Кухулин

Преди 11 минути, Кухулин said:

Ф3-статистиките са с максмис 0 върху 63к снипа и аутгруп Мбути.

Ето и плот с по-малко популации, съответно с повишена точност - този път върху 510к снипа:

Преди 18 часа, genefan said:

Тези "Късни авари" ARK-6... ARK-50, с които той споделя хаплогрупа включени ли са, защото аз не ги намирам.

Почти всички авари имат ясно изразена корелация спрямо руския Болшой и монголския бронз, т. е. имат едно и също  съотношение на двата компонента. Същото съотношение имат Самоводене, булган-хунну и аварите с хаплогрупа Q-YP789. Според Южняка това съотношение е 5 : 6, но лично аз нямам представа как го е сметнал. А вече ме е страх да питам

Ф3-статистиките са с максмис 0 върху 63к снипа и аутгруп Мбути.

От доста време насам уважаемият Южняк демонстрира девиантно поведение: обижда, трие, редактира постове без причина и т. н. Пример от днес:

Изглежда има някакви лични или професионални проблеми, които го изнервят. Моля да му ограничите модераторските права, докато си ги реши.

Преди 2 часа, D3loFF said:

Демек този човек е: Y-chromosome: Q

Когато бащата предаде на своя син мъжката полова хромозома, понякога в нея настъпват леки изменения (мутации). Тоест двама братя могат да имат различни мъжки хромозоми - "дъщерни варианти" на бащината Q. По този начин се формира дървовидна структура: 

https://en.wikipedia.org/wiki/Haplogroup_Q-M242#Subclades

Българската средновековна проба от Самоводене (с идентификатор I2525) носи специфичен вариант на хаплогрупа Q, а именно Q-YP789. По-горе уважаемата съфорумка genefan даде линк, където пише в кои други проби е открит този вариант:

https://www.yfull.com/tree/Q-YP789/

Преди 8 минути, tantin said:

Надали са излишни тия снипове. Чисто и просто: едните ги имат, а другите ги нямат. Погледни още по-внимателно. Ще видиш че тия излишните (привидно) снипове формират допълнителна линия. Показвам ги:

Това че ти се нареждат на права линия никак не е случайно. Причината е че по тия втората и третата линия участват допълнителни компоненти, имат друга съставка, която не мога да ти кажа какво е. Може да е на ЗЛС, може да е на източните ЛС, може и да е на Анатолийските фермери. А може и друго да е. 

Може.

Преди 5 часа, D3loFF said:

Но определено се опитвам да си обясня как се връзват гробовете с произхода и после с пробите, това е важно.

Има две логически линии за привързване на отделна проба към някакъв етнос. Първата е археологическа: ако в погребението се срещат черти, които вече са установени като характерни за даден етнос, то най-вероятно пробата принадлежи към този  етнос. Втората линия е генетическа: ако пробата е с близък геном до етнически изяснена популация, значи най-вероятно и тя е част от този етнос. 

И в двата случая, които обсъждаш (славяни и прабългари) тези линии засега не са много ясни. За славяните няма добре установен археологически признак и се разчита на генетическа близост, която води от проба на проба до днешните славянски популации (най-вече поляци). Този метод върши някаква работа, но не е идеален.

За прабългарите има добра археологическа идентификация, но няма проби.

On 19.10.2023 г. at 15:05, Кухулин said:

Хубаво е това да се провери и на максмис 0 с по-малко популации, ама по-нататък.

За съжаление сигналът изчезва при строга филтрация на сниповете и по-малък брой популации:

Тоест засега не е ясно от коя точно популация Самоводене получава източноазиатския си компонент.

On 19.10.2023 г. at 15:50, tantin said:

Вижда се тук кои са хомогенни и кои са хетерогенните проби.  Тези с голямата хетерогенност скачат едновременно и по двата изследвани компонента.

А нормално хетерогенността се разсейва. При монголоидните намаля европеиския компонент и обратното.

Това е обяснението.

Пробите са достатъчно хомогенни по отношение на Самоводене. Просто паразитен сигнал заради излишните снипове. Макар че кой знае, може би има още какво да се разрови по тези две популации. Но засега нямам ясна идея.

Да си довършим приказката за Самоводене и аварите. Пробвах да видя откъде точно се е взел този висок ИА компонент в българската проба, тъй като повечето авари са с типичен европейски геном. За целта пуснах плот на авари, сармати, "траки", черняховци и прочее, като по абсцисата е близостта до Самоводене, а по ординатата е близостта до монголския бронз. Стойностите са сурови f3(Mbuti.DG; ос, тестова популация) с максмис 1 и 1М снипа:

Две популации се открояват ясно от общата маса, тъй като са едновременно и близки до Самоводене, и с висок ИА. Вероятно те са дали източноазиатскя компонент на пробата. Става дума за Hungary_DanubeTisza_MAvar и Hungary_DanubeTisza_MLAvar, примерно 650-750 CE. Хубаво е това да се провери и на максмис 0 с по-малко популации, ама по-нататък.

Преди 5 минути, tantin said:

Реално дименсиите може да са 500 или хиляда.. Но първите няколко са с най-голяма тежест и съответно оформят позицията или проектирането с някаква тежест да го речем 50 или 25%.. Има си дори формули за изчисляване на тежестта на всяка от принципните компоненти.

Ф3 или Ф4 може да го сметнеш по всичките 500 или 1000  или 10 000... И повече..

Но ако вземеш първите 10 или 25 (колкото са на Г25),  то можеш да пресметнеш дори отклонението (грешката) при окастрянето на компонентите.  Така или иначе ще се получи че Г25 (тоест пърите 25 компонента на ПСА) ще ни дадат много задоволителен резултат на това което бихме получили от нормалните Ф3 и Ф4..

Тук принципно си прав. В ПСА първите няколко измерения имат по-голяма тежест, която понякога се усилва допълнително  (scaled). Само че тази информация вече е видоизменена в друг геометричен формат и няма алгоритъм за обратно "конвертиране" (не е възможен). Докато ф-статистиките гледат "снип по снип" доколко пробите са свързани генетично, в ПСА се съди по "средната картина" на сниповете. Съответно, колкото повече проби участват в тази "средна картина", толкова по-неточни ще са резултатите. Затова ПСА върши действително прецизна работа само върху малки популации.

Преди 21 минути, tantin said:

Зависи от това кои популации са участвали при формиранто на ПК (принципните компоненти). И съответно грешката намалява за тия основни популации, но се увеличава драстично при онези популации дето има други "невидими" компоненти.. 

Това е другият проблем на Г25 (освен огромния брой проби). Част от пробите са проектирани върху вече изчислени принципни компоненти и е много трудно да се определи точно коя част. Затова се мъчат да актуализират базата, ама нещо буксуват. А и сега, като им затвориха форума...

Преди 39 минути, Южняк said:

не е това

Да, дистанцията в случая не е толкова голяма. Просто Мбути не е подходящ за аутгруп между Йоруба и Койсан. Ъгълът между векторите се доближава до 90 градуса, съответно синусът отива към нула и ф3 е ниска.

Преди 18 минути, Южняк said:

можеш ли да ми обясниш как така се получава, че аварите от не знам си къде, примерно, излизат по-близо до бушмените, отколкото са йоруба?  Как така по брилянтния ти тест се оказва, че бушмените имат най-малко дрифт с йоруба и най-много с аварите, от всички горни популации?

 

В момента не ми се занимава да ти проверявам сметките, тъй че приемам данните на доверие. Може би обяснението се крие  във факта, че генетичните разлики вътре в Африка са много по-големи, отколкото между Африка и Европа. Който факт, впрочем, трябва да е част от общата култура, а не някакъв генетичен секрет  

https://academic.oup.com/genetics/article/161/1/269/6049925

Първият е викинг, другите двама са авари.

Иначе е хубаво да доработиш алгоритмите да станат като на Автохтон - съвременните близки проби отделно, старите - отделно. Но си е кодене де.

Абе, хм, нещо много авари се мотат по тоя плот...

https://en.wikipedia.org/wiki/Principal_component_analysis

Преди 3 минути, tantin said:

Че аз ги показах мисля ? 1-2 страници назад. Но Южняка през това време изписа доста.   Дори го обсъждахме това за римляните от Кльостенбург,  щото единия е чист германец,  а други 2 са горе -долу римляни , почти сицилианци единия .. Другия бе повечко към балканите. 

Въобще в него район на ПСА са токова нагъчкани, че ако искаме да видим повече подробности трябва да генерирам ново специално за региона ПСА. 

Ти дай най-близките проби до всеки от тримата, мани плотовете. Тъй както ги даде за DA142.

Just now, Южняк said:

Кухулин, ей това не е пса

ПСА - това е анализ по принципни компоненти. Г25 е грубо казано 25-мерно пространство по 25 принципни компонента (с някои нюанси). Това, което виждаш на зелената картинка, е дистанция в това 25-мерно евклидово пространство. Все едно мериш дистанцията върху двумерния ПСА-плот, само че в 25 измерения.

Преди 4 минути, Южняк said:

това, което ми пускаш, не е пса.

 

Г25 не е ПСА?

Преди 1 минута, tantin said:

Имаме ги.. Сарматите ги показах няколко пъти по ПСА.  Аз изкарвам данните за ПСА директно от plink..  Плинк си има вградени функции... Навремето като се учех заимствах алгоритъма от един човек дето правеше генетични изследвания за козите..  Пробвах по същия алгоритъм по човешките гени и доусъвършенствах това и онова...  Всичко е функционално и работещи,  само натискаш бутона и гледаш какво излиза на изхода... 

Еми дай тогава най-близките комшии на тия от Austria_Klosterneuburg_Roman.SG, не се скатавай  

Преди 6 минути, Кухулин said:

Кое да тествам? Адмикстулс няма ПСА функции. Затова ти пускам Г25. Тантин навремето се опита да подкара СмартПСА, но нещо не успя.

Ей тука, да ме прости господ, новият ПСА-генератор на бившия съфорумник Автохтон. Скоро го пусна:

http://avtohton.org/Map_ancient_PCA.html

Преди 4 минути, Южняк said:

Тествай ги сам на адмикстулс.

Кое да тествам? Адмикстулс няма ПСА функции. Затова ти пускам Г25. Тантин навремето се опита да подкара СмартПСА, но нещо не успя.

Преди 5 часа, Южняк said:

или, почти в рамките на шегата (ама не съвсем), ако му проследим дрифта на тоя човек, от самоводене, се получава следното нещо -

Преди 5 часа, Южняк said:

Супер е. капитан андреево и мак. иа са родово свързани. образцово демонстрирано от ф3.

Преди 5 часа, Южняк said:

автохтон мъч? трак от красноярск? но трак? защо така? край-отиде. междувпрочен, нали преди два поста с генефенът пледирахте, че тоя бил авар?

Няма нужда да е трак, за да има локален европейски компонент (или повече компоненти). А явно има. За мен картината е    следната: Самоводене е рядък микс от различни компоненти и съответно е далеч от всички популации. Има "тракийско", но не е "трак". Има аварско, но не е авар. Има славянско, но не е славянин. А конкретни модели не могат да се строят, защото вероятният славянски компонент липсва при Райх. Конкретно по аварския компонент, там популациите са изключително разнородни и дявол знае точно коя част е свързана със Самоводене. Г25 дава разнообразен аварски микс, а в адмикстулс е технически много затруднително да се гледат такива детайли.

Преди 30 минути, Кухулин said:

В Г25 ясно се вижда западнославянският компонент от Кракауер, с който въпросните авари явно са се любили.

Между 10% и 25%, в зависимост от формата на славянските проби.

Преди 17 минути, genefan said:

Не знам защо този от Самопводене го спекулирате за всякакъв, но не и авар (поне по мъжка линия). А по хаплогрупа той е точно такъв и няма начин да излезе друго с какъвто е метод да се ползва.

Отдавна сме забелязали и отбелязали аварската връзка в Самоводене. Проблемът е, че автозомно тя много трудно се изследва. В Г25 ясно се вижда западнославянският компонент от Кракауер, с който въпросните авари явно са се любили. Само че тези проби са на Макс Планк и не са включени в базата на Райх.