tantin

Ето пример за дърво генерирано с Ф3.. Без никакви шмекерии и фокуси.. Естествено златикюнеца е в основата на короната.. А корена на дъвото е в шимпанзето. Разклоненията съм ги пуснал по Каритиана Бразилия, Австралия и Индия.. Функцията за генериране на такова дърво е: F3(Chimp.REF,Australian.DG, TEST ) Или съответно сменяме Австралиеца с другите за да видим и другите клони.. Никакви фокуси и никакви измами. Без да си даваме никакъв труд си се вижа че златикюнеца си е в основата на короната и от там тръгват всякакви клончета и листенца по нагоре..

Пробвах работите с Ф3/Ф4 и пса-то.. Значи с Ф3-то можем да си генерираме нещо наподобяващо на ПСА, но дървото е много изчанчено.. Не е баш дърво, но е нещо като нощтна лампа, където короната на дървото е триъгълна пирамида с върха надолу към корените, а основата на пирамидата сочи към разклоненията... нагоре... С Ф4 нещата са направо елегантни и красиви.. Тая изчанченост откъм Ф3 се разрешава без проблем.. И дървото си идва на мястото, почти същото както си е в ПСА-то.. Има още няколко фокуса дето трябва да се приложат при избор на референтните вектори, но това си е в реда на нещата.. Каквато манджа си сготвиш, това ще ядеш.. Като объркаш нещо пропорциите, манджата може и за боклука да иде.. Здраве да е...

По сведения от времето на Атила, след смърта на славния хун голямото му обкръжение и семейство се разпадат. Това е голям гео- политически срив. Синовете на Атила почват да воюват едни с други. Германците бягат на запад и повличат със себе си аланите. Някакви алани. Много е вероятно алани и прабългари да са от срещуположните геополитически конфигурации. В тоя случай за какви алани да говорим? Вероятно същите са подложени на гонения.

Аз много се съмнявам в това прабългарите да излязат роднини на аланите. Но пък нищо се се знае. Зависи какви проби и данни ще излязат. Надали някой е очаквал че злати кюн и бачо кировците са далечни роднини и предци на азиатци. Самоводенеца се оказа доста мешан, метис. Каквото сабя покаже. Не ги знаем що за благородници са се събирали на голямата царска трапеза. Може да е имало и някой алан. Кана доста "храненици" е гощавал в двора си. После си имаме и квартал Трапезица в последното царство. Царската институция си е имала един куп привилегии и облаги за болярите. Дори и да имало някой си Алан, то той ще да е от най-бързо славянизиралите се. Примерно: Аспар, Испор, Аспарух. Но до момента нищо освен голи предположения. Няма гръцки и латински сведения за особено аланско присъствие. Прабългарите идват в комплект с народа и слугите си, дето са славяни. Примерно Атила държи в обкръжението си Мавъра, дето е най-вероятно северо-африканец. Дори и да му намерят гените на тоя или наследниците му, то това няма да направи хуните северо- африканци. В същото време алани и германски вандали опустошават Северна Африка. Тунизийците получават обилна доза арийски гени. По има шанс да търсим алани в Африка, Испания и Великобритания, отколкото в България.

Пак са си ПСА. Но се ползва една техника на "проектиране". Няма нужда да се прекомпилират данните. По тоя начин се избягва завъртането на цялата координатна система. В общи линии: Г25 си е вид ПСА да речем не на 100 процената, но на 95. Ако беше на 100 щеше да е още по-добре, но тогава идват другите главоболия. Идеята е дали може чрез точно подбиране на референтните популации да изчисляваме ПСА координати през Ф4? Нещо повече: като знаеш кои са референтните популации, то тогава пса данните се превръщат в Ф4 проекции. Най добрия кандидат за нулева точка се очертава не шимпанзето, а златикюнеца.. Това е повече като център на тежеста. Център на масите.. Ако набутаме само африканци, то естествено центъра ще иде у африка. Но за сегашното комплексно дърво ЗК е най добрия център. Следващия подобен център е устишимеца..

Г25 си е абсолютно ПСА.. Компонентите са си абсолютно принципни и са цели 25.. Най-вероятно Давидски си ползва SmartPCA за да генерира данните.. можеш да погледнеш повече, има разни разяснителни коментари по г25.. Най-простото хващаш първа и втора колона от Г25, визуализираш по Х и У и ето ти ПСА както в стандартните публикации. Дори си имат и уеб сайт за тая цел: https://vahaduo.github.io/g25views/#NorthEurope избираш си по кои компоненти и визуализираш. Може и в 3Д. Може да сменяш комонентите, може да въртиш.. Много неща може.. https://vahaduo.github.io/ Global 25 Views Two-dimensional visualization of modern and ancient human genetic variation. Project samples onto predefined regional PCAs based on Eurogenes Global 25 PCA.

Недеи избързва с изводите. ПС имат много допълнителна информация. За мен пса е основно оръжие.. В публикациите се ползват най много до 5 компоненти.. Но има какво да се каже по тия въпроси.. За да не се чудиш: това е като да вземеш лупата и да гледаш в дълбочина. Или да вземеш микроскопа и да търсиш образ, но да не си на фокус.. Фокуса е много важно нещо.. А компонентите участват във фокусирането. Ако не оправиш фокуса има да си гледаш размазано... По принцип в тия измервания участва и спектралния анализ и разлагането по Фурие, но чак до там и аз не съм стигнал. Тия дето правят анализ за адмикса, колко отдавна са се смесили популациите ползват честотен анализ по Фурие.. Забележи също: Глобал-25, дето ти го ползваш е също ПСА.. На база тия 25 компоненти виждаш тия не-професионалисти как разказват играта на професионалите и как им намират грешки всеки път като някой се изтърве тук таме.. Но ако Г25 беше Г5, това няма как да се получи.. Тоест добрите резултати на Г25 се случват не заради първите пет Г5, а заради всичките Г25.. Затова недеи казва че Г3 или първите ПС3 били предостатъчни.. Хич не е така.. Давидски добре е преценил навремето като се е захванал да поддържа 25 ПС-та.

Е да, но когато някой се е набутал във води дето не може да ги плува си му личи от хиляди километри.. Пък дори и да се пише на професионалист.. Аз съм се нагледал на псевдо-професионалисти. Не че искам да ги громя.. То няма нужда. Псевдо-професионалистите се крият зад титли и зад самочуствие, но в същото време се пазят да не кажат нещо излишно, щото ха се изтърват и всичкото им имане може да се срути и тогава за никъде.. Нашите професионалисти за момента са по скоро асистенти , помощници да други професионалисти. Плахите им опити да направят нещо сами за момента не е доказало никакъв успех. Виж някакви китайци съвсем със самочуствие скочиха и доказаха грешка на екипа Харвард.. И харвардци се съгласили, де ще идат да не се съгласят.. Не знам и аз.. Не смея да давам оценка на едни или други.. Въздържам се да критикува и хваля.. (нищо че преди време понаприказвах разни неща дето Южняка още ми се сърди.. А Маготин може да не е имал време да следи старите ни дискусии).. Но нека се върнем пак на дървото.. Значи работата с дървото е много добре изчислена, дървото се е заформило още преди около 60 хил.г. Може да са повечко, но едва ли по-малко...В момента в който излезли от Африка тия древните пощуряли и побесняли.. Разпръснали се накъде ли не.. Чифтосали се с неандерталци и денисовци. После от срамотата едни забегнали към Австралия и Нова Гвинея.. Други се изпокрили в Южна Азия и после побегнали към Америките.. Голям резил.. Някой им домъчняло за родната Африка, и хванали пътя на обратно.. Тия от северна Африка имат по-голям евразийски компонент отколкото африкански.. Мен много ме израдва факта, че всичката тая информация си е директно описана по гените.. В цифров вид.. Все едно си я четеш от дискетата или от перфокартата.. Както от някакво си старо ПС, Правец 8.. Пускаш си копчето, четеш от флопито, пардон от гено- файловете . И всичко си е там.. Остави другото, ами информацията си я има в излишък.. Хващаш първа хромозома: ето ти карата на света, тоест дървото. Хващаш втората хромозома - пак може да презапишеш дървото.. Но картинката е много замазана, не е на фокус.. Ако ползваш всичките хромозоми без половите то картинката си идва на фокус и може да гледаш вече потоците кой накъде се е отправил и кой с кои се е засякал тук и там.. Че това е положението. Всичко си го пише по гените.. Кой иска може да чете.. ( с малко помощен софтуре тук и там).. Но сме на път да я докараме и с гените като с Интернета.. В близкото бъдеще ще можем да надничаме и да си четем миналото.. (бъдещето все още не можем да го програмираме.)..

..обаче, налага се да продължаваме... Не сме се докарали още до пенсията. Трябва да се работи... Но нека да видим.. По същество: Докато обяснявам на Кухулин разни трикове и базови неща, налага се и на мен да си ми ги обясня същите, да си отговоря разбрал ли съм ги или съм бил в заблуда и подобно... Доста още неща мога да кажа, но публиката не е подготвена, материята е трудна.. А и не винаги ми се обяснява... (Южняка пък за съжаление изобщо не си дава труда да образова интелигентната публика, но това не е мой проблем... ) Аз нямам проблем с новата материя, понапреднах.. Но по старите критерии и принципи - налага се да тестваме познанията си в практиката... А какво е положението ? Данните са налични. Разполагаме с 16 000 древни индивиди и няколко стотици хиляди или милиони съвременници.. Когато си говорим с Кухулин може да ползваме разни кодови имена, дето само ние си ги знаем, ясно че другите надали ще вдянат. Следващите редове ще са за Кухулин, другите няма нужда да се напъват.. Но ако искат са добре дошли... Значи приятелю, гледай какво става: Избираме си основен вектор по принципната компонента ПС.. Разбираш какво казвам.. Хващаме макс /мин по основната компонента и търсим кой да е оптималния малък вектор... Правих си тоя експеримент днес, и резултата е доста обещаващ.. Значи с Ф3/Ф4 статистиките ние можем да докараме принципните компоненти.. За момента резултата при мен не е точно едно към едно, но може да е каже че е на 70 % ОК, ако не и на повече. ЗА Ф3 още не съм давал примери, но Ф3 са доста по-лесни за разбиране от Ф4... Ф4 са реалния проблем.. Как си ти с Ф3-тата? Ако искаш ще ти дам интересни примери и демонстация? Аз си ги ползвах Ф3 за да проверявам доколко един иднивид е "между" , посредата, родствен с други 2.. Доколко може да смятаме че Ц е между А и Б.. Ф3 е много удобен инструмент.. При това Ф3 е къде къде по-лесен от Ф4.. Но не знам дали ти си се блъскал с него.. Ф3 си е направо детска играчка в сравнение с Ф4.. Но ако нямаш практическия сблъсък може да ти се стори полет към Марс... Южняка надали ще ти даде тия напътствия, за него е по-важното да громи автохонските империалисти и нацисти... Но здраве да е... Мога да покажа кога Ф4 и Ф3 са идентични, но мога да покажа и кога Ф4 ни дават нещо в повече.. В някои отношения Ф3 са по лесните, но в някои отношения Ф4 са по-елегантни... Въпроса обаче е можем ли да изведем ПС от Ф4 ? Тоест можем ли по мързелив начин на базата на Ф4 да си докараме директно ПС-тата? Щото ПС-тата са по-капризни... Мен тоя въпрос ме мъчи към днешен ден.. За момента резултатите са оптимистични... Ако още се чудиш за Глобал-25, там на база ПС се докарват някакви Ф3-та... А аз ти предлагам обратното, на база Ф4 да правим апроксимация за ПС.. Принципните компоненти между другото не са единична информация, един бит.. ПС - това са натрупвания на много единици информация.. ПС-тата се формират като множество от много-компонентинте информационни единици, дето се повтарят в много популации.. Тоест, ако ползваме милион и 200к снипа, то в ПС1 може да участват 10 000 снипа.. Нямам идея колко точно са тия снипове.. Но така или иначе някакви си групи и индивиди ги имат тия 10 к или неизвестно колко.. И като ги вкараме в сметката дефакто ги нулираме.. Ресетваме ги към нулата.. Първите компоненти са много много яки, към тях участвят много снипове, дори премного.. От там нататъка колкото повече нямалява номера на основния компонент, толкова намаляват и броя на участващите снипове... Един вид от основни клонове и разклонения минаваме към по-малки клонове, после към клончета и накрая към накакви си листа... Подобно е положението и по ПС-тата.. (доста дълги ми станаха обясненията по тоя постинг, ха да се спра до тука)...

Сега ни трябва и Стоян да се присъедини и съвсем ще ги разнищим тия измерения.. Ако не беше Стоян да подскаже това онова, аз още щях да съм на ниво кожи, ловци и белки... Обаче сомнамбулите и призраците (вградени в ДНК) са по-переспективното направление.. Така че има простор за изява.. Само дето не знам дали ще ни останат неувредени неурони покрай целия тоя фитнес...

Е ха добро утро или добър ден! Такива са тия работи. Много неблагодарно е това занимание. Аз му викам ровене в призраците... Те затова старите хора са казали че гробищата не трябва да се копаят.. Щото като се копаят и почват да излазят призраци и таласъми. Остъй другото, ами и нашите нейрони почват да дават фира. Прадполагам и на Лазаридис вече бая неурона са му изгорели, та и косата му е опадала от толкоз ровене и бърникане. Тия многомерни пространства са толкоз разтегливо понятие, че можеш си го разтегля и сплесква на където и колкото си изкаш, можеш да си го въртиш и усукваш в какви ли не посоки.. И въпреки всичко тия призраци, демони и сатани си седят вътре, запазват си характеристиките и ти трябва някой много як Ф4 или ПСА до де изкараш нещо заформено.. Лютата ракия май само привлича демоните и сомнамбулите, но пък чистата водичка ги отблъсква. Такива нещица съм забелязал аз.

Ето как изглежда положенито с вектора Варна - Микена. Имай предвид че тука сниповете се окастриха допълнително заради добавянето на анатолийци и леванта. Участват 22к единици информация. 1233k SNPs read... √ 1233013 SNPs read in total ! 22406 SNPs remain after filtering. 21024 are polymorphic. i Allele frequency matrix for 22406 SNPs and 27 populations is 6 MB i Computing pairwise f2 for all SNPs and population pairs requires 349 MB RAM without splitting i Computing without splitting since 349 < 8000 (maxmem)... Плюс ето пълтата таблица със статистиките:

Това изскачане от ствола можем да го търсим през WHG, Anatholia, CHG, EHG, Северна Африка.. Ти откъде смяташ че са изскочили ? Аз ще пусна проверката. Ще трябва да вкарам също малко анатолийци и левант.

Гледай сега как стои положението с микенци и минойци: За големия вектор - ще ползваме микенците, търсим да видим кои са най близки към микенците. А за малкия вектор ще сравняваме по минойците. Интересно ни е да видим дали някой ще се набута между тях, тоест дали имаме някакво свързано население и с едните и с другите, и което да е междинно, да е средно... Оказва се че няма такива. Микенци и минойците от Ласиди са най-близки помежду си. Но пък непосредствено до тях се нареждат Българския халколит и неолит и също така Варненската култура. Тоест това са абсолютно навързани едни с други групи. Естествено другите минойци от Одигитрия са най-близки към минойците-Ласиди.. Пълна скука са минойци, микенци и нашенците от неолит-халколит. Вземи единия, удари другия.. Не можеш ги различи.. Така са се нагъчкали едни до други че.. все едно са се реплицирали взаимно.. Никакви азиатци, африканци или какво ще да е .. Нищо чуждо не е прокопсвало по балканите за онова време.. Но после нещата рязко са се променили.

Сега вече имаш по-добра идея как изглеждат Ф4. Ето как са нашенците от неолита и халколита. Ползвам за основен вектор Мбути Миноя. И гледай кой излиза най-близко към тях:

Още един пример: Ф4 ( Каритиана, Мбути, ТЕСТ, ЗК ) Големия вектор Каритиана - Мбути ни дава тая права по която ще проектираме. Съответно начало - край са Мбути - Каритиана. Малкия вектор тестваме от ЗК към Тест. ЗК е началото на тестовия вектор, а теста е към стрелката на вектора, посоката. Нулеви стойности на Ф4 се получават при близките до ЗК и в самия ЗК. Положителен максимум ЗК - Каритиана . Отрицателен максимум ЗК - Мбути. Най-близки към Каритиана са естествено другите индиянци: перуанци и мекскиканци. Следват ги ескимосите. Зад тях следват монголци, хуни и японците. Алани и CHG се падат в купчината по средата. Под ЗК се падат африканците и румънския Оасе.

А тези Д3 от Г25 изобщо не ги знам що за стока са. Не съм ги пробвал и нямам намерение. Вероятно са някакви изчисления на разтоянията, нямам идея какво точно показват. Въобще цялата статистика с Г25 е на база геометрията: взимат се данните от точките на 25 дименсионно ПСА пространство и се изчислява с помощта на линейната алгебра тези или онези разтояния и разни векторни величини. Затова и ПСА е по-лесно но по-неточно .

Нека ти го обясня: Г25 , това са ПСА данни. 25 дименсионен анализ на основните компоненти. Само че за да се класира една проба за Г25 тя трябва да има значително добро покритие на сканирането. Тоест да речем поне на 60% . Никой не знае как точно Давидски ги проектира данните и как извежда Г25 цифрите. Но само и единствено Давидски го прави това.. И затова данните от Давидски не са най-надеждните. И други могат да генерират подобни данни, но няма прозрачност на алгоритъма. Примерно с Ф4 - аз ти давам имена на проби и базата дето ползвам - ти можеш да си генерираш същите данни. Алгоритъма и софтуреа са налични и публични. С Г25 базата се генерира по "някакъв" си начин... Но да продължим: ПСА данните както казахме се генерират само за качество на пробите над някакъв праг. А има такива с отвратително лошо качество. Примерно имат по 60 000 снипа от милион и 200 хил. Какво правим с тия нискокачествените ? Изхвърляме ги на боклука ли ? Не.. Ползваме Ф4 и на тая база може също да се правят доста точни естимации. Пример за такава проба е румънския Оасе.. На база Ф4 статистиките се показва че Оасе е много близък до ЗК и до бачокировците.

Историята с полинезийския примес, намерен сред бразилските аборигени е пълна мистерия. Откриват някакви кости от около 14- 15 век. Стари кости, много стари, доколото могат там изобщо да се запази генетичния материал в джунглата. И се оказва че костите са на някакъв от Полинезия !!! Абсолютен полинезиец, намерен в Бразилската джунгла. После сравняват дати това онова и все не им се получава. Някои предполагат че португалски моряци са спрели на острови по време на пътуванията и са хванали накой местен абориген, после са го заковали във вериги - и готово - роб за продажба на пазара. Но после тоя роб може да е избягал и да се е присъединил към местните свободни индиянци в джунглите. По тая линия се търси тая близост с полинезийците.. Но иначе Каритиана са си местни индиянци, достатъчно древни. Те са един от най-отдалечените клони в човешкото дърво.

https://en.wikipedia.org/wiki/Karitiana

Ще дам още един пример, тоя път не толкова свързан с аланите.

Друга гледна точка: нека Злати Кюн да ни е основния, големия вектор. Спрямо него сравняваме малкия вектор с начало ТЕСТ и с връх (стрелка) Аланите. Приблизително същото както преди, разликата обаче е в нулевата линия. Пресичането става близко до Аланите.

Обещах да покажа как стоят нещата с шимпанзето: Основен вектор Мбути- Иран(Гандж Дарех). Малкия вектор: Алани -тест . Аланите са върха на вектора, стрелката. А Тест, това е началото на вектора. Ако оставя Шимпанзето при тестовете: Чимп-Алани става един огромен вектор.. По голям по абсолютна стойност спрямо тоя по когото сравняваме: Мбути-ГанджДарех. И затова Ф4 гърми до небесата.. Ето ги и цифровите резултати: Целта на това упражнение с Ф4 беше да покажем че Ф4 статистиките са многомерни вектори. И скаларно умножение.

графиката си я видял, тя е към основната публикация. Със завъртането нищо не се променя, само за видимост. Ако обърнеш внимание на 7-те компонента, то се вижда че Лявата и дясната колона са приблизително подобни съставките. Има един участък дето разминаването е мн.голямо. И така те разбивайки ги на компоненти авторите ги приравняват на тия или ония.. Но освен това и с ПСА анализа - също потвърждават кои проби къде се проектират. Да откриеш казахски сака скити в Сицилия си най-голямата изненада. Специално за 2-та скити съм си правил труда да ги погледна - проектират се на едно с централна Азия сака.

По някое време ще дам примера дето имаме 2 дълги вектора и където Ф4 с шимпанзето лети, та удря тавана. Сега пиша от тел.