tantin

Има още един термин: алтернативна наука. В смисъл на друга наука. Алтернативната наука може да си седи в сянка, да не се изввява и рекламира, да чака за по-добри времена или за нови факти и доказателства.

Ето кадри от разходката на Краус из тракийските гробници. Вероятно по тоя проект са новите резултати дето вече са ни достъпни. Но предполагам че официалната им публикация може още да не е готова. Тия от "Юнаците" ми се видяха много интересни.. I2a haplogroup. Най -интересното предстои...

Остави ги тия приказки за друго време. Кажи по-добре Стояне докъде ги докара твоите сметки с капитан-андреевците и скитите.. Тия дни изскачат на бял свят още проби от МаксПланк, това са доста стари проби, вероятно са насъбрани още преди 5-6 години от Йоханес Краус, но сега излизат на бял свят. Гледам вече южняка се включи в дискусията в андроженика. Там ги има и пробите достъпни за сваляне, съответно Юнаците, Варна, Бояново и от Румъния. Аз нямам време да правя проверки, разкачил съм системата ми заради ремонт.. Само поглеждам през телефона какво ново тук и там. Вероятно ще съм на линия след 10 дена. Това е.

Това ли показва Ф4? По моите наблюдения месопотамците са разновидност на анатолийците. На ПСА графиките са близки едни спрямо други, месопотамците са съпоставими повече с тия от Левант - Израел.

То реално мога и на себе си да го задам и да направя проверката, но съм се хванал да боядисвам една стая... Ти ако сложиш една две проби може да кажеш дали Джулюница са повече анатолийци или месопотамци.

А защо да е Месопотамски, а не Анатолийски, неолитен? Месопотамския като цяло е под въпрос що за група са. Докато при анатолийците гъмжи от цивилизация, особено тия от Гьобекли тепе.

Южняк, ти задаваш въпроси дето и на английски и на бушменски да питаш трудно ще ти отговорим. Дотам не сме стигнали, и аз не съм стигнал още и не знам за какво става дума. Аз му дадох основните насоки на Кухулин и му се възхищавам на ентусиазма . Обаче в тънкостите с Ф3/Ф4 , още не сме толкова супер напреднали. Аз обаче си имам самочувствие, понеже на първо място ползвам ПСА, а статистиките са ми само за доуточнение. Ти не си най-добрия инструктор за начинаещи, сори че се налага да ти го кажа. Стоянчо Денев беше къде къде по-търпелив с такива като нас докато не му издържаха нервите, щото някой хора го провокираха, пък и той самия такива тези защитаваше че ти знаеш как е там работата... Относно Маготин: няма лошо с беневолството, няма лошо да е координатор.. Никой няма да го критикува за тая му дейност. Напротив. Само похвали, дори и за медал ако трябва да го предложим.. Но относно историческо-генетическите му тълкувания: ами аз поне доколкото те следвам теб и доколкото виждам какви позиции отстоява Маготин: вие от съдружници се превърнахте във върли врагове и не знам как въобще се понасяте.. Но евала на приятелстовото ви и че го защитаваш.. Аз поне доколкото ви следя позициите: ти реално го отричаш, ти си на съвсем друго мнение по отношение прабългарите.. Докато Маготин си знае за някакви си кавказци и алани и сармати.. Те били същинските прабългари.. Евала и похвали на Кухулин че се нагърби с тая неблагодарна задача да развенчае тоя глупав мит дето такива като Маготин се опитаха да пробутат, че едва ли не прабългарите били някакви си кавказци и алани, при това индо-европейци .. И прочие недомислици.. Аз нямам нищо против една таква теза да бъде отстоявана, но Маготин ползва погребения и архитектура за да го доказва. В генетиката досега Маготин е чист асистент и секретарка, координатор на проект.. Да му давате думата за главен говорител, анализатор, и експерт по генетиката, сори приятелю... Колкото и да не разбираме, вече от тук и оттам има хора дето разбират това и онова.. Тая работа с Кавказкия произход хич, ама хич не виждам как Маготин може да я отстои.. То реално ти си тоя дето ще му сложи пръта в колелото, но не разбирам що го оставяте човека да си развихря фантазията и да мъти вода на пресните риби, дето не знаят за какво става дума..

Олово, изглежда че е старославянска / старо-българска / дума, което ще рече че е древна дума на поне 1000 години че и доста повече.. ср. лит. alavas, alvas, латыш. alva — «олово» Тоест Олово директно го извеждаме от литовската и латвийската версия, а те пък са свръзани с латинското: albus което ще рече "бял".

Добре си го формулирал като идея... Но оттук нататъка накъде? Ако забелязваш швейцарците са най-неутралната нация на Европа, ако не и на планетата.... Швейцарците се въздържат от участие в военни блокове и това не се знае откога.. Причината е проста. Швейцарците си имат и италианци, и германци и французи че и други.. Няма как швейцарците да влязат в коалиция с някого без това да отприщи техни вътрешни проблеми и противоречия.. И затова това им е основна политика, политика на изолираност и неутралност. Изолацията при тях е много относителна. Реално те приемат парите на хора от цял свят и добре се грижат за тях.. Но в същото време си затварят очите за политически и военни съюзи и прочие.. Македонците не могат да се похвалят с неутралност. Те се карат и с гърци и с албанци и с българи. И като че ли най-големи приятели са им сърбите, но не сегашните сърби, а онези от СФРЮ. Щото сегашните сърби са нещо доста различно.. Ако македонците искаха да са Швейцария на Балканите, то те щяха да са много по открити, по гостоприемни, по благородни и прощаващи.. А те са по-скоро някакви злостни отмъстители, бетер украинци... Гърците им криви, щото не им дават историята с Ал. Македонски. Ние сме им криви, щото не им даваме да си размотават фанатазията и коня с славянската писменост..Вероятно и албанците са им криви, но там ножа е до кокала.. А са казали нещо лошо за албанци, а им се е отцепила 1/3 от Македонията с албано-говорящите македонци... Дори и да беше жив Ванчето Михайлов, надали щеше да сътвори някакво си чудо.... Няма я базата, няма ги ресурсите, няма ги условията.. Македония е слаба ракия.. Напъват се и ги измислят никакви си.. Сами си се набутват в ситуации без изход.. На Европа не и е нужна Втора Украйна.. Особено когато България е вече в НАТО и в ЕС.. Ако България беше нещо като съюзник на Русия в някакъв азиатски съюз, то YES, Македония щеше да приложи формулата на Украйна и България щеше да им плаща репарации во веки веков... Ама НЕ>>. Няма как да стане тая работа.. Македонците са изостанали, извън времето, реформите им са до никъде, промишлеността им я няма, инвестициите им ги няма.. Единственото за което да се хванат е езика и азбуката.. Ама пак не са познали.. Щото древната държава се казва България.. А тяхната Македония е най-изостаналата и захвърлена област от България.. Проблема си е техен.. Трябва да се оставят съвсем да закъсат и сами да търсят помощ и закрила от България.. А не да им се наливат пари и оръжия и после с тия пари и оръжия да се стреля по България.....

Мерси за проверката. Извода какъв е? От тия 16 хиляди в последната версия на Райх към 4000 се повтарят. Тоест остават ни 12 000. А тия повторения са досадни, щото забавят изчисленията. И други ефекти имат. А като ги погледнем на ПСА - явяват се 3 точки една до друга за все същия индивид. Да речем че в качествения контрол преминат бариерата 2500 от тия с повторенията. За съжаление с повторенията обаче бройката им става над 5000 . Тоест ние се напъваме с бавните компютри да изчислим група от 10 хил . индивида. Лаптопа се задъхва и пращи от всякъде, може и до 24 ч. да върти сметки.. И накрая се оказва че сметките са били за лудо, щото не сме изчистили повторенията и сме смятали за едни и същи индивиди... -- Моите скриптове са къде къде по-дърварски . Ти си по напреднал . Аз си карам съвсем по аматьорски с R студиото. Половината ми скриптове съм ги накласил с търсачката на гугъла.

При мен се получават: # A tibble: 12 x 7 pop1 pop2 pop3 est se z p <chr> <chr> <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> 1 Turkey_Kumtepe_N.SG Armenia_EBA Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.158 0.00124 127. 0 2 Turkey_Kumtepe_N.SG BK-1653_noUDG Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.160 0.00143 112. 0 3 Turkey_Kumtepe_N.SG Chan_noUDG.SG Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.161 0.00140 115. 0 4 Turkey_Kumtepe_N.SG Chimp.REF Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.159 0.00133 120. 0 5 Turkey_Kumtepe_N.SG LaBrana1_noUDG.SG Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.163 0.00144 113. 0 6 Turkey_Kumtepe_N.SG mota_noUDG.SG Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.161 0.00138 117. 0 7 Turkey_Kumtepe_N.SG R15.SG Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.164 0.00142 116. 0 8 Turkey_Kumtepe_N.SG Russia_Samara_EBA_Yamnaya Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.167 0.00129 130. 0 9 Turkey_Kumtepe_N.SG TUR_Marmara_Barcin_N Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.154 0.00105 147. 0 10 Turkey_Kumtepe_N.SG Turkey_Kumtepe_N.SG Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0 0 NaN NaN 11 Turkey_Kumtepe_N.SG Yana_old_noUDG.SG Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.162 0.00140 116. 0 12 Turkey_Kumtepe_N.SG ZKU002_noUDG.SG Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.162 0.00139 116. 0 Ето и лог файла: i Reading allele frequencies from packedancestrymap files... i v54.1_1240K_public.geno has 16466 samples and 1233013 SNPs i Calculating allele frequencies from 65 samples in 12 populations i Expected size of allele frequency data: 256 MB 1233k SNPs read... √ 1233013 SNPs read in total ! 58226 SNPs remain after filtering. 49250 are polymorphic. i Allele frequency matrix for 58226 SNPs and 12 populations is 10 MB i Computing pairwise f2 for all SNPs and population pairs requires 235 MB RAM without splitting i Computing without splitting since 235 < 8000 (maxmem)... i Data written to D:\temp/ - участват 58к снипа.

Голямата база е с това име: v54.1.p1_1240K_public aadr_v54.1.p1_1240K_public 1240K са броя на сниповете, 1240 000 . Съответно може да ползваш и някоя по-стара. Тия най-последните версии са доста раздути. Имат много дупликати и тройно-повтарящи се. Каква полза да има 15 000 древни индивида, като много от тях ги има в 3 версии. Тоест реално са само 5000 и другите са повторения. Но да речем че повтарящите и три-пъти повтарящите се не са чак толкоз много.. Реално данните са същите и по стартите бази, просто в новите версии са включени много нови изследвания. Това обаче прави базата огрмна и трудна за обработка.

Забележи следното: ти тука ползваш базата: _HO_public Тази база не е с 1240к, а е само с 500к . Ако ползваш голямата база 1240к то Turkey_Kumtepe_N е само на 10%. Друг е въпроса дали тези 126 к се проектират в областта на 500к или извън тях. За предпочитане да ползваш голямата база, така има по-голям шанс да имаш покритие по същите снипове. HO_public се ползва основно за съвременни индивиди, където имаме предостатъчно покритие и информация. За древните индивиди за предпочитане да се ползва голямата база.

В другия файл към същата публикация са дали анализ, горе долу пълен анализ: https://www.cell.com/current-biology/pdfExtended/S0960-9822(15)01516-X Резултатите им потвърждават че тоя е много сходен с Щутгартския фермер и Айс-мен. (ледения човек от Алпите). Единствената разлика дето показват те при много-компонентния анализ е че тоя има по-голям кавказки компонент.

Този го нямям в ПСА базата ми. Не се е класирал, явно е с ниско покритие. Доколкото гледам в публикацията за него е някакъв типичен анатолиец (анатолийка, щото е жена) от 5 хилядолетие пне. https://www.cell.com/current-biology/pdfExtended/S0960-9822(16)30850-8 Евентуално с Ф4 статистиките може да се види спрямо кои анатолийци е най-близък, но така или иначе аз не очаквам нещо особено от такъв индивид.

Анотационните файлове са така, копи пействали са от различни източници. А като стане един огромен файл никой не го проверява повече.

Как го тълкуваш това? EHG е малко повече от CHG ?

За сравнение: > extract_f2(prefix, my_f2_dir, + inds = NULL, + pops = mypops, + allsnps = TRUE, + blgsize = 0.05, + maxmem = 8000, + maxmiss = 0, + minmaf = 0, + maxmaf = 0.5, + pops2 = NULL, + outpop = NULL, + overwrite =T) i Reading allele frequencies from packedancestrymap files... i v54.1_1240K_public.geno has 16466 samples and 1233013 SNPs i Calculating allele frequencies from 177 samples in 16 populations i Expected size of allele frequency data: 296 MB 1233k SNPs read... √ 1233013 SNPs read in total ! 31339 SNPs remain after filtering. 28723 are polymorphic. i Allele frequency matrix for 31339 SNPs and 16 populations is 6 MB i Computing pairwise f2 for all SNPs and population pairs requires 201 MB RAM without splitting i Computing without splitting since 201 < 8000 (maxmem)... i Data written to D:\temp/ > mypops [1] "CHG" "EHG" "IRN_Ganj_Dareh_N" "ISR_Natufian_EpiP" "Levant_PPN" [6] "MAR_Taforalt_EpiP" "Mbuti.DG" "Mesopotamia" "RUS_AfontovaGora3" "RUS_MA1_HG" [11] "SRB_Iron_Gates_HG" "TUR_C_Boncuklu_PPN" "TUR_Marmara_Barcin_N" "TUR_Pinarbasi_EpiP" "WHG" [16] "I10548" pops_SA_right [1] "IRN_Ganj_Dareh_N" "ISR_Natufian_EpiP" "MAR_Taforalt_EpiP" "Mbuti.DG" "Mesopotamia" "RUS_AfontovaGora3" [7] "RUS_MA1_HG" "TUR_C_Boncuklu_PPN" "TUR_Pinarbasi_EpiP" "WHG" > pops_SA_left [1] "CHG" "EHG" "Levant_PPN" "TUR_Marmara_Barcin_N" "SRB_Iron_Gates_HG" > results = qpadm (f2_blocks , pops_SA_left, pops_SA_right, "I10548" ) i Computing f4 stats... i Computing admixture weights... i Computing standard errors... i Computing number of admixture waves... > results$weights # A tibble: 5 x 5 target left weight se z <chr> <chr> <dbl> <dbl> <dbl> 1 I10548 CHG 0.164 0.114 1.44 2 I10548 EHG 0.231 0.0705 3.28 3 I10548 Levant_PPN 0.0895 0.433 0.207 4 I10548 TUR_Marmara_Barcin_N 0.483 0.350 1.38 5 I10548 SRB_Iron_Gates_HG 0.0319 0.0751 0.424

Давам ти го Ряховеца на ПСА: Виждаш го къде е набутан в средата, в калабалъка.. И двата компонента КЛС /ИеЛС са доста силни. Най-вероятно ИеЛС е по-силния. (понеже това представяне е силно разтегнато по отношение на ЗЕЛС.

По принцип Лазаридис си знае работата, но и грешки стават. Възможно да е окастрил много сниповете (според извадката) . Или пък в бързината нещо да са претупали. Мога и аз да превъртя същия тест с моите данни. Това какво ни дава или променя?

Като гледам колко бързо напредваш, скоро може да се включваш в международния форум или да питаш директно Лазаридис. Аз също бих го тълкувал както казваш ти. Какъв е тоя от Ряховец? Ямненец вероятно?

При тези модели това се случва много често. Разглеждаш го като вектори. Ряховеца е много близък до ТМБ и Левант. КХГ ЕХГ се ползват за корекция с обратен знак, един вид свалят излишни компоненти.

Има дори излишък на информация. Стига да ти се занимава виждаш как е . Бъркаш в кацата с мед и вадиш каквото и колкото си искаш... Относно Давидски: мисля че ползва СмартПСА, обаче аз никога досега не съм успял да си го пусна тоя софтуер, обаче си ползвам друг начин за генериране на пса. Вече ПСА ни дава много удобства, видимост и всичко останало. Всичките екстри дето Давидски ги предлага идват от неговата ПСА база. А той понеже успява да "закрепи" основните компоненти, това му позволява да наблъсква в базата си колкото ще индивида. Може и 50 000 вече да ги е докарал на бройка. Но по-вероятно да е на около 20 000. Това закрепване обаче на принципните компоненти си идва с други минуси, получават се натрупвания на грешки и неточност. Засега не се напъвай още да тълкуваш сложните казуси. Понаправи си някое друго упражнение с примерите дето ги дават по уъркшоповете, вкарвай в тях отвреме на време по някоя нова тестова популация и ще се ориентираш, ще добиеш сетивата в тая сложна и хлъзгава материя.. Между другото R-studioto гърми ако му зададеш много популации, или трябва да си на много мощен компютър с много памет. Ако нещо видиш разни странни грешки: рестартираш R-studioto, намаляш малко броя на популациите и на следващото изпълнение всичко може да си е наред. За тия цели с Адмикстоолс2 R studio на Уиндоус си е достатъчно. Но за разни други неща си трябва и на Линукс.

Ето как са при мен Ф2 статистиките, само че аз ползвам Turkey_N щото тях имам в тая извадка:

Слагам за последно и тази графика: Вместо Сацубрила, ползваме другия кавказки ловец с кодовото име КК1. (почти като куклус клан, само дето е с някакво грузинско име дето трудно може да бъде изказано). Но по-интересното е че нашите български проби показват от най-високите нива на CHG.. Включително Варна.