Откъде са дошли славяните? Генетичен анализ разкрива как славянската миграция е променила Европа

[dario]

Преди 3 часа, tantin said:

Едно интервю на прифесионален генетик.

Тоест човек занимаващ се професионално с изучаване на гените.

Няма ги славяните, няма ги прабългари и авари. Няколко думи за траките. Много повече тя казва за Неандерталците.

За да разберете че тези нашите двамцата са повече спекуланти отколкото генетици

Интересна тема засегнаха каква част от характера и личността ни се формират на генетична основа. Съвсем в духа на Стойчо Керев понякога съм се чудел дали астрологията не е била предусещането на древните, че има предетерминиращи елементи в оформянето на характеристиките ни, но като нещо концептуално невъзможно за наблюдение в стари епохи е било проектирано към звезди и планети и прочие външни влияния. Разбира се, без това да легитимира астрологията. Та, дали генетиката е новата астрология, както химията и естествените науки имат корени в алхимията. Много стойчокеревско

[Кухулин]

Преди 6 часа, D3loFF said:

@Кухулин А на теб защо ти излизат изобщо англичани там? Какво е обяснението за това?

Ех...

Представи си триизмерно пространство. Улица. Стоят някакви хора. Ти гледаш двама от тях. Вървиш по улицата и зрителният ти ъгъл се променя. В един момент гледаш тези двама души под такъв ъгъл, че изглеждат много близко един до друг.

Защо изглеждат близко? Какво свързва тези двама души? Има ли видимата дистанция между тях отношение към тяхната връзка? Може би има - сигурно са приятели и вървят един към друг. Или пък са колеги, които вървят заедно след работа. Но може и да няма връзка - просто двама случайни минувачи са се засекли по зрителната ти линия. За да разбереш какво е положението, трябва да обикаляш, да ги гледаш под различни ъгли, да видиш как изглеждат, да слушаш какво си говорят и т. н. Обаче това е свързано с много обикаляне и много усилия. Затова се мъчиш да разбереш какво е положението по това, което виждаш.

Картината в изследването е 20-мерна. Проекцията 4-9 е един ъгъл, под който гледаш тази картина. Южняка е решил, че това е най-подходящият ъгъл, но пак си остава един ъгъл. Понеже измеренията са много, възможните ъгли, под които можеш да видиш картината, са страшно много. Много повече, отколкото в триизмерното пространство. Тук оставяме настрана въпроса как е нарисувана тази двадесетмерна картина, той в момента не ни вълнува.

Та, гледаме ние картината под този ъгъл и се мъчим да разберем защо нещата са подредени така, както ги виждаме. Реално нямаме идея, но предполагаме. В изследването Южняка пише, че "PC9 appears to capture an ancient Paleolithic Siberian ancestry component". Тук пише "забравИ да е ансестрален компонент, тo e inclompleted lineage sorting", т. е. вид древни роднински връзки. С други думи гадае. Аз бих добавил още една възможност - виждаме такава подредба по случайност, просто защото гледаме под такъв ъгъл.

За да разберем точно какво виждаме и защо го виждаме именно така, трябва много сериозно да изследваме картината. От най-различни ъгли, с най-различни инструменти. Засега просто констатираме, че подредбата на популациите под този ъгъл изглежда особена и може би има някакъв дълбок смисъл. Ако ги нямаше англичаните, подредбата щеше да изглежда още по-дълбокомислена, обаче те са се пльоснали там и ни развалят статистиката. Защо са там? Кой знае. Може би по случайност, а може би не...

 

 

[ДеДо Либен]

Преди 5 часа, tantin said:

Едно интервю на прифесионален генетик.

Тоест човек занимаващ се професионално с изучаване на гените.

Няма ги славяните, няма ги прабългари и авари. Няколко думи за траките. Много повече тя казва за Неандерталците.

За да разберете че тези нашите двамцата са повече спекуланти отколкото генетици

От 12.05 до 12.55 професионалния генетик споменава траки , древни българи и славяни и професионално говори пълни глупости откъде иде средизимноморския и откъде източния характер на съвременните българи - тука някъде професионалиста ме изгуби и не изгледах останалата част , може пък там да е направила некои важни открития , за които така и няма да разбера.

Толкова за професионалистите и спекулантите.

п.с.когато професионален генетик говори за история , лингвистика и археология от първа инстанция , това също са спекулации.

[Кухулин]

Преди 5 минути, ДеДо Либен said:

От 12.05 до 12.55 професионалния генетик споменава траки , древни българи и славяни и професионално говори пълни глупости откъде иде средизимноморския и откъде източния характер на съвременните българи - тука някъде професионалиста ме изгуби и не изгледах останалата част , може пък там да е направила некои важни открития , за които така и няма да разбера.

Толкова за професионалистите и спекулантите.

п.с.когато професионален генетик говори за история , лингвистика и археология от първа инстанция , това също са спекулации.

Ти ако се възмущаваш от това, сигурно още не си гледал за неандерталците и ковида  

[tantin]

Преди 1 час, Кухулин said:

Ти ако се възмущаваш от това, сигурно още не си гледал за неандерталците и ковида  

Кой въобще я пусна тази муха за Ковида?  

Неандерталците били умрели заради C*vid ?

Видях го и аз този анонс от пълното видео с археолога и зам министър на културата проф. Чобанов..

Но въпреки че проявих голямо търпение , изгледах цялото или почти цялото интервю с малки прескачания - то не чух и не разбрах как така Неандерталците са умрели от Ковида ?

Не вярвам изобщо една такава "пионерска" идея да тръгне именно от нашия известен археолог.. Вероятно той го е прочел някъде, други би трябвало да са първоизточниците... 

Но доколко това е надеждна информация, доколко е спекулация ? И защо  точно от интервюто на един "археолог" трябва да научаваме такива доста скандални, жълти новини ?

Ако сме тръгнали така, то скоро време министерството на културата може да бъде прекръстено на министерство на Сапунката и на жълтите булевардни новини. 

ПП. за справка:  

 

Редактирано Неделя в 17:39 от tantin

[tantin]

Не случайно и C*VID са го написали с големи ЖЪЛТИ букви, щото това е абсолютно жълта новина. Да не казвам гола лъжа. 

ПП.2. Интересно ми е дали доцента би се подписал под това заглавие и под тази новина. Неговите книги от сума време са точно в този стил: жълти новини по историческия ни произход. Сега остава да оправим Хърватите и Неандерталците. 

Редактирано Неделя в 17:44 от tantin

[tantin]

Сега: пак се включвам.. Нова история с Неандерталците и Ковид-а...

Работата е бая дебела. Чобанов вижда се  е чел тук и там. Не винаги е коректен в цитиранията. Понякога подобни жълти новини излизат едва ли не от негово име. А той не си е мръднал дори пръста за подобни изследвания. Поне да цитираше както му се полага за доцент и учен. А той преразказва като стара баба...

Защо казвам че работата е дебела:

https://www.nature.com/articles/s41586-020-2818-3#Sec5

Сванте Паабо..

Тази публикация е още от далечната 2020 година (Published: 30 September 2020) ..

От тогава толкоз вода изтече .  Дори може да се каже че към него момент през 2020 г Ковида все още беше в циркулация.

Присетил се е г-н Чобанов за Неандерталците и за Ковида , добре ни го е цитирал. Всъщност доста зле го цитира, но как да е...

Сванте е едва ли не Алберт Айнщайн в областта на генетиката. Лауреат на Нобелова награда, при това точно по въпросите на Неандерталците...

Ако аз тръгна да критикувам Сванте - представяте си колко жалко и неуместно би било.  Вижда се че г-н Чобанов не случайно го е изказал това твърдение...

Друг въпрос обаче е това че откак е публикувана тази статия не сме видели кой знае какви потвърждения на тезата изказана от Сванте и от Хюго Зеберг. Може да е верно, може и да не е верно.

А ако си мислите че Сванте е непогрешим и че всички му се доверяват сляпо: много се лъжете. Ето коментар или рецензия по статията на Сванте.. Да видите че специалистите в тази област също подлагат на проверка всяко подобно твърдение, дори и да е изказано от Нобелов лауреат. Ако си мислите че коментарите са само и единствено положителни: това беше някога във времето на соца... Науката в днешно време е доста критична, тоест всичко се подлага на проверка..

Цитирай

Рецензент #1 (Бележки към автора):
Доклад на тема „Основният генетичен рисков фактор за тежък COVID-19 е наследен от неандерталците“
Този ръкопис изследва възможността регион на хромозома 3, който наскоро беше
свързан с риск от тежък изход от Covid-19, да е наследен от неандерталците.
Авторите сравняват специфичните варианти в свързания регион с различни неандерталски геноми,
както и генетични данни от няколко съвременни човешки популации. Те откриват, че много варианти,
които са в силна връзка с най-важния вариант, свързан с Covid-19, също се откриват (в хомозиготност)
в неандерталски геном от пещерата Виндия, модел, подкрепен и от други неандерталски
геноми. Авторите заключават, че този хаплотип наистина е наследен от неандерталците и
подкрепят заключението си със симулации на споделен произход и чрез филогенетичен анализ на
хаплотипния регион в съвременните човешки популации.
Анализът очевидно е много навременен и по-доброто разбиране на генетичните рискови варианти и тяхното разпространение е от много широк интерес за научната общност, но също така е от особено значение за всички усилия в областта на общественото здравеопазване в условията на тази пандемия. Еволюционната перспектива,
предложена тук, е особено интригуваща.
Хипотезата е ясна и правдоподобна. Наследяването на неандерталската ДНК при съвременните
хора е добре установено и това може да е особено интересен случай. Цялостният анализ
и представянето на данните и резултатите изглеждат обосновани и не мога да идентифицирам съществени недостатъци, но
липсва известна информация, която би подобрила достъпността и интерпретируемостта на
резултатите. Подробно описах тези точки по-долу.
Малко съм загрижен за използването на данните за Covid19hg. Знам, че тези данни са предоставени
за незабавна изследователска употреба, но не съм сигурен дали публикуването им е и „безплатно“,
преди да бъдат публикувани от инициативата Covid19gh. Разделът на уебсайта на covid19hg
относно „Условия за ползване на резултатите и авторство“ все още е празен, като е посочена само бележка „Очаквайте скоро“. Затова
бих призовал авторите да получат писмо от координаторите на Covid19hg, в което да се посочва, че те
одобряват публикуването на тези резултати или предоставят други проверими доказателства, че публикуването
на тези резултати не представлява неправомерно поведение.
Бих сметнал за важно да видя общата честота на неандерталския произход на Vindija 33.19 по хромозома 3 при европейците (оттук са повечето субекти в тези данни), за да
преценя наблюдавания модел в региона, свързан с Covid-19. Ако честотата на неандерталския
предък е като цяло ниска, това би подчертало специфичния модел, наблюдаван за локуса, свързан с Covid-19.

В края на първия параграф (основен текст) авторите заявяват, че връзката с локуса ABO не е възпроизведена от данните за Covid19hg. Това обаче може просто да се дължи на факта, че
първичните крайни точки на двете проучвания се различават („тежка дихателна недостатъчност“ срещу „хоспитализация“). Така че
предлагам да се добави нещо подобно на следната бележка към това изречение: „, вероятно поради различни
дефиниции на случаи между проучванията“. Това няма да омаловажи тезата на авторите, че локусът chr3 е
основната асоциация с Covid-19, но ще предотврати идеята, че по-ранното проучване може да е
дало погрешни резултати.
Не съм съгласен, че положителната селекция в този регион от интерес е малко вероятна. Ясно е, че гените в този
регион (които включват рецептори на клетъчната повърхност, които често са насочени от вируси, за да влязат в клетките гостоприемници)
имат повече функции/фенотипове, отколкото само ефекта върху риска от Covid-19, така че със сигурност е възможно
вариантите в този регион да са били избрани по други причини, но сега един (или повече) от вариантите
дават недостатък пред лицето на Covid-19. Вариантите под положителна селекция и тези, които сега
са свързани с Covid-19, също биха могли да бъдат различни и просто да бъдат свързани. Такива ефекти на генетичния тласък
са добре описани за HLA региона (Lenz et al. 2016 MBE, doi:10.1093/molbev/msw127). Всъщност, това би било добро обяснение защо този хаплотип е бил запазен при съвременните хора,
затова бих призовал авторите да включат това като възможност, особено в края на дискусията,
където те спекулират за ролята на този хаплотип за здравето на неандерталците.
В този смисъл, в текста трябва да се посочи по-ясно, че базираното на модела отхвърляне
на възможността този хаплотип да произлиза от общ прародител се основава на предположението
за неутрална еволюция (или поне така предполагам). Предполагам, че модел с балансирана селекция върху този
хаплотип би дал различен резултат.
 

Общият червен цвят между Фиг. 1A и 1B предполага подобни ефекти, но Фиг. 1B всъщност не показва връзка с Covid-19, а само връзка с водещия SNP на Фиг. 1A. Смятам това за донякъде подвеждащо и затова предлагам да се използва различен цвят за обозначаване на LD моделите на Фиг. 1B.
Фактът, че сигналът за асоциация се простира (на по-ниско ниво) до 400-500 kb, е замаскиран с кратко изречение в легендата на Фигура 1, в което се казва, че „някои индивиди носят неандерталски хаплотип, който се простира до ~400 kb“. Не е посочено как е получена тази информация, нито как е била проверена. Мисля, че това трябва да бъде обяснено по-подробно, тъй като предполага, че не само един хаплотип е причината за асоциацията с Covid-19, както може да се разбере от описанието на „неандерталския хаплотип“ в целия текст. Предполагам, че този сигнал идва от
рекомбинация/разпад на хаплотипа, което е в съответствие със сценария, описан тук, но
трябва да бъде описан по-ясно.
В основния текст авторите фокусират анализите си главно върху SNP, които са в много висока LD
(Rsq>0.99) с най-горния SNP от Ellinghaus et al. 2020. Въпреки това, на Фиг. 1B, към която основният
текст се отнася за тези SNP, всички SNP с Rsq>0.1 са маркирани в един и същи цвят (червен), създавайки
впечатлението, че всички червени SNP са в много висока LD. Смятам това за донякъде подвеждащо и мисля,
че би било полезно, ако тези най-горни SNP (с Rsq>0.99) бяха оцветени различно на Фиг. 1B, така че
информацията да се предава по-прозрачно.

На Фиг. 2 не е ясно защо в защрихованото поле има множество хаплотипове. В текста е посочено, че тези хаплотипове са свързани с Covid-19, но не е ясно как е определено това.
Всички ли носят най-често срещания вариант? Това е малко объркващо, тъй като в противен случай в текста се споменава предимно един хаплотип (вижте също Фиг. 3). Моля, уточнете.
Също така, колко надежден е този резултат от клъстерирането по отношение на избрания модел на заместване, например как би изглеждал с модела Тамура-Ней?
На Фиг. 3 е показана честотата на неандерталския хаплотип в популации от 1KG. Не е ясно обаче как са избрани данните и популациите за този анализ (данните от 1KG съдържат повече популации от показаното тук). Този анализ трябва да бъде описан по-подробно. Също така намирам избора на символи за популациите, където липсва хаплотип, за неоптимален, тъй като те придават много по-голяма тежест на „липсата“, отколкото на много ниската честота. Какво представлява „неандерталският рисков вариант“, описан в анализа на честотата на популацията? Дали е най-асоциираният вариант от Ellinghaus et al. 2020 или този, описан на Фиг. S1 като намиращ се в перфектна LD с този най-горен SNP, или нещо съвсем различно. Това трябва да бъде по-ясно описано в текста.

 

 

[tantin]

Продължавам още малко с други коментари по публикацията на Сванте за Неандерталците и Ковид.

Рецензент 2.

Цитирай

Рецензент #2 (Бележки към автора):
Това проучване на Зеберг и Паабо тества хипотезата, че основен генетичен рисков фактор за тежък COVID-19 на хромозома 3 е бил въведен чрез неандерталска интрогресия в съвременните хора.
Като се има предвид, че сравнително малко се знае за генетиката на гостоприемника, свързана с COVID-19, това е потенциално вълнуващ резултат, който има сериозни последици както за разбирането ни на генетичния отговор на гостоприемника към COVID-19, така и за генетичното въздействие на неандерталската интрогресия.
Основните доказателства, предложени в подкрепа на неандерталския произход на рисковия хаплотип на хромозома 3 (следвайки техники, използвани от Уерта-Санчес и колеги в тяхната статия, за да покажат, че вариантът в EPAS1, който е осигурил адаптация към голяма надморска височина, е въведен чрез денисовска интрогресия), са следните:
1) рисковият хаплотип за COVID-19 е генетично по-близък до неандерталските хаплотипове (по-специално
виндийския неандерталец) спрямо други хаплотипове, сегрегиращи при съвременните хора;
2) рисковият хаплотип е твърде дълъг, за да е бил предшественик на полиморфизъм, който е бил наследен,
нерекомбиниран в човешките популации, и
3) географското разпределение на рисковия хаплотип, при което рисковият хаплотип е със значителни
честоти в Южна Азия, с по-ниски честоти в Европа, но липсва в Африка.
Докато първият ред доказателства е убедителен, вторият и третият ред са по-малко убедителни.
1. Авторите твърдят, че неандерталският рисков хаплотип е почти напълно отсъстващ в Африка.
Това твърдение противоречи на Ellinghaus et al. 2020 (Фигура S8), което показва значителни честоти на рисковия алел в африканските популации с честоти, вариращи от ~2% в Сиера Леоне до ~7% в
Нигерия и Кения (сравними с честотите, наблюдавани в Европа, и по-високи от тези в Източна
Азия).
Следователно, авторите трябва да изяснят това противоречие.
Възможно е обаче интрогресиран хаплотип да е достигнал достатъчно високи честоти в Африка чрез генен поток в Африка от неафрикански популации. За да покажат, че рисковият хаплотип наистина е интрогресиран, авторите трябва да разгледат скорошни карти на интрогресията (напр. Chen et al. 2020). Такъв анализ би могъл допълнително да изясни еволюционната история на рисковия
хаплотип в съвременните човешки популации.
2. Анализът на дължината на хаплотипа се използва, за да се оспори възможността за непълно сортиране на родословието, което води до моделите, които виждаме днес. Този анализ използва рекомбинация от 0,53
cM/Mb.
Каква карта на рекомбинация е използвана в този анализ? Предвид несигурностите на картите на рекомбинация в килобазови мащаби, би било важно този анализ да се повтори, като се използват карти, базирани на смесване
и/или родословие.

Рецензент 3.

Цитирай

Рецензент #3 (Бележки към автора):
Авторите намират, че наскоро идентифицираният рисков локус за COVID-19 в хромозома 3 има хаплотипна
структура, която може да се обясни с интрогресия на ДНК от неандерталци към хора. Чрез
сканиране на набора от данни от 1000 генома, авторите установяват, че избраният хаплотип се среща с различна
честота сред различни популации.
Като цяло, статистическият анализ, представен в ръкописа, който свързва рисковия
хаплотип за COVID-19 с неандерталския геном, е убедителен. Въпреки това, без по-нататъшно възпроизвеждане на
резултата в данните от случаите/контролите и спекулации за това как тази адаптация е свързана с COVID-19 или с
древен патоген, е трудно да се оцени нейното въздействие върху разбирането на заболяването или върху клиничните
резултати.

По-конкретно, бих предложил следния анализ:
1. UKBiobank публикува данни за екзомно секвениране и COVID-19 статусите на своите участници.
Авторите могат да използват тези данни, за да характеризират по-нататък наблюдаваната адаптация при тежки
случаи на COVID-19.
2. За да проверят дали рисковият локус на COVID-19 е подложен на силна локална селекция, авторите могат да
изчислят индекса на фиксация (Fst) между всички популации от проекта „1000 генома“. Този
анализ може да помогне на читателите да получат цялостна геномна картина, за да видят дали вариантите в този регион са по-диференцирани, отколкото би се очаквало, предвид средната геномна диференциация.
3. Ще бъде особено полезно, ако авторите могат да добавят сравнения и дискусии на рисковия локус на COVID-19
с други добре установени примери за човешка адаптация (напр. EPAS1, SLCA45A2).

Съответно ето и отговора от Сванте и другия автор към коментарите от рецензентите:

.. всъщност много са дълги тези коментари. Отказвам се да ги превеждам ( през гугъла, който иска да си ги прочете в оригинал или да си ги преведе)..

https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fs41586-020-2818-3/MediaObjects/41586_2020_2818_MOESM2_ESM.pdf

.. а и да не отвличам темата за славяните в съвсем друга посока. Нека си седим по-близко до нашите славяни и прабългарите. Неандерталците са премного назад. 

 

[Last roman]

стар вирус е ковидът и си мъчи хоминидите отпреди потопа

https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7859372/

Лошото е, че неандерите и туберкулозата ги е морила. Но не разбрах това каква връзка има с темата за славяните.

Така че прекаляваш /както обикновено/ с глупостите и се считай за предупреден, защото следващия път ще те пусна в едномесечен отпуск.

Редактирано Неделя в 20:37 от Last roman