
tantin
Потребител-
Брой отговори
6502 -
Регистрация
-
Последен вход
-
Days Won
25
ВСИЧКО ПУБЛИКУВАНО ОТ tantin
-
Горе доли съм наясно, но не съм чак толкоз навътре че да обяснявам. Пробвал съм да пускам подобни, но и съм позабравил. Виждам че ти директно от Ф3 статистиките ги извеждаш. Аз ползвах едни скриптове от Нгансан ( или както му беше там името) , от ПСА данните може да се прави директно хийтмап и клъстърен анализ. Мерси за похвалите Южняк! Пробваме се, но има много какво още да се желае.
-
Много добре я подкарахте темата! Браво! Поздравления и за вкарването на heatmap в играта. Аз обичам когато се дава също цветния код - като легенда, кой цвят на накво разтояние съответства. Вижда се тука че по топлите, червените цветове са по-близките. Съответно сините се раздалечават. На база тия разтояния се прави клъстърния анализ, съответно групирането по клъстъри. Клъстърите са дадени като линийки, дървовидната структура над и встрани от таблицата. На мен повечко ми се струва че има някакъв балкански компонент, групирани около византиеца , виждаме много стабилно ядро което е доста разнородно но се е стабилизирало и умножило.
-
Тезата на Денев доколкото си спомням бе доста екстравагантна. Украинските скити при него са основополагаща ключова популация и чрез тях той доказва всякакви други. Но не се знае дали Денев все още е на същата позиция или вече се е отместил. Един вид всякакви славяни и прабългари стават излишни при модела Денев. Смесваме скити и траките от КА и хоп: готово. Имаме ги средновековни и съвременните българи.
-
Има още един термин: алтернативна наука. В смисъл на друга наука. Алтернативната наука може да си седи в сянка, да не се изввява и рекламира, да чака за по-добри времена или за нови факти и доказателства.
-
Остави ги тия приказки за друго време. Кажи по-добре Стояне докъде ги докара твоите сметки с капитан-андреевците и скитите.. Тия дни изскачат на бял свят още проби от МаксПланк, това са доста стари проби, вероятно са насъбрани още преди 5-6 години от Йоханес Краус, но сега излизат на бял свят. Гледам вече южняка се включи в дискусията в андроженика. Там ги има и пробите достъпни за сваляне, съответно Юнаците, Варна, Бояново и от Румъния. Аз нямам време да правя проверки, разкачил съм системата ми заради ремонт.. Само поглеждам през телефона какво ново тук и там. Вероятно ще съм на линия след 10 дена. Това е.
-
Южняк, ти задаваш въпроси дето и на английски и на бушменски да питаш трудно ще ти отговорим. Дотам не сме стигнали, и аз не съм стигнал още и не знам за какво става дума. Аз му дадох основните насоки на Кухулин и му се възхищавам на ентусиазма . Обаче в тънкостите с Ф3/Ф4 , още не сме толкова супер напреднали. Аз обаче си имам самочувствие, понеже на първо място ползвам ПСА, а статистиките са ми само за доуточнение. Ти не си най-добрия инструктор за начинаещи, сори че се налага да ти го кажа. Стоянчо Денев беше къде къде по-търпелив с такива като нас докато не му издържаха нервите, щото някой хора го провокираха, пък и той самия такива тези защитаваше че ти знаеш как е там работата... Относно Маготин: няма лошо с беневолството, няма лошо да е координатор.. Никой няма да го критикува за тая му дейност. Напротив. Само похвали, дори и за медал ако трябва да го предложим.. Но относно историческо-генетическите му тълкувания: ами аз поне доколкото те следвам теб и доколкото виждам какви позиции отстоява Маготин: вие от съдружници се превърнахте във върли врагове и не знам как въобще се понасяте.. Но евала на приятелстовото ви и че го защитаваш.. Аз поне доколкото ви следя позициите: ти реално го отричаш, ти си на съвсем друго мнение по отношение прабългарите.. Докато Маготин си знае за някакви си кавказци и алани и сармати.. Те били същинските прабългари.. Евала и похвали на Кухулин че се нагърби с тая неблагодарна задача да развенчае тоя глупав мит дето такива като Маготин се опитаха да пробутат, че едва ли не прабългарите били някакви си кавказци и алани, при това индо-европейци .. И прочие недомислици.. Аз нямам нищо против една таква теза да бъде отстоявана, но Маготин ползва погребения и архитектура за да го доказва. В генетиката досега Маготин е чист асистент и секретарка, координатор на проект.. Да му давате думата за главен говорител, анализатор, и експерт по генетиката, сори приятелю... Колкото и да не разбираме, вече от тук и оттам има хора дето разбират това и онова.. Тая работа с Кавказкия произход хич, ама хич не виждам как Маготин може да я отстои.. То реално ти си тоя дето ще му сложи пръта в колелото, но не разбирам що го оставяте човека да си развихря фантазията и да мъти вода на пресните риби, дето не знаят за какво става дума..
-
Олово, изглежда че е старославянска / старо-българска / дума, което ще рече че е древна дума на поне 1000 години че и доста повече.. ср. лит. alavas, alvas, латыш. alva — «олово» Тоест Олово директно го извеждаме от литовската и латвийската версия, а те пък са свръзани с латинското: albus което ще рече "бял".
-
Добре си го формулирал като идея... Но оттук нататъка накъде? Ако забелязваш швейцарците са най-неутралната нация на Европа, ако не и на планетата.... Швейцарците се въздържат от участие в военни блокове и това не се знае откога.. Причината е проста. Швейцарците си имат и италианци, и германци и французи че и други.. Няма как швейцарците да влязат в коалиция с някого без това да отприщи техни вътрешни проблеми и противоречия.. И затова това им е основна политика, политика на изолираност и неутралност. Изолацията при тях е много относителна. Реално те приемат парите на хора от цял свят и добре се грижат за тях.. Но в същото време си затварят очите за политически и военни съюзи и прочие.. Македонците не могат да се похвалят с неутралност. Те се карат и с гърци и с албанци и с българи. И като че ли най-големи приятели са им сърбите, но не сегашните сърби, а онези от СФРЮ. Щото сегашните сърби са нещо доста различно.. Ако македонците искаха да са Швейцария на Балканите, то те щяха да са много по открити, по гостоприемни, по благородни и прощаващи.. А те са по-скоро някакви злостни отмъстители, бетер украинци... Гърците им криви, щото не им дават историята с Ал. Македонски. Ние сме им криви, щото не им даваме да си размотават фанатазията и коня с славянската писменост..Вероятно и албанците са им криви, но там ножа е до кокала.. А са казали нещо лошо за албанци, а им се е отцепила 1/3 от Македонията с албано-говорящите македонци... Дори и да беше жив Ванчето Михайлов, надали щеше да сътвори някакво си чудо.... Няма я базата, няма ги ресурсите, няма ги условията.. Македония е слаба ракия.. Напъват се и ги измислят никакви си.. Сами си се набутват в ситуации без изход.. На Европа не и е нужна Втора Украйна.. Особено когато България е вече в НАТО и в ЕС.. Ако България беше нещо като съюзник на Русия в някакъв азиатски съюз, то YES, Македония щеше да приложи формулата на Украйна и България щеше да им плаща репарации во веки веков... Ама НЕ>>. Няма как да стане тая работа.. Македонците са изостанали, извън времето, реформите им са до никъде, промишлеността им я няма, инвестициите им ги няма.. Единственото за което да се хванат е езика и азбуката.. Ама пак не са познали.. Щото древната държава се казва България.. А тяхната Македония е най-изостаналата и захвърлена област от България.. Проблема си е техен.. Трябва да се оставят съвсем да закъсат и сами да търсят помощ и закрила от България.. А не да им се наливат пари и оръжия и после с тия пари и оръжия да се стреля по България.....
-
Мерси за проверката. Извода какъв е? От тия 16 хиляди в последната версия на Райх към 4000 се повтарят. Тоест остават ни 12 000. А тия повторения са досадни, щото забавят изчисленията. И други ефекти имат. А като ги погледнем на ПСА - явяват се 3 точки една до друга за все същия индивид. Да речем че в качествения контрол преминат бариерата 2500 от тия с повторенията. За съжаление с повторенията обаче бройката им става над 5000 . Тоест ние се напъваме с бавните компютри да изчислим група от 10 хил . индивида. Лаптопа се задъхва и пращи от всякъде, може и до 24 ч. да върти сметки.. И накрая се оказва че сметките са били за лудо, щото не сме изчистили повторенията и сме смятали за едни и същи индивиди... -- Моите скриптове са къде къде по-дърварски . Ти си по напреднал . Аз си карам съвсем по аматьорски с R студиото. Половината ми скриптове съм ги накласил с търсачката на гугъла.
-
При мен се получават: # A tibble: 12 x 7 pop1 pop2 pop3 est se z p <chr> <chr> <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> 1 Turkey_Kumtepe_N.SG Armenia_EBA Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.158 0.00124 127. 0 2 Turkey_Kumtepe_N.SG BK-1653_noUDG Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.160 0.00143 112. 0 3 Turkey_Kumtepe_N.SG Chan_noUDG.SG Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.161 0.00140 115. 0 4 Turkey_Kumtepe_N.SG Chimp.REF Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.159 0.00133 120. 0 5 Turkey_Kumtepe_N.SG LaBrana1_noUDG.SG Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.163 0.00144 113. 0 6 Turkey_Kumtepe_N.SG mota_noUDG.SG Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.161 0.00138 117. 0 7 Turkey_Kumtepe_N.SG R15.SG Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.164 0.00142 116. 0 8 Turkey_Kumtepe_N.SG Russia_Samara_EBA_Yamnaya Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.167 0.00129 130. 0 9 Turkey_Kumtepe_N.SG TUR_Marmara_Barcin_N Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.154 0.00105 147. 0 10 Turkey_Kumtepe_N.SG Turkey_Kumtepe_N.SG Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0 0 NaN NaN 11 Turkey_Kumtepe_N.SG Yana_old_noUDG.SG Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.162 0.00140 116. 0 12 Turkey_Kumtepe_N.SG ZKU002_noUDG.SG Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.162 0.00139 116. 0 Ето и лог файла: i Reading allele frequencies from packedancestrymap files... i v54.1_1240K_public.geno has 16466 samples and 1233013 SNPs i Calculating allele frequencies from 65 samples in 12 populations i Expected size of allele frequency data: 256 MB 1233k SNPs read... √ 1233013 SNPs read in total ! 58226 SNPs remain after filtering. 49250 are polymorphic. i Allele frequency matrix for 58226 SNPs and 12 populations is 10 MB i Computing pairwise f2 for all SNPs and population pairs requires 235 MB RAM without splitting i Computing without splitting since 235 < 8000 (maxmem)... i Data written to D:\temp/ - участват 58к снипа.
-
Голямата база е с това име: v54.1.p1_1240K_public aadr_v54.1.p1_1240K_public 1240K са броя на сниповете, 1240 000 . Съответно може да ползваш и някоя по-стара. Тия най-последните версии са доста раздути. Имат много дупликати и тройно-повтарящи се. Каква полза да има 15 000 древни индивида, като много от тях ги има в 3 версии. Тоест реално са само 5000 и другите са повторения. Но да речем че повтарящите и три-пъти повтарящите се не са чак толкоз много.. Реално данните са същите и по стартите бази, просто в новите версии са включени много нови изследвания. Това обаче прави базата огрмна и трудна за обработка.
-
Забележи следното: ти тука ползваш базата: _HO_public Тази база не е с 1240к, а е само с 500к . Ако ползваш голямата база 1240к то Turkey_Kumtepe_N е само на 10%. Друг е въпроса дали тези 126 к се проектират в областта на 500к или извън тях. За предпочитане да ползваш голямата база, така има по-голям шанс да имаш покритие по същите снипове. HO_public се ползва основно за съвременни индивиди, където имаме предостатъчно покритие и информация. За древните индивиди за предпочитане да се ползва голямата база.
-
В другия файл към същата публикация са дали анализ, горе долу пълен анализ: https://www.cell.com/current-biology/pdfExtended/S0960-9822(15)01516-X Резултатите им потвърждават че тоя е много сходен с Щутгартския фермер и Айс-мен. (ледения човек от Алпите). Единствената разлика дето показват те при много-компонентния анализ е че тоя има по-голям кавказки компонент.
-
Този го нямям в ПСА базата ми. Не се е класирал, явно е с ниско покритие. Доколкото гледам в публикацията за него е някакъв типичен анатолиец (анатолийка, щото е жена) от 5 хилядолетие пне. https://www.cell.com/current-biology/pdfExtended/S0960-9822(16)30850-8 Евентуално с Ф4 статистиките може да се види спрямо кои анатолийци е най-близък, но така или иначе аз не очаквам нещо особено от такъв индивид.
-
Анотационните файлове са така, копи пействали са от различни източници. А като стане един огромен файл никой не го проверява повече.
-
Как го тълкуваш това? EHG е малко повече от CHG ?
-
За сравнение: > extract_f2(prefix, my_f2_dir, + inds = NULL, + pops = mypops, + allsnps = TRUE, + blgsize = 0.05, + maxmem = 8000, + maxmiss = 0, + minmaf = 0, + maxmaf = 0.5, + pops2 = NULL, + outpop = NULL, + overwrite =T) i Reading allele frequencies from packedancestrymap files... i v54.1_1240K_public.geno has 16466 samples and 1233013 SNPs i Calculating allele frequencies from 177 samples in 16 populations i Expected size of allele frequency data: 296 MB 1233k SNPs read... √ 1233013 SNPs read in total ! 31339 SNPs remain after filtering. 28723 are polymorphic. i Allele frequency matrix for 31339 SNPs and 16 populations is 6 MB i Computing pairwise f2 for all SNPs and population pairs requires 201 MB RAM without splitting i Computing without splitting since 201 < 8000 (maxmem)... i Data written to D:\temp/ > mypops [1] "CHG" "EHG" "IRN_Ganj_Dareh_N" "ISR_Natufian_EpiP" "Levant_PPN" [6] "MAR_Taforalt_EpiP" "Mbuti.DG" "Mesopotamia" "RUS_AfontovaGora3" "RUS_MA1_HG" [11] "SRB_Iron_Gates_HG" "TUR_C_Boncuklu_PPN" "TUR_Marmara_Barcin_N" "TUR_Pinarbasi_EpiP" "WHG" [16] "I10548" pops_SA_right [1] "IRN_Ganj_Dareh_N" "ISR_Natufian_EpiP" "MAR_Taforalt_EpiP" "Mbuti.DG" "Mesopotamia" "RUS_AfontovaGora3" [7] "RUS_MA1_HG" "TUR_C_Boncuklu_PPN" "TUR_Pinarbasi_EpiP" "WHG" > pops_SA_left [1] "CHG" "EHG" "Levant_PPN" "TUR_Marmara_Barcin_N" "SRB_Iron_Gates_HG" > results = qpadm (f2_blocks , pops_SA_left, pops_SA_right, "I10548" ) i Computing f4 stats... i Computing admixture weights... i Computing standard errors... i Computing number of admixture waves... > results$weights # A tibble: 5 x 5 target left weight se z <chr> <chr> <dbl> <dbl> <dbl> 1 I10548 CHG 0.164 0.114 1.44 2 I10548 EHG 0.231 0.0705 3.28 3 I10548 Levant_PPN 0.0895 0.433 0.207 4 I10548 TUR_Marmara_Barcin_N 0.483 0.350 1.38 5 I10548 SRB_Iron_Gates_HG 0.0319 0.0751 0.424
-
Давам ти го Ряховеца на ПСА: Виждаш го къде е набутан в средата, в калабалъка.. И двата компонента КЛС /ИеЛС са доста силни. Най-вероятно ИеЛС е по-силния. (понеже това представяне е силно разтегнато по отношение на ЗЕЛС.
-
По принцип Лазаридис си знае работата, но и грешки стават. Възможно да е окастрил много сниповете (според извадката) . Или пък в бързината нещо да са претупали. Мога и аз да превъртя същия тест с моите данни. Това какво ни дава или променя?
-
Като гледам колко бързо напредваш, скоро може да се включваш в международния форум или да питаш директно Лазаридис. Аз също бих го тълкувал както казваш ти. Какъв е тоя от Ряховец? Ямненец вероятно?
-
При тези модели това се случва много често. Разглеждаш го като вектори. Ряховеца е много близък до ТМБ и Левант. КХГ ЕХГ се ползват за корекция с обратен знак, един вид свалят излишни компоненти.