Резултатите от анализа на ДНК на древен човек от "Еленовата пещера" признати за грешни

[mnogoznaiko]

Основният проблем е вероятното замърсяване на пробата със съвременна ДНК

Xiaoming Zhang et al. / Current Biology, 2022
Част от череп от пещерата Малудун

Американски учени анализираха публикувания през 2022 година геном на древен човек от китайската пещера Малудун, Китай ("Еленовата пещера"), живял преди около 14 хиляди години. Те стигнаха до заключението, че изводите от първоначалното изследване, получило широко медийно отразяване, са некоректни, а самата изследвана проба най-вероятно е силно замърсена с ДНК на съвременен човек. Критичните забележки към статията бяха публикувани в списание Current Biology, а допълненията към тях учените качиха като предварителна публикация на сайта bioRxiv.org.

През 1989 година в пещерата Малудун ("Еленовата пещера"), която се намира в южен Китай, изследователи откриха древни човешки останки: черепна кутия, няколко други фрагмента от черепни кости и челюсти, два зъба и части от бедрена и голямопищялна кост. Въпреки че останките принадлежаха на хора, живели в края на плейстоцена – преди около 14 хиляди години, те съчетаваха в себе си черти, характерни както за сапиенси, така и за по-архаични представители на нашия род. Анализът на тези кости и находки от друга китайска пещера Лунлин позволи на някои учени да издигнат хипотезата, че подобна мозаечна морфология е възможно да е следствие от хибридизация между представители на различни видове.

През 2022 година китайски учени представиха резултатите от генетично изследване на останките от находището Малудун. Според тях, те са извлекли древна ДНК от фрагмент на черепната кутия MLDG-1704. Анализираната последователност, получила условното обозначение MZR, представляваше първия геном на човек от епохата на късния плейстоцен от южната част на Източна Азия. Тогава учените определиха, че останките принадлежат на жена-сапиенс без каквито и да било признаци, че нейните предци в близкото минало са се смесвали с представители на архаични популации. Освен това, един от важните изводи от това изследване беше, че популацията, към която е принадлежал човекът от Малудун, генетично много наподобява значителна част от предците на коренните американци.

Но американски палеогенетици и биоинформатици начело с известния изследовател Дейвид Райх от Харвардския университет представиха критични забележки към тази статия в списание Current Biology, където преди почти три години беше публикуван геномът на древния човек от Малудун. Фактически доводите на американските учени зачеркват всички по-рано получени изводи от геномния анализ. Според авторите, прочетената последователност на ДНК не отговаря на критериите, които биха позволили използването ѝ в популационни изследвания.

Критиците обърнаха внимание на много големия брой грешки в публикуваната последователност, при това нивото им беше изключително високо дори за митохондриална ДНК, качеството на покритие на която обикновено е с порядъци по-високо, отколкото за ядрената ДНК. Например, американските учени отбелязаха, че честотата на грешките в последователността на митохондриалната ДНК се оказа толкова висока, че те не успяха дори да определят към коя митохондриална хаплогрупа е принадлежал този човек, да не говорим за по-далечни изводи за майчината линия на индивида, които се съдържат в оригиналната работа.

Част от критичните забележки и своите разсъждения за този геном американските изследователи също публикуваха като предварителна публикация на сайта bioRxiv.org. Същността им се свежда до това, че най-вероятно пробата, подбрана за анализ, е била силно замърсена със съвременен генетичен материал. При това публикуваната последователност на ДНК приблизително на 90 процента може да бъде моделирана от ДНК на съвременен жител на Китай, тоест мястото, където са се провеждали оригиналните изследвания. 

[tantin]

Преди 9 часа, mnogoznaiko said:

 Въпреки че останките принадлежаха на хора, живели в края на плейстоцена – преди около 14 хиляди години, те съчетаваха в себе си черти, характерни както за сапиенси, така и за по-архаични представители на нашия род. Анализът на тези кости и находки от друга китайска пещера Лунлин позволи на някои учени да издигнат хипотезата, че подобна мозаечна морфология е възможно да е следствие от хибридизация между представители на различни видове.

През 2022 година китайски учени представиха резултатите от генетично изследване на останките от находището Малудун. Според тях, те са извлекли древна ДНК от фрагмент на черепната кутия MLDG-1704. Анализираната последователност, получила условното обозначение MZR, представляваше първия геном на човек от епохата на късния плейстоцен от южната част на Източна Азия. Тогава учените определиха, че останките принадлежат на жена-сапиенс без каквито и да било признаци, че нейните предци в близкото минало са се смесвали с представители на архаични популации. Освен това, един от важните изводи от това изследване беше, че популацията, към която е принадлежал човекът от Малудун, генетично много наподобява значителна част от предците на коренните американци.

 Тогава учените определиха, че останките принадлежат на жена-сапиенс без каквито и да било признаци, че нейните предци в близкото минало са се смесвали с представители на архаични популации. 

Явно при анализа на костите и структурата те са имали някакви такива предположения че това е хибрид между АМН (модерен човек) и някаква по-предишна архаична форма.

В същото време генетичния тест е показал че това не е така. MZR се оказал АМН, предшественик на съвременните азиатци и съответно в някаква степен близък и към американските индианци, щото по време той живее някъде в този период когато хората прескачат към другия континент.

Реално генетичните данни на тоя не са нещо кой знае какво толкова необичайно. Ако да беше токова замърсен, то как така се е замърсил с гени на индиянците ? Нещо китайците трябва едва ли не и индиянец да са имали в екипа си за да покаже такива данни.

При това същата тая проба са я сложили в базата на Дейвид Райх и данните са съвсем достъпни. Има ги и в съвсем суров вид, който иска може да ги гледа и конвертира.

Тогава от какъв зор Дейвид Райх и другите скочиха срещу това изследване и тая проба конкретно ? 

Не знам , не ми е особена работа да го коментирам даже. Може и да са прави, може да има някакво замърсяване, но в същото време си мисля че до голяма степен тази проба е читава, тоест че става. 

Да се напъват още и да направят още тестове. Това не е нещо ново и изключително. На такива стари кости им правят по 2-3 теста че и повече. Може пък да изкарат и още по-надеждни данни. Ще видим. 

Относно смесванията с Неандерталци и Денисовци: в оригиналната публикация не се твърди че такива смесвания изобщо нямало. 

Те казват друго: 

Цитирай

Importantly, we observed similar levels of introgression of Denisovan and Neanderthal ancestries in the MZR compared with current East Asians, consistent with the reported introgression levels in the LLR

Наблюдаваното ниво на смесване с Денисовци, Неандерталци и архаични е сходно, съпоставимо спрямо това на сегашните азиатци.

Тоест това оборва твърдението че е имало такова хибридизиране към него момент, щото ако е имало подобно скорошно смесване то нивото на тези архаични компоненти щеше да е много завишено. Но те такова нещо не наблюдават.

По скоро нивата , които те наблюдават са съвсем в рамките на средните за Азия,  един вид към него момент вече се е заформил профила на източния Азиатец.

 Може би това е нещото дето се опитват да оборят Харвардските възпитаници.  

[tantin]

Нали разбирате парадокса: Дейвид Райх първоначално приема и одобрява данните за тая проба. Слагат я в голямата им база с данни. 2-3 години тая проба си е вече утвърдена и част от голямата база. И няколко години по-късно Райх и хората му правят пълни анализи на тая проба и я оплюват. Ходи че ги разбери ако можеш. Не мога да коментирам по митохондриалната част, в тази част не гледам нищо и не обсъждам.  Но в тая наука си е така. Излизат всичките, твърдят наляво и надясно нещо, ръкопляскания и слава . И след 2-3 години си намират някоя грешка, зачертват всичко или поне една голяма част и се почва пак наново. 

[genefan]

Ами китайците трябва да се бият по всички фронтове, като руснаците. Те, наистна си залитаха по синоцентризма, че всичко е почнало оттам. Всъщност монголоидните черти са визникнали едва преди около 20000г. Преди повечето като ANE са изглеждали европеидно, но с много по-тъмна кожа. Затова се бяха заблудили за Таримските мумии, че са някакви наскоро мигрирали европейци, но те са си били местни и така са си изглеждали винаги, преди да почнат да се месят с монгполоиди.