl>
 1 Turkey_Kumtepe_N.SG Armenia_EBA               Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.158 0.00124  127.     0
 2 Turkey_Kumtepe_N.SG BK-1653_noUDG             Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.160 0.00143  112.     0
 3 Turkey_Kumtepe_N.SG Chan_noUDG.SG             Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.161 0.00140  115.     0
 4 Turkey_Kumtepe_N.SG Chimp.REF                 Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.159 0.00133  120.     0
 5 Turkey_Kumtepe_N.SG LaBrana1_noUDG.SG         Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.163 0.00144  113.     0
 6 Turkey_Kumtepe_N.SG mota_noUDG.SG             Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.161 0.00138  117.     0
 7 Turkey_Kumtepe_N.SG R15.SG                    Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.164 0.00142  116.     0
 8 Turkey_Kumtepe_N.SG Russia_Samara_EBA_Yamnaya Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.167 0.00129  130.     0
 9 Turkey_Kumtepe_N.SG TUR_Marmara_Barcin_N      Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.154 0.00105  147.     0
10 Turkey_Kumtepe_N.SG Turkey_Kumtepe_N.SG       Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0     0        NaN    NaN
11 Turkey_Kumtepe_N.SG Yana_old_noUDG.SG         Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.162 0.00140  116.     0
12 Turkey_Kumtepe_N.SG ZKU002_noUDG.SG           Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.162 0.00139  116.     0

Ето и лог файла:

i Reading allele frequencies from packedancestrymap files...
i v54.1_1240K_public.geno has 16466 samples and 1233013 SNPs
i Calculating allele frequencies from 65 samples in 12 populations
i Expected size of allele frequency data: 256 MB
1233k SNPs read...
√ 1233013 SNPs read in total
! 58226 SNPs remain after filtering. 49250 are polymorphic.
i Allele frequency matrix for 58226 SNPs and 12 populations is 10 MB
i Computing pairwise f2 for all SNPs and population pairs requires 235 MB RAM without splitting
i Computing without splitting since 235 < 8000 (maxmem)...
i Data written to D:\temp/

- участват 58к снипа.

Голямата база е с това име: v54.1.p1_1240K_public

aadr_v54.1.p1_1240K_public

1240K  са броя на сниповете,  1240 000 .

Съответно може да ползваш и някоя по-стара. Тия най-последните версии са доста раздути. Имат много дупликати и тройно-повтарящи се.

Каква полза да има 15 000 древни индивида, като много от тях ги има в 3 версии. Тоест реално са само 5000 и другите са повторения.   Но да речем че повтарящите и три-пъти повтарящите се не са чак толкоз много.. Реално данните са същите и по стартите бази,  просто в новите версии са включени много нови изследвания.  Това обаче прави базата огрмна и трудна за обработка. 

Преди 5 минути, Кухулин said:

Покритието не е чак толкова ниско - 126к. В оригиналното изследване връткат всякакви статистики:

Table S5: Key results obtained from D-statistics D(Outgroup, pop1; pop2, pop3). (Related to Figure 4A)

https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S096098221501516X-mmc1.pdf

И въпреки това базата на Райх нищо не дава:

 

Иначе пробите от Кумтепе имат доста интересен геном, само че нещо са ги окастрили...

Забележи следното:  ти тука ползваш базата: _HO_public

Тази база не е с 1240к, а е само с 500к . Ако ползваш голямата база 1240к  то Turkey_Kumtepe_N  е само на 10%.

Друг е въпроса дали тези 126 к се проектират в областта на 500к или извън тях.

За предпочитане да ползваш голямата база, така има по-голям шанс да имаш покритие по същите снипове. 

HO_public се ползва основно за съвременни индивиди, където имаме предостатъчно покритие и информация.   За древните индивиди за предпочитане да се ползва голямата база. 

В другия файл към същата публикация са дали анализ, горе долу пълен анализ:

https://www.cell.com/current-biology/pdfExtended/S0960-9822(15)01516-X

Резултатите им потвърждават че тоя е много сходен с Щутгартския фермер и Айс-мен. (ледения човек от Алпите). Единствената разлика дето показват те при много-компонентния анализ е че тоя има по-голям кавказки компонент.