Кухулин

Сега погледнах пак началото на темата. Не мога много ясно да разбера каква е тезата, но връзката на съвременните българи с Капитан Андреево и със сарматите се доказва достатъчно просто: > result_f3 = f3 ("C:/AdmixTools/Dataset/v54.1.p1_HO_public", verbose = T, + "Bulgarian.HO", + "BGR_KapitanAndreevo_IA", + "RUS_Sarmatian") ℹ Computing from f3 from genotype data... ℹ Reading metadata... ℹ Computing block lengths for 593124 SNPs... ℹ Computing 1 f3-statistics for block 711 out of 711... ℹ Summarize across blocks... > result_f3 # A tibble: 1 × 8 pop1 pop2 pop3 est se z p n <chr> <chr> <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> 1 Bulgarian.HO BGR_KapitanAndreevo_IA RUS_Sarmatian -0.00247 0.000442 -5.60 0.0000000220 562811 > Друг е въпросът, че КА не е директен компонент, дори само по хронологични причини. Връзката явно минава през по-късни популации, според мен близки до BGR_Anc и BGR_RomByz.

Тъкмо днес гледах някакви статистически примери с неандерталци от пещерата Виндия и хоп - Дробишевски пак избухна 24:45

Анатолийка, с много.

Този въпрос трябва да го зададеш на Лазаридис.

При по-сериозна проверка аутгруп-ф3 статистиката показа, че хърватското и джулюнишкото желязо имат по-висок месопотамски компонент от Розово. Тоест аргумент номер 3 е невалиден. Пълен код: > result_f3 = f3 ("C:/AdmixTools/Dataset/v54.1.p1_1240K_public", verbose = T, + c ("Mbuti.DG"), + c ("Mesopotamia"), + c ("SRB_Iron_Gates_HG", + "BGR_Dzhulyunitsa_IA", + "HRV_IA", + "BGR_Anc", + "GBR_England_Bell_Beaker")) ℹ Computing from f3 from genotype data... ℹ Reading metadata... ℹ Computing block lengths for 1150639 SNPs... ℹ Computing 5 f3-statistics for block 713 out of 713... ℹ Summarize across blocks... > result_f3[order(result_f3$est),] # A tibble: 5 × 8 pop1 pop2 pop3 est se z p n <chr> <chr> <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> 1 Mbuti.DG Mesopotamia SRB_Iron_Gates_HG 0.269 0.00227 119. 0 861146 2 Mbuti.DG Mesopotamia GBR_England_Bell_Beaker 0.276 0.00220 126. 0 857898 3 Mbuti.DG Mesopotamia BGR_Anc 0.279 0.00291 95.7 0 346647 4 Mbuti.DG Mesopotamia HRV_IA 0.279 0.00230 122. 0 785255 5 Mbuti.DG Mesopotamia BGR_Dzhulyunitsa_IA 0.283 0.00273 104. 0 605558 > Аргумент номер 2 също не е валиден, тъй като 5-компонентният модел не е възпроизводим. И в ф4 статистиките липсва завишен дисбаланс КЛС-ИЕЛС. С други думи на този етап няма обективни причини да разглеждаме Розово отделно от местното желязо.

Според мен на този етап е рано да се правят някакви генерални изводи за ролята на кавказките алани в българския микс. Много голяма част от досегашните анализи се основаваха върху работите на Дамгаар и Лазаридис - съответно високия КЛС-компонент в аланите и 5-компонентния модел на българите. При по-сериозна проверка нищо от това не се потвърждава. Нито кавказките алани на Дамгаар са с висок КЛС, нито нашият 5-компонентен модел може да се възпроизведе що-годе надеждно. Следователно трябва да разчитаме изцяло на собствените си сили, които за съжаление не са в някаква пикова фаза Какво показват лично за мен скромните ми занимавки с адмикстулса? Показват, че цялата стабилност на моделите се крепи върху славяните и местния дославянски компонент. Там са високите проценти, там е солидната статистическа значимост - устойчиво над 3 сигма. Останалите компоненти са гола вода - алани, сармати, хунну, мунну - всичко е под 3 и играе в процентите, както си иска. А най-лошото е, че тези плаващи алано-хунски компоненти са представени от многобройни и качествени проби. И въпреки това не могат да генерират статистическа значимост. А славяните и особено нашенците са еднични проби на някакъв остатъчен принцип - тоя оттук, оня оттам, понякога с мизерни снипове. И дават 4-5-7 зет. Чак срам да го хване човек. Извод: всяка нова българска проба от дославянския период може коренно да измени картината. Трябва да се формира ясна антична популация, за да видим кой е ядро, кой е аутлаер и т. н. Тогава вече ще можем да смятаме моделите на по-стабилна основа. А след това да ги сравняваме с пробите от прабългарските погребения и да си чешем езиците Е те тогава ще се излеят мазните потоци "интернет-критика" от всякакъв вид форумни анализатори. Това днешното нищо не е. Аз ако съм на Южняка, ще си взема отпуска

Не, не съм го ползвал. Има ли някаква реална полза от него?

Още един, този път с Розово. И покрай тази проба се очертава интересна ситуация, но още не съм я гледал под лупа като византиеца.

За теб винаги. Горе-долу читав модел с кавказките алани от таблицата в другия форум: Както писах и там, с византиеца всичко се получава много гладко. Не знам обаче какво ще е положението, като излязат новите руски изследвания. Предварителните данни, които постна genefan, показват доста голяма разлика между "нашите" кавказки алани и техните. Пълен код на модела:

Е така е, ама ако не става иначе... Като се разминат сниповете, няма начин. Шимпанзето много го обича тоя номер. Българските проби също са капризни. Освен това има и друг момент - много хора са твърдо против алснипс в адмикса, защото изкривява ф4. Обаче е по-лесно. Лазаридис например го ползва. Аз засега нямам мнение. Аварските славяни адмиксът си ги хареса, аз бях пъхнал няколко вида. Пък и славяни като славяни, какво им е? Виж, за Кракауер Берг (KRA001 и другите) много ме е яд, че ги няма в базата. Май са на Макс Планк проби. Сарматите са тези: DA145.SG DA145 M RUS_Sarmatian DA144.SG DA144 M RUS_Sarmatian DA143.SG DA143 F RUS_Sarmatian DA141.SG DA141 M RUS_Sarmatian DA139.SG DA139 F RUS_Sarmatian DA136.SG DA136 M RUS_Sarmatian DA134.SG DA134 M RUS_Sarmatian I0575 I0575 M RUS_Sarmatian I0574 I0574 F RUS_Sarmatian Pr4.SG Pr4 M RUS_Sarmatian Pr10.SG Pr10 M RUS_Sarmatian chy001.SG chy001 F RUS_Sarmatian chy002.SG chy002 M RUS_Sarmatian tem002.SG tem002 M RUS_Sarmatian tem001.SG tem001 F RUS_Sarmatian tem003.SG tem003 M RUS_Sarmatian Според мен тези неща са излишни. Не сме от вчера и знаем какво е положението с критиката. Може да е неприятно и да създава някои проблеми, но без критика човек се отпуска и почва да пише глупости. Съдейки по глупостите, които изскачат от време на време, явно в българските археогенетични среди липсва нужната критика. Тъй че вместо да се оплакваш, трябва да черпиш

PCA от Г25: BGR_IA = Джулюница.

Строго погледнато, горната ф4 статистика не е достатъчна за такива изводи, понеже 1) може да има паразитен сигнал от КЛС и 2) зетките около Капитан Андреево не дават никаква надеждност. Затова се опитах да прецизирам ямненския компонент във византиеца с помощта на аутгруп ф3: Тези стойности са на база 80к снипа в ф2 блокове, защото иначе маймуната се инати. А се наложи да прибегна до нейна помощ, защото двамата негри дават различни резултати. В статистиката на Мбути византиецът се групира плътно с микенците, КА и българския халколит (там има Ямна, нищо че е халколит). В статистиката на Йоруба се групира с Джюлюница. Маймуната подкрепя този вариант - плътно с Джулюница. Извод: византиецът най-вероятно има Ямна колкото Джулюница или малко по-малко. Но все пак е само една проба, при това не особено качествена, тъй че нека бъдем предпазливи. А виж, колко Ямна има в Джюлюница - това е отделен въпрос

Всъщност Лазаридис е прав, просто моделът му е грешен. В българския византиец има много ясен ямненски сигнал, вероятно на капитанандреевско ниво: Изобщо, тази византийска проба се очертава крайно интересна...

Не. Общо са над 20к проби от 16к индивида. Това за голямата база, с модерните (v54.1.p1_HO_public). За останалото си прав. Аз по принцип съм отделил най-тлъстата проба от всеки индивид и само нея включвам в популацията, ама няма да ти казвам каква играчка е да се програмира тоя филтър върху мърлявата база на Райх. Изобщо, имам чувството, че тия в Харвард нямат айтита, ами някакви биолози пишат по файловете. Или пари не им се дават...

Сега за пълнотата на горните модели. Кавказките алани дават много устойчив източноазиатски сигнал, за разлика от салтовците: Хубави мазни зетки, които правят долния модел доста силен, с около 5-6% ИА: Салтово: Според мен тук работата е доста съмнителна, но и покритието е ниско. Да видим какво ще покажат другите салтовски проби от новите руски изследвания.

По този върос Г25 и qpAdm горе-долу са в съгласие един с друг: В тази популация влизат всички кавказки алани: и "ядрото" от предните ми постове, и аутлаерът, и един алан с ниско покритие, който липсва в Г25. Моделът е много добър и се подкрепя от другите статистики (което не означава, че е пълен). Само сърбите издишат, но те и така са си около процент, та не е фатално. Салтовците са рехави откъм статистическа значимост - и тримата са сниско покритие. Обединеният им представител в Г25 даже и след обединението е слабичък по стандартите на Давидски, но въпреки това сходството на двата модела (Г25 и qpAdm) дава основание да се приемат за читави:

Има общо 16 635 индивида. От тях 3 са в четири варианта, 224 са в три варианта, а 3439 са в два варианта. Ако нещо не съм объркал брояча. Скриптче: f_ind = "C:/AdmixTools/Dataset/v54.1.p1_HO_public_original.ind" t_ind = fread( f_ind, header = FALSE, col.names = c( 'ID', 'Sex', 'Population')) id_chunks = "\\.EC|\\.SG|\\.DG|\\.HO|_d|_noUDG|_all|_enhanced|_final_provisional|-ALL_DATA|_alt" t_ind$ID = str_replace_all( t_ind$ID, id_chunks, '') view( unique( t_ind[, `:=` (N = .N, Population = .SD[[1,2]]), by = ID])[order( -N)]) Ще извиняваш за дърварското изпълнение, ама не сме на конкурс за кодери

Ибаси змията. През ф2 работи. > result_f3 = f3 ("C:/AdmixTools/Dataset/v54.1.p1_HO_public", verbose = T, + "TUR_Marmara_Kumtepe_N", + "TUR_Marmara_Barcin_N", + c ("RUS_Yamnaya_Samara_EBA", + "ARM_Berkaber_KuraAraxes_EBA")) ℹ Computing from f3 from genotype data... ℹ Reading metadata... ℹ Computing block lengths for 593124 SNPs... ℹ Computing 2 f3-statistics for block 711 out of 711... ℹ Summarize across blocks... > result_f3[order(result_f3$z),] # A tibble: 2 × 8 pop1 pop2 pop3 est se z p n <chr> <chr> <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> 1 TUR_Marmara_Kumtepe_N TUR_Marmara_Barcin_N RUS_Yamnaya_Samara_EBA NA NA NA NA NA 2 TUR_Marmara_Kumtepe_N TUR_Marmara_Barcin_N ARM_Berkaber_KuraAraxes_E… NA NA NA NA NA > result_f3 = f3 ("C:/AdmixTools/Dataset/v54.1.p1_1240K_public", verbose = T, + "TUR_Marmara_Kumtepe_N", + "TUR_Marmara_Barcin_N", + c ("RUS_Yamnaya_Samara_EBA", + "ARM_Berkaber_KuraAraxes_EBA")) ℹ Computing from f3 from genotype data... ℹ Reading metadata... ℹ Computing block lengths for 1150639 SNPs... ℹ Computing 2 f3-statistics for block 713 out of 713... ℹ Summarize across blocks... > result_f3[order(result_f3$z),] # A tibble: 2 × 8 pop1 pop2 pop3 est se z p n <chr> <chr> <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> 1 TUR_Marmara_Kumtepe_N TUR_Marmara_Barcin_N RUS_Yamnaya_Samara_EBA NA NA NA NA NA 2 TUR_Marmara_Kumtepe_N TUR_Marmara_Barcin_N ARM_Berkaber_KuraAraxes_E… NA NA NA NA NA > count_snps(f2_blocks) [1] 28156 > result_f3 = f3 (f2_blocks, verbose = T, + "TUR_Marmara_Kumtepe_N", + "TUR_Marmara_Barcin_N", + c ("RUS_Yamnaya_Samara_EBA", + "ARM_Berkaber_KuraAraxes_EBA")) ℹ Computing f3-statistics > result_f3[order(result_f3$z),] # A tibble: 2 × 7 pop1 pop2 pop3 est se z p <chr> <chr> <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> 1 TUR_Marmara_Kumtepe_N TUR_Marmara_Barcin_N ARM_Berkaber_KuraAraxes_EBA 0.171 0.00163 105. 0 2 TUR_Marmara_Kumtepe_N TUR_Marmara_Barcin_N RUS_Yamnaya_Samara_EBA 0.172 0.00151 114. 0 >

Интересно. Това трябва да е през ф2-блоковете? Ще пробвам.

И двете бази ползвам, същата работа.

Покритието не е чак толкова ниско - 126к. В оригиналното изследване връткат всякакви статистики: Table S5: Key results obtained from D-statistics D(Outgroup, pop1; pop2, pop3). (Related to Figure 4A) https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S096098221501516X-mmc1.pdf И въпреки това базата на Райх нищо не дава: Иначе пробите от Кумтепе имат доста интересен геном, само че нещо са ги окастрили...

@tantin, би ли проверил как се държи при теб образецът "kum6_noUDG.SG", (популация "Turkey_Kumtepe_N.SG")?

Тц-тц, мърлява работа. Почна да ми пищи скрипта, отварям анотацията - някакви мешаници по средата на файла. I21276 в ексел. Тия хора са го писали на ръка и после изобщо не са го проверявали. Харвард, разбираш ли. Пфф...

Да, така го тълкувам. Тоест, в този случай на кпАдм не може да се има доверие. Макар че п-стойностите на Ряховец са добри, за разлика от българските. Но ф4 бие всичко, поне на този етап от статистическото ми познание > result_qpadm_Ryahovets$popdrop[1,] # A tibble: 1 × 16 pat wt dof chisq p f4rank CHG EHG Levant_PPN SRB_Iron_Gates_HG TUR_Marmara_Barcin_N feasible best dofdiff <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <lgl> <lgl> <dbl> 1 00000 0 5 8.40 0.135 4 0.307 0.200 0.0356 0.0994 0.357 TRUE NA NA # ℹ 2 more variables: chisqdiff <dbl>, p_nested <dbl> > result_qpadm_Bulgarian$popdrop[1,] # A tibble: 1 × 16 pat wt dof chisq p f4rank CHG EHG Levant_PPN SRB_Iron_Gates_HG TUR_Marmara_Barcin_N feasible best dofdiff <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <lgl> <lgl> <dbl> 1 00000 0 5 19.1 0.00185 4 0.278 0.150 0.0268 0.120 0.426 TRUE NA NA # ℹ 2 more variables: chisqdiff <dbl>, p_nested <dbl> >

Съвременните българи в тази схема (без DG, само HO): result_qpadm_Ryahovets = qpadm( + data = "C:/AdmixTools/Dataset/v54.1.p1_HO_public", + left = c( + "CHG", + "EHG", + "Levant_PPN", + "SRB_Iron_Gates_HG", + "TUR_Marmara_Barcin_N" + ), + right = c( + "Mbuti.DG", + "IRN_Ganj_Dareh_N", + "ISR_Natufian_EpiP", + "MAR_Taforalt_EpiP", + "Mesopotamia", + "RUS_AfontovaGora3", + "RUS_MA1_HG", + "TUR_C_Boncuklu_PPN", + "TUR_Pinarbasi_EpiP", + "WHG" + ), + target = "Bulgarian.HO", + allsnps = T + ) ℹ Reading metadata... ℹ Computing block lengths for 593124 SNPs... ℹ Computing 45 f4-statistics for block 711 out of 711... ℹ "allsnps = TRUE" uses different SNPs for each f4-statistic Number of SNPs used for each f4-statistic: pop1 pop2 pop3 pop4 n 1 Bulgarian.HO CHG Mbuti.DG IRN_Ganj_Dareh_N 553696 2 Bulgarian.HO CHG Mbuti.DG ISR_Natufian_EpiP 283702 3 Bulgarian.HO CHG Mbuti.DG MAR_Taforalt_EpiP 568148 4 Bulgarian.HO CHG Mbuti.DG Mesopotamia 453740 5 Bulgarian.HO CHG Mbuti.DG RUS_AfontovaGora3 161230 6 Bulgarian.HO CHG Mbuti.DG RUS_MA1_HG 420191 7 Bulgarian.HO CHG Mbuti.DG TUR_C_Boncuklu_PPN 555185 8 Bulgarian.HO CHG Mbuti.DG TUR_Pinarbasi_EpiP 449535 9 Bulgarian.HO CHG Mbuti.DG WHG 584521 10 Bulgarian.HO EHG Mbuti.DG IRN_Ganj_Dareh_N 549660 11 Bulgarian.HO EHG Mbuti.DG ISR_Natufian_EpiP 282184 12 Bulgarian.HO EHG Mbuti.DG MAR_Taforalt_EpiP 563758 13 Bulgarian.HO EHG Mbuti.DG Mesopotamia 450916 14 Bulgarian.HO EHG Mbuti.DG RUS_AfontovaGora3 160712 15 Bulgarian.HO EHG Mbuti.DG RUS_MA1_HG 416320 16 Bulgarian.HO EHG Mbuti.DG TUR_C_Boncuklu_PPN 550777 17 Bulgarian.HO EHG Mbuti.DG TUR_Pinarbasi_EpiP 446604 18 Bulgarian.HO EHG Mbuti.DG WHG 578703 19 Bulgarian.HO Levant_PPN Mbuti.DG IRN_Ganj_Dareh_N 432847 20 Bulgarian.HO Levant_PPN Mbuti.DG ISR_Natufian_EpiP 248859 21 Bulgarian.HO Levant_PPN Mbuti.DG MAR_Taforalt_EpiP 434644 22 Bulgarian.HO Levant_PPN Mbuti.DG Mesopotamia 374734 23 Bulgarian.HO Levant_PPN Mbuti.DG RUS_AfontovaGora3 140991 24 Bulgarian.HO Levant_PPN Mbuti.DG RUS_MA1_HG 320639 25 Bulgarian.HO Levant_PPN Mbuti.DG TUR_C_Boncuklu_PPN 427232 26 Bulgarian.HO Levant_PPN Mbuti.DG TUR_Pinarbasi_EpiP 363077 27 Bulgarian.HO Levant_PPN Mbuti.DG WHG 439042 28 Bulgarian.HO SRB_Iron_Gates_HG Mbuti.DG IRN_Ganj_Dareh_N 553867 29 Bulgarian.HO SRB_Iron_Gates_HG Mbuti.DG ISR_Natufian_EpiP 283864 30 Bulgarian.HO SRB_Iron_Gates_HG Mbuti.DG MAR_Taforalt_EpiP 567946 31 Bulgarian.HO SRB_Iron_Gates_HG Mbuti.DG Mesopotamia 453937 32 Bulgarian.HO SRB_Iron_Gates_HG Mbuti.DG RUS_AfontovaGora3 161338 33 Bulgarian.HO SRB_Iron_Gates_HG Mbuti.DG RUS_MA1_HG 419583 34 Bulgarian.HO SRB_Iron_Gates_HG Mbuti.DG TUR_C_Boncuklu_PPN 554983 35 Bulgarian.HO SRB_Iron_Gates_HG Mbuti.DG TUR_Pinarbasi_EpiP 449633 36 Bulgarian.HO SRB_Iron_Gates_HG Mbuti.DG WHG 583556 37 Bulgarian.HO TUR_Marmara_Barcin_N Mbuti.DG IRN_Ganj_Dareh_N 554233 38 Bulgarian.HO TUR_Marmara_Barcin_N Mbuti.DG ISR_Natufian_EpiP 283906 39 Bulgarian.HO TUR_Marmara_Barcin_N Mbuti.DG MAR_Taforalt_EpiP 568728 40 Bulgarian.HO TUR_Marmara_Barcin_N Mbuti.DG Mesopotamia 454131 41 Bulgarian.HO TUR_Marmara_Barcin_N Mbuti.DG RUS_AfontovaGora3 161369 42 Bulgarian.HO TUR_Marmara_Barcin_N Mbuti.DG RUS_MA1_HG 420575 43 Bulgarian.HO TUR_Marmara_Barcin_N Mbuti.DG TUR_C_Boncuklu_PPN 555730 44 Bulgarian.HO TUR_Marmara_Barcin_N Mbuti.DG TUR_Pinarbasi_EpiP 449932 45 Bulgarian.HO TUR_Marmara_Barcin_N Mbuti.DG WHG 585160 ℹ Computing admixture weights... ℹ Computing standard errors... ℹ Computing number of admixture waves... warning: solve(): system is singular (rcond: 2.48874e-17); attempting approx solution warning: solve(): system is singular (rcond: 7.78132e-18); attempting approx solution warning: solve(): system is singular (rcond: 8.62477e-19); attempting approx solution > result_qpadm_Ryahovets$weights # A tibble: 5 × 5 target left weight se z <chr> <chr> <dbl> <dbl> <dbl> 1 Bulgarian.HO CHG 0.278 0.0158 17.6 2 Bulgarian.HO EHG 0.150 0.0145 10.4 3 Bulgarian.HO Levant_PPN 0.0268 0.0209 1.28 4 Bulgarian.HO SRB_Iron_Gates_HG 0.120 0.0106 11.3 5 Bulgarian.HO TUR_Marmara_Barcin_N 0.426 0.0225 18.9 > ф4: f4( + "C:/AdmixTools/Dataset/v54.1.p1_HO_public", + "Bulgarian.HO", + "Mbuti.DG", + "EHG", + "CHG" + ) ℹ Getting population combinations... ℹ 1 population combinations found ℹ Computing from f4 from genotype data... ℹ Reading metadata... ℹ Computing block lengths for 593124 SNPs... ℹ Computing 1 f4-statistics for block 711 out of 711... ℹ Summarize across blocks... # A tibble: 1 × 9 pop1 pop2 pop3 pop4 est se z p n <chr> <chr> <chr> <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> 1 Bulgarian.HO Mbuti.DG EHG CHG 0.00176 0.000340 5.17 0.000000229 578104 >