Кухулин

От доста време насам уважаемият Южняк демонстрира девиантно поведение: обижда, трие, редактира постове без причина и т. н. Пример от днес: Изглежда има някакви лични или професионални проблеми, които го изнервят. Моля да му ограничите модераторските права, докато си ги реши.

Когато бащата предаде на своя син мъжката полова хромозома, понякога в нея настъпват леки изменения (мутации). Тоест двама братя могат да имат различни мъжки хромозоми - "дъщерни варианти" на бащината Q. По този начин се формира дървовидна структура: https://en.wikipedia.org/wiki/Haplogroup_Q-M242#Subclades Българската средновековна проба от Самоводене (с идентификатор I2525) носи специфичен вариант на хаплогрупа Q, а именно Q-YP789. По-горе уважаемата съфорумка genefan даде линк, където пише в кои други проби е открит този вариант: https://www.yfull.com/tree/Q-YP789/

Може.

Има две логически линии за привързване на отделна проба към някакъв етнос. Първата е археологическа: ако в погребението се срещат черти, които вече са установени като характерни за даден етнос, то най-вероятно пробата принадлежи към този етнос. Втората линия е генетическа: ако пробата е с близък геном до етнически изяснена популация, значи най-вероятно и тя е част от този етнос. И в двата случая, които обсъждаш (славяни и прабългари) тези линии засега не са много ясни. За славяните няма добре установен археологически признак и се разчита на генетическа близост, която води от проба на проба до днешните славянски популации (най-вече поляци). Този метод върши някаква работа, но не е идеален. За прабългарите има добра археологическа идентификация, но няма проби.

За съжаление сигналът изчезва при строга филтрация на сниповете и по-малък брой популации: Тоест засега не е ясно от коя точно популация Самоводене получава източноазиатския си компонент. Пробите са достатъчно хомогенни по отношение на Самоводене. Просто паразитен сигнал заради излишните снипове. Макар че кой знае, може би има още какво да се разрови по тези две популации. Но засега нямам ясна идея.

Да си довършим приказката за Самоводене и аварите. Пробвах да видя откъде точно се е взел този висок ИА компонент в българската проба, тъй като повечето авари са с типичен европейски геном. За целта пуснах плот на авари, сармати, "траки", черняховци и прочее, като по абсцисата е близостта до Самоводене, а по ординатата е близостта до монголския бронз. Стойностите са сурови f3(Mbuti.DG; ос, тестова популация) с максмис 1 и 1М снипа: Две популации се открояват ясно от общата маса, тъй като са едновременно и близки до Самоводене, и с висок ИА. Вероятно те са дали източноазиатскя компонент на пробата. Става дума за Hungary_DanubeTisza_MAvar и Hungary_DanubeTisza_MLAvar, примерно 650-750 CE. Хубаво е това да се провери и на максмис 0 с по-малко популации, ама по-нататък.

Тук принципно си прав. В ПСА първите няколко измерения имат по-голяма тежест, която понякога се усилва допълнително (scaled). Само че тази информация вече е видоизменена в друг геометричен формат и няма алгоритъм за обратно "конвертиране" (не е възможен). Докато ф-статистиките гледат "снип по снип" доколко пробите са свързани генетично, в ПСА се съди по "средната картина" на сниповете. Съответно, колкото повече проби участват в тази "средна картина", толкова по-неточни ще са резултатите. Затова ПСА върши действително прецизна работа само върху малки популации. Това е другият проблем на Г25 (освен огромния брой проби). Част от пробите са проектирани върху вече изчислени принципни компоненти и е много трудно да се определи точно коя част. Затова се мъчат да актуализират базата, ама нещо буксуват. А и сега, като им затвориха форума...

Да, дистанцията в случая не е толкова голяма. Просто Мбути не е подходящ за аутгруп между Йоруба и Койсан. Ъгълът между векторите се доближава до 90 градуса, съответно синусът отива към нула и ф3 е ниска.

В момента не ми се занимава да ти проверявам сметките, тъй че приемам данните на доверие. Може би обяснението се крие във факта, че генетичните разлики вътре в Африка са много по-големи, отколкото между Африка и Европа. Който факт, впрочем, трябва да е част от общата култура, а не някакъв генетичен секрет https://academic.oup.com/genetics/article/161/1/269/6049925

Първият е викинг, другите двама са авари. Иначе е хубаво да доработиш алгоритмите да станат като на Автохтон - съвременните близки проби отделно, старите - отделно. Но си е кодене де.

Абе, хм, нещо много авари се мотат по тоя плот...

https://en.wikipedia.org/wiki/Principal_component_analysis

Ти дай най-близките проби до всеки от тримата, мани плотовете. Тъй както ги даде за DA142.

ПСА - това е анализ по принципни компоненти. Г25 е грубо казано 25-мерно пространство по 25 принципни компонента (с някои нюанси). Това, което виждаш на зелената картинка, е дистанция в това 25-мерно евклидово пространство. Все едно мериш дистанцията върху двумерния ПСА-плот, само че в 25 измерения.

Г25 не е ПСА?

Еми дай тогава най-близките комшии на тия от Austria_Klosterneuburg_Roman.SG, не се скатавай

Ей тука, да ме прости господ, новият ПСА-генератор на бившия съфорумник Автохтон. Скоро го пусна: http://avtohton.org/Map_ancient_PCA.html

Кое да тествам? Адмикстулс няма ПСА функции. Затова ти пускам Г25. Тантин навремето се опита да подкара СмартПСА, но нещо не успя.

Няма нужда да е трак, за да има локален европейски компонент (или повече компоненти). А явно има. За мен картината е следната: Самоводене е рядък микс от различни компоненти и съответно е далеч от всички популации. Има "тракийско", но не е "трак". Има аварско, но не е авар. Има славянско, но не е славянин. А конкретни модели не могат да се строят, защото вероятният славянски компонент липсва при Райх. Конкретно по аварския компонент, там популациите са изключително разнородни и дявол знае точно коя част е свързана със Самоводене. Г25 дава разнообразен аварски микс, а в адмикстулс е технически много затруднително да се гледат такива детайли.

Между 10% и 25%, в зависимост от формата на славянските проби.

Отдавна сме забелязали и отбелязали аварската връзка в Самоводене. Проблемът е, че автозомно тя много трудно се изследва. В Г25 ясно се вижда западнославянският компонент от Кракауер, с който въпросните авари явно са се любили. Само че тези проби са на Макс Планк и не са включени в базата на Райх.

Би ли пуснал лога на тези ф3 сметки? При мен сарматските гени в Самоводене излизат горе-долу на ниво турски неолит и розовски траки: Може нещо да се е бъгнало, знам ли. Аутгруп ф3: > result_f3 = f3 ('C:/AdmixTools/Dataset/v54.1.p1_1240K_public', verbose = T, + c ('Mbuti.DG'), + c ('Kazakhstan_Sarmatian_IA'), + c ('Croatia_Medieval_o', + 'Ukraine_Chernyakhiv.SG', + 'Russia_Alan.SG', + 'Kazakhstan_Sarmatian_IA', + 'Kazakhstan_Kangju.SG', + 'Russia_SaltovoMayaki.SG', + 'Russia_Ural_EarlySarmatian', + 'Russia_LateSarmatian.SG', + 'Sardinian.DG', + 'Turkey_N', + 'Bulgaria_IA', + 'Bulgaria_Medieval', + 'Bulgaria_LateAntiquity', + 'Bulgaria_LIA', + 'Macedonia_Medieval', + 'Bulgarian.DG', + 'Bulgaria_Medieval_oEastAsia', + 'Hungary_Transtisza_LSarmation_EHun', + 'Hungary_DanubeTisza_LSarmation_EHun')) ℹ Computing from f3 from genotype data... ℹ Reading metadata... ℹ Computing block lengths for 1150639 SNPs... ℹ Computing 19 f3-statistics for block 713 out of 713... ℹ Summarize across blocks... > result_f3[order(result_f3$est),] # A tibble: 19 × 8 pop1 pop2 pop3 est se z p n <chr> <chr> <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> 1 Mbuti.DG Kazakhstan_Sarmatian_IA Sardinian.DG 0.275 0.00213 129. 0 1110616 2 Mbuti.DG Kazakhstan_Sarmatian_IA Turkey_N 0.276 0.00216 128. 0 1106019 3 Mbuti.DG Kazakhstan_Sarmatian_IA Bulgaria_Medieval_oEastAsia 0.276 0.00245 113. 0 834675 4 Mbuti.DG Kazakhstan_Sarmatian_IA Bulgaria_LIA 0.276 0.00254 109. 0 413191 5 Mbuti.DG Kazakhstan_Sarmatian_IA Russia_SaltovoMayaki.SG 0.277 0.00330 83.9 0 101091 6 Mbuti.DG Kazakhstan_Sarmatian_IA Bulgarian.DG 0.278 0.00221 126. 0 1085300 7 Mbuti.DG Kazakhstan_Sarmatian_IA Bulgaria_LateAntiquity 0.278 0.00316 88.1 0 133694 8 Mbuti.DG Kazakhstan_Sarmatian_IA Russia_Alan.SG 0.278 0.00221 126. 0 1103513 9 Mbuti.DG Kazakhstan_Sarmatian_IA Bulgaria_IA 0.279 0.00245 114. 0 701146 10 Mbuti.DG Kazakhstan_Sarmatian_IA Macedonia_Medieval 0.279 0.00237 118. 0 674560 11 Mbuti.DG Kazakhstan_Sarmatian_IA Croatia_Medieval_o 0.280 0.00240 116. 0 789416 12 Mbuti.DG Kazakhstan_Sarmatian_IA Ukraine_Chernyakhiv.SG 0.280 0.00264 106. 0 237111 13 Mbuti.DG Kazakhstan_Sarmatian_IA Kazakhstan_Kangju.SG 0.280 0.00223 125. 0 1081372 14 Mbuti.DG Kazakhstan_Sarmatian_IA Bulgaria_Medieval 0.281 0.00227 124. 0 903952 15 Mbuti.DG Kazakhstan_Sarmatian_IA Hungary_Transtisza_LSarmation_EHun 0.282 0.00220 129. 0 1109425 16 Mbuti.DG Kazakhstan_Sarmatian_IA Hungary_DanubeTisza_LSarmation_EHun 0.283 0.00224 126. 0 1100988 17 Mbuti.DG Kazakhstan_Sarmatian_IA Russia_LateSarmatian.SG 0.283 0.00230 123. 0 943174 18 Mbuti.DG Kazakhstan_Sarmatian_IA Russia_Ural_EarlySarmatian 0.285 0.00236 121. 0 708812 19 Mbuti.DG Kazakhstan_Sarmatian_IA Kazakhstan_Sarmatian_IA 0.458 0.00243 188. 0 1110628 >

Относително разпределение по осите "Източна Азия" и "Синтаща" (т. е. чиста бронзова степ). Обръщам внимание, че това не са компоненти (!), а споделен дрифт (ака "общи гени", "генетична близост" и прочее) на тестовата популация съответно с Дяволската пещера и Синтаща. Групирането е по оригиналната базана Райх. Ако някой се интересува от други тестови популации или от други оси, да пише.