ADMIXTOOLS 2 Playground

**Кухулин** · Юни 2, 2023

Интересно. Това трябва да е през ф2-блоковете? Ще пробвам.

**Кухулин** · Юни 2, 2023

Ибаси змията. През ф2 работи.


> result_f3 = f3 ("C:/AdmixTools/Dataset/v54.1.p1_HO_public", verbose = T,
+                 "TUR_Marmara_Kumtepe_N", 
+                 "TUR_Marmara_Barcin_N",
+              c ("RUS_Yamnaya_Samara_EBA",
+                 "ARM_Berkaber_KuraAraxes_EBA"))
ℹ Computing from f3 from genotype data...
ℹ Reading metadata...
ℹ Computing block lengths for 593124 SNPs...
ℹ Computing 2 f3-statistics for block 711 out of 711...
ℹ Summarize across blocks...
> result_f3[order(result_f3$z),]
# A tibble: 2 × 8
  pop1                  pop2                 pop3                         est    se     z     p     n
  <chr>                 <chr>                <chr>                      <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
1 TUR_Marmara_Kumtepe_N TUR_Marmara_Barcin_N RUS_Yamnaya_Samara_EBA        NA    NA    NA    NA    NA
2 TUR_Marmara_Kumtepe_N TUR_Marmara_Barcin_N ARM_Berkaber_KuraAraxes_E…    NA    NA    NA    NA    NA
> result_f3 = f3 ("C:/AdmixTools/Dataset/v54.1.p1_1240K_public", verbose = T,
+                 "TUR_Marmara_Kumtepe_N", 
+                 "TUR_Marmara_Barcin_N",
+                 c ("RUS_Yamnaya_Samara_EBA",
+                    "ARM_Berkaber_KuraAraxes_EBA"))
ℹ Computing from f3 from genotype data...
ℹ Reading metadata...
ℹ Computing block lengths for 1150639 SNPs...
ℹ Computing 2 f3-statistics for block 713 out of 713...
ℹ Summarize across blocks...
> result_f3[order(result_f3$z),]
# A tibble: 2 × 8
  pop1                  pop2                 pop3                         est    se     z     p     n
  <chr>                 <chr>                <chr>                      <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
1 TUR_Marmara_Kumtepe_N TUR_Marmara_Barcin_N RUS_Yamnaya_Samara_EBA        NA    NA    NA    NA    NA
2 TUR_Marmara_Kumtepe_N TUR_Marmara_Barcin_N ARM_Berkaber_KuraAraxes_E…    NA    NA    NA    NA    NA
> count_snps(f2_blocks)
[1] 28156
> result_f3 = f3 (f2_blocks, verbose = T,
+                 "TUR_Marmara_Kumtepe_N", 
+                 "TUR_Marmara_Barcin_N",
+              c ("RUS_Yamnaya_Samara_EBA",
+                 "ARM_Berkaber_KuraAraxes_EBA"))
ℹ Computing f3-statistics
> result_f3[order(result_f3$z),]
# A tibble: 2 × 7
  pop1                  pop2                 pop3                          est      se     z     p
  <chr>                 <chr>                <chr>                       <dbl>   <dbl> <dbl> <dbl>
1 TUR_Marmara_Kumtepe_N TUR_Marmara_Barcin_N ARM_Berkaber_KuraAraxes_EBA 0.171 0.00163  105.     0
2 TUR_Marmara_Kumtepe_N TUR_Marmara_Barcin_N RUS_Yamnaya_Samara_EBA      0.172 0.00151  114.     0
>

**Кухулин** · Юни 3, 2023

On 2.06.2023 г. at 1:18, tantin said:

Но да речем че повтарящите и три-пъти повтарящите се не са чак толкоз много.

Има общо 16 635 индивида. От тях 3 са в четири варианта, 224 са в три варианта, а 3439 са в два варианта. Ако нещо не съм объркал брояча.

Скриптче:

f_ind     = "C:/AdmixTools/Dataset/v54.1.p1_HO_public_original.ind"
t_ind     = fread( f_ind, header = FALSE, col.names = c( 'ID', 'Sex', 'Population'))
id_chunks = "\\.EC|\\.SG|\\.DG|\\.HO|_d|_noUDG|_all|_enhanced|_final_provisional|-ALL_DATA|_alt"
t_ind$ID  = str_replace_all( t_ind$ID, id_chunks, '')
view( unique( t_ind[, `:=` (N = .N, Population = .SD[[1,2]]), by = ID])[order( -N)])

Ще извиняваш за дърварското изпълнение, ама не сме на конкурс за кодери

**tantin** · Юни 3, 2023

Преди 3 часа, Кухулин said:

Ще извиняваш за дърварското изпълнение, ама не сме на конкурс за кодери

Мерси за проверката. Извода какъв е? От тия 16 хиляди в последната версия на Райх към 4000 се повтарят. Тоест остават ни 12 000. А тия повторения са досадни, щото забавят изчисленията. И други ефекти имат. А като ги погледнем на ПСА - явяват се 3 точки една до друга за все същия индивид.

Да речем че в качествения контрол преминат бариерата 2500 от тия с повторенията. За съжаление с повторенията обаче бройката им става над 5000 .

Тоест ние се напъваме с бавните компютри да изчислим група от 10 хил . индивида. Лаптопа се задъхва и пращи от всякъде, може и до 24 ч. да върти сметки.. И накрая се оказва че сметките са били за лудо, щото не сме изчистили повторенията и сме смятали за едни и същи индивиди...

--

Моите скриптове са къде къде по-дърварски . Ти си по напреднал . Аз си карам съвсем по аматьорски с R студиото. Половината ми скриптове съм ги накласил с търсачката на гугъла.

**Кухулин** · Юни 3, 2023

Преди 3 минути, tantin said:

Мерси за проверката. Извода какъв е? От тия 16 хиляди в последната версия на Райх към 4000 се повтарят. Тоест остават ни 12 000.

Не. Общо са над 20к проби от 16к индивида. Това за голямата база, с модерните (v54.1.p1_HO_public).

За останалото си прав. Аз по принцип съм отделил най-тлъстата проба от всеки индивид и само нея включвам в популацията, ама няма да ти казвам каква играчка е да се програмира тоя филтър върху мърлявата база на Райх. Изобщо, имам чувството, че тия в Харвард нямат айтита, ами някакви биолози пишат по файловете. Или пари не им се дават...

**Южняк** · Юни 8, 2023

On 2.06.2023 г. at 10:48, Кухулин said:

Ибаси змията. През ф2 работи.

То хубаво работи през ф2, обаче ф2 не ти върши (достатъчно добра) работа, ако някои от популациите се състоят от единични индивиди. Иначе, комплименти за темата. Крайно време беше и това вече е друго нещо. Дето се вика, "sledq". Гледам, че във форума на торн си открил, че българите имат сарматски компонент. Най-накрая. Анджък. Обаче тия ру_сармати.. не знам. Кои образци си поставил в тая популация? И не можа ли да намериш по-добро прокси на славяните от двата аварски образеца?Изобщо не са достатъчно добро, но, ти си знаеш, не е моя работа. Гледам и че Тантин е схванал най-накрая двойната функция на ф3; иначе, юнаци, на прав път сте. И двамата имате глави на раменете си. Само да ви предупредя, че в адмикстуулс има суперклопки. Последното най-добронамерено. Ако стигнете до нещо, проверявайте го втори и трети път при същите условия - нищо не променяйте. И гледайте дали резултатите остават същите. Има и много други клопки, уви. Кухулин вече е видял, че ако се разменят местата на десните популации се получава различен резултат. И т.н. Тантин май забрави за неолитните фермери. Кухулин засега панически бяга от аланите и особено от някои от образците от унгарски късни сармати. Те са по близо и до нас и до самоводене, от руските, които са различни и като епоха освен като геноми. Но в общи линии не чакайте резултатите да се променят кой знае колко. Д-р Чобанов и колегите му събраха и пратиха близо 1500 проби, които Харвард секвенира в момента. Зъбенето по тях (Чобанов и Харвард) е недостойно и срамно, както и пененето на тантин, който май чак сега разбира колко малко е разбирал, докато ме е "критикувал". Нейсе. Чобанов е човекът, който ви поднася стотици секвенирани антични геноми на тепсия, организира нещо, което, и една хилядна от това не е и не би могло да бъде организирано и изпълнено от "критиците" му. Те още не са вдянали, че тях никой няма да ги помни, за разлика от Чобанов, който осъществи операция струваща милиони, *безплатно* за българската наука. В отговор получава съскане и ирония (?)в целия бг интернет. Срамно. Карай, никой не е пророк в собствения си дом. Успех. Но, срамувам се че съм българин, в такива моменти. Много.

**Кухулин** · Юни 8, 2023

Преди 4 часа, Южняк said:

То хубаво работи през ф2, обаче ф2 не ти върши (достатъчно добра) работа, ако някои от популациите се състоят от единични индивиди.

Е така е, ама ако не става иначе... Като се разминат сниповете, няма начин. Шимпанзето много го обича тоя номер. Българските проби също са капризни. Освен това има и друг момент - много хора са твърдо против алснипс в адмикса, защото изкривява ф4. Обаче е по-лесно. Лазаридис например го ползва. Аз засега нямам мнение.

Преди 4 часа, Южняк said:

Обаче тия ру_сармати.. не знам. Кои образци си поставил в тая популация? И не можа ли да намериш по-добро прокси на славяните от двата аварски образеца?Изобщо не са достатъчно добро, но, ти си знаеш, не е моя работа.

Аварските славяни адмиксът си ги хареса, аз бях пъхнал няколко вида. Пък и славяни като славяни, какво им е? Виж, за Кракауер Берг (KRA001 и другите) много ме е яд, че ги няма в базата. Май са на Макс Планк проби. Сарматите са тези:

DA145.SG	DA145	M	RUS_Sarmatian
DA144.SG	DA144	M	RUS_Sarmatian
DA143.SG	DA143	F	RUS_Sarmatian
DA141.SG	DA141	M	RUS_Sarmatian
DA139.SG	DA139	F	RUS_Sarmatian
DA136.SG	DA136	M	RUS_Sarmatian
DA134.SG	DA134	M	RUS_Sarmatian
I0575	I0575	M	RUS_Sarmatian
I0574	I0574	F	RUS_Sarmatian
Pr4.SG	Pr4	M	RUS_Sarmatian
Pr10.SG	Pr10	M	RUS_Sarmatian
chy001.SG	chy001	F	RUS_Sarmatian
chy002.SG	chy002	M	RUS_Sarmatian
tem002.SG	tem002	M	RUS_Sarmatian
tem001.SG	tem001	F	RUS_Sarmatian
tem003.SG	tem003	M	RUS_Sarmatian

Преди 4 часа, Южняк said:

Зъбенето по тях (Чобанов и Харвард) е недостойно и срамно, както и пененето на тантин, който май чак сега разбира колко малко е разбирал, докато ме е "критикувал". Нейсе. Чобанов е човекът, който ви поднася стотици секвенирани антични геноми на тепсия, организира нещо, което, и една хилядна от това не е и не би могло да бъде организирано и изпълнено от "критиците" му. Те още не са вдянали, че тях никой няма да ги помни, за разлика от Чобанов, който осъществи операция струваща милиони, *безплатно* за българската наука. В отговор получава съскане и ирония (?)в целия бг интернет. Срамно. Карай, никой не е пророк в собствения си дом. Успех. Но, срамувам се че съм българин, в такива моменти. Много.

Според мен тези неща са излишни. Не сме от вчера и знаем какво е положението с критиката. Може да е неприятно и да създава някои проблеми, но без критика човек се отпуска и почва да пише глупости. Съдейки по глупостите, които изскачат от време на време, явно в българските археогенетични среди липсва нужната критика. Тъй че вместо да се оплакваш, трябва да черпиш

**Кухулин** · Юни 9, 2023

Преди 16 часа, Южняк said:

Кухулин засега панически бяга от аланите

За теб винаги. Горе-долу читав модел с кавказките алани от таблицата в другия форум:

Както писах и там, с византиеца всичко се получава много гладко. Не знам обаче какво ще е положението, като излязат новите руски изследвания. Предварителните данни, които постна genefan, показват доста голяма разлика между "нашите" кавказки алани и техните.

Пълен код на модела:

Цитирай

> result_RomByz = qpadm ("C:/AdmixTools/Dataset/v54.1.p1_HO_public", verbose = T,  
+              left = c ("HUN_Avar",
+                        "MNG_XiongNu_WE",
+                        "RUS_Alan",
+                        "BGR_RomByz"), 
+             right = c ("Mbuti.DG",
+                        "CHG",
+                        "EHG",
+                        "Levant_PPN",
+                        "SRB_Iron_Gates_HG",
+                        "TUR_Marmara_Barcin_N",
+                        "IRN_Ganj_Dareh_N", 
+                        "ISR_Natufian_EpiP", 
+                        "MAR_Taforalt_EpiP", 
+                        "RUS_AfontovaGora3", 
+                        "Mesopotamia",
+                        "RUS_MA1_HG", 
+                        "TUR_C_Boncuklu_PPN", 
+                        "TUR_Pinarbasi_EpiP",
+                        "RUS_DevilsCave_N", 
+                        "WHG"), 
+               target = "Bulgarian.HO", 
+              allsnps = T)
ℹ Reading metadata...
ℹ Computing block lengths for 593124 SNPs...
ℹ Computing 60 f4-statistics for block 711 out of 711...
ℹ "allsnps = TRUE" uses different SNPs for each f4-statistic
  Number of SNPs used for each f4-statistic:
           pop1           pop2     pop3                 pop4      n
1  Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG                  CHG  72812
2  Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG                  EHG  71301
3  Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG     IRN_Ganj_Dareh_N  72527
4  Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG    ISR_Natufian_EpiP  15392
5  Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG           Levant_PPN  65763
6  Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG    MAR_Taforalt_EpiP  72480
7  Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG          Mesopotamia  64666
8  Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG    RUS_AfontovaGora3  26673
9  Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG     RUS_DevilsCave_N  72816
10 Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG           RUS_MA1_HG  53864
11 Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG    SRB_Iron_Gates_HG  72872
12 Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG   TUR_C_Boncuklu_PPN  71508
13 Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG TUR_Marmara_Barcin_N  72877
14 Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG   TUR_Pinarbasi_EpiP  62667
15 Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG                  WHG  72876
16 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG                  CHG 443932
17 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG                  EHG 432352
18 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG     IRN_Ganj_Dareh_N 437049
19 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG    ISR_Natufian_EpiP  77966
20 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG           Levant_PPN 369932
21 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG    MAR_Taforalt_EpiP 440307
22 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG          Mesopotamia 372400
23 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG    RUS_AfontovaGora3 143051
24 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG     RUS_DevilsCave_N 443935
25 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG           RUS_MA1_HG 323482
26 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG    SRB_Iron_Gates_HG 444181
27 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG   TUR_C_Boncuklu_PPN 432240
28 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG TUR_Marmara_Barcin_N 444244
29 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG   TUR_Pinarbasi_EpiP 365781
30 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG                  WHG 444313
31 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG                  CHG 546755
32 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG                  EHG 518920
33 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG     IRN_Ganj_Dareh_N 519046
34 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG    ISR_Natufian_EpiP  82799
35 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG           Levant_PPN 410312
36 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG    MAR_Taforalt_EpiP 531847
37 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG          Mesopotamia 425094
38 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG    RUS_AfontovaGora3 151076
39 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG     RUS_DevilsCave_N 546828
40 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG           RUS_MA1_HG 393561
41 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG    SRB_Iron_Gates_HG 545726
42 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG   TUR_C_Boncuklu_PPN 519754
43 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG TUR_Marmara_Barcin_N 546618
44 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG   TUR_Pinarbasi_EpiP 420765
45 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG                  WHG 547258
46 Bulgarian.HO       RUS_Alan Mbuti.DG                  CHG 589196
47 Bulgarian.HO       RUS_Alan Mbuti.DG                  EHG 559139
48 Bulgarian.HO       RUS_Alan Mbuti.DG     IRN_Ganj_Dareh_N 559307
49 Bulgarian.HO       RUS_Alan Mbuti.DG    ISR_Natufian_EpiP  89075
50 Bulgarian.HO       RUS_Alan Mbuti.DG           Levant_PPN 442204
51 Bulgarian.HO       RUS_Alan Mbuti.DG    MAR_Taforalt_EpiP 573018
52 Bulgarian.HO       RUS_Alan Mbuti.DG          Mesopotamia 457536
53 Bulgarian.HO       RUS_Alan Mbuti.DG    RUS_AfontovaGora3 162558
54 Bulgarian.HO       RUS_Alan Mbuti.DG     RUS_DevilsCave_N 589265
55 Bulgarian.HO       RUS_Alan Mbuti.DG           RUS_MA1_HG 423825
56 Bulgarian.HO       RUS_Alan Mbuti.DG    SRB_Iron_Gates_HG 588086
57 Bulgarian.HO       RUS_Alan Mbuti.DG   TUR_C_Boncuklu_PPN 559928
58 Bulgarian.HO       RUS_Alan Mbuti.DG TUR_Marmara_Barcin_N 589071
59 Bulgarian.HO       RUS_Alan Mbuti.DG   TUR_Pinarbasi_EpiP 453257
60 Bulgarian.HO       RUS_Alan Mbuti.DG                  WHG 589771
ℹ Computing admixture weights...
ℹ Computing standard errors...
ℹ Computing number of admixture waves...

warning: solve(): system is singular (rcond: 3.04314e-17); attempting approx solution

warning: solve(): system is singular (rcond: 1.81923e-19); attempting approx solution
> result_RomByz$weights
# A tibble: 4 × 5
  target       left           weight     se     z
  <chr>        <chr>           <dbl>  <dbl> <dbl>
1 Bulgarian.HO HUN_Avar       0.474  0.0512 9.27 
2 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE 0.0288 0.0337 0.855
3 Bulgarian.HO RUS_Alan       0.161  0.0928 1.74 
4 Bulgarian.HO BGR_RomByz     0.336  0.0706 4.76 
> result_RomByz$popdrop[1,]
# A tibble: 1 × 15
  pat      wt   dof chisq     p f4rank HUN_Avar MNG_XiongNu_WE RUS_Alan BGR_RomByz
  <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>  <dbl>    <dbl>          <dbl>    <dbl>      <dbl>
1 0000      0    12  14.2 0.290      3    0.474         0.0288    0.161      0.336
# ℹ 5 more variables: feasible <lgl>, best <lgl>, dofdiff <dbl>, chisqdiff <dbl>,
#   p_nested <dbl>

Редактирано Юни 9, 2023 от Кухулин

**Кухулин** · Юни 9, 2023

Още един, този път с Розово. И покрай тази проба се очертава интересна ситуация, но още не съм я гледал под лупа като византиеца.

**Южняк** · Юни 9, 2023

ОТ: ползваш ли qpfstats = true при екстракция на ф2 със запазване в диска в експериментите сио досега?

**genefan** · Юни 9, 2023

Опит за публикация на известни аматьори форумци и блогъри относно произхода на албанците, но фигурират и повечето български проби, така че може да си сверите плотовете.
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.05.543790v1.full.pdf

**Кухулин** · Юни 9, 2023

Преди 8 часа, Южняк said:

ОТ: ползваш ли qpfstats = true при екстракция на ф2 със запазване в диска в експериментите сио досега?

Не, не съм го ползвал. Има ли някаква реална полза от него?

**tantin** · Юни 10, 2023

Преди 16 часа, Южняк said:

ОТ: ползваш ли qpfstats = true при екстракция на ф2 със запазване в диска в експериментите сио досега?

Южняк, ти задаваш въпроси дето и на английски и на бушменски да питаш трудно ще ти отговорим. Дотам не сме стигнали, и аз не съм стигнал още и не знам за какво става дума. Аз му дадох основните насоки на Кухулин и му се възхищавам на ентусиазма . Обаче в тънкостите с Ф3/Ф4 , още не сме толкова супер напреднали. Аз обаче си имам самочувствие, понеже на първо място ползвам ПСА, а статистиките са ми само за доуточнение.

Ти не си най-добрия инструктор за начинаещи, сори че се налага да ти го кажа. Стоянчо Денев беше къде къде по-търпелив с такива като нас докато не му издържаха нервите, щото някой хора го провокираха, пък и той самия такива тези защитаваше че ти знаеш как е там работата...

Относно Маготин: няма лошо с беневолството, няма лошо да е координатор.. Никой няма да го критикува за тая му дейност. Напротив. Само похвали, дори и за медал ако трябва да го предложим.. Но относно историческо-генетическите му тълкувания: ами аз поне доколкото те следвам теб и доколкото виждам какви позиции отстоява Маготин: вие от съдружници се превърнахте във върли врагове и не знам как въобще се понасяте.. Но евала на приятелстовото ви и че го защитаваш.. Аз поне доколкото ви следя позициите: ти реално го отричаш, ти си на съвсем друго мнение по отношение прабългарите.. Докато Маготин си знае за някакви си кавказци и алани и сармати.. Те били същинските прабългари.. Евала и похвали на Кухулин че се нагърби с тая неблагодарна задача да развенчае тоя глупав мит дето такива като Маготин се опитаха да пробутат, че едва ли не прабългарите били някакви си кавказци и алани, при това индо-европейци .. И прочие недомислици.. Аз нямам нищо против една таква теза да бъде отстоявана, но Маготин ползва погребения и архитектура за да го доказва. В генетиката досега Маготин е чист асистент и секретарка, координатор на проект.. Да му давате думата за главен говорител, анализатор, и експерт по генетиката, сори приятелю... Колкото и да не разбираме, вече от тук и оттам има хора дето разбират това и онова.. Тая работа с Кавказкия произход хич, ама хич не виждам как Маготин може да я отстои.. То реално ти си тоя дето ще му сложи пръта в колелото, но не разбирам що го оставяте човека да си развихря фантазията и да мъти вода на пресните риби, дето не знаят за какво става дума..

**Кухулин** · Юни 10, 2023

Според мен на този етап е рано да се правят някакви генерални изводи за ролята на кавказките алани в българския микс. Много голяма част от досегашните анализи се основаваха върху работите на Дамгаар и Лазаридис - съответно високия КЛС-компонент в аланите и 5-компонентния модел на българите. При по-сериозна проверка нищо от това не се потвърждава. Нито кавказките алани на Дамгаар са с висок КЛС, нито нашият 5-компонентен модел може да се възпроизведе що-годе надеждно. Следователно трябва да разчитаме изцяло на собствените си сили, които за съжаление не са в някаква пикова фаза

Какво показват лично за мен скромните ми занимавки с адмикстулса? Показват, че цялата стабилност на моделите се крепи върху славяните и местния дославянски компонент. Там са високите проценти, там е солидната статистическа значимост - устойчиво над 3 сигма. Останалите компоненти са гола вода - алани, сармати, хунну, мунну - всичко е под 3 и играе в процентите, както си иска.

А най-лошото е, че тези плаващи алано-хунски компоненти са представени от многобройни и качествени проби. И въпреки това не могат да генерират статистическа значимост. А славяните и особено нашенците са еднични проби на някакъв остатъчен принцип - тоя оттук, оня оттам, понякога с мизерни снипове. И дават 4-5-7 зет. Чак срам да го хване човек.

Извод: всяка нова българска проба от дославянския период може коренно да измени картината. Трябва да се формира ясна антична популация, за да видим кой е ядро, кой е аутлаер и т. н. Тогава вече ще можем да смятаме моделите на по-стабилна основа. А след това да ги сравняваме с пробите от прабългарските погребения и да си чешем езиците Е те тогава ще се излеят мазните потоци "интернет-критика" от всякакъв вид форумни анализатори. Това днешното нищо не е. Аз ако съм на Южняка, ще си взема отпуска

**Кухулин** · Юни 13, 2023

Тъкмо днес гледах някакви статистически примери с неандерталци от пещерата Виндия и хоп - Дробишевски пак избухна

24:45

**Южняк** · Юни 16, 2023

On 10.06.2023 г. at 5:45, Кухулин said:

Според мен на този етап е рано да се правят някакви генерални изводи за ролята на кавказките алани в българския микс. Много голяма част от досегашните анализи се основаваха върху работите на Дамгаар и Лазаридис - съответно високия КЛС-компонент в аланите и 5-компонентния модел на българите. При по-сериозна проверка нищо от това не се потвърждава. Нито кавказките алани на Дамгаар са с висок КЛС, нито нашият 5-компонентен модел може да се възпроизведе що-годе надеждно. Следователно трябва да разчитаме изцяло на собствените си сили, които за съжаление не са в някаква пикова фаза

Какво показват лично за мен скромните ми занимавки с адмикстулса? Показват, че цялата стабилност на моделите се крепи върху славяните и местния дославянски компонент. Там са високите проценти, там е солидната статистическа значимост - устойчиво над 3 сигма. Останалите компоненти са гола вода - алани, сармати, хунну, мунну - всичко е под 3 и играе в процентите, както си иска.

А най-лошото е, че тези плаващи алано-хунски компоненти са представени от многобройни и качествени проби. И въпреки това не могат да генерират статистическа значимост. А славяните и особено нашенците са еднични проби на някакъв остатъчен принцип - тоя оттук, оня оттам, понякога с мизерни снипове. И дават 4-5-7 зет. Чак срам да го хване човек.

Извод: всяка нова българска проба от дославянския период може коренно да измени картината. Трябва да се формира ясна антична популация, за да видим кой е ядро, кой е аутлаер и т. н. Тогава вече ще можем да смятаме моделите на по-стабилна основа. А след това да ги сравняваме с пробите от прабългарските погребения и да си чешем езиците Е те тогава ще се излеят мазните потоци "интернет-критика" от всякакъв вид форумни анализатори. Това днешното нищо не е. Аз ако съм на Южняка, ще си взема отпуска

Недей да се отказваш, ти за нула бройки напредна супермного. Иначе се чувствах като ви чета и тебе, и тантин напоследък. Тантин знае повече, отколкото покава, обаче има някакви странни сривове на моменти в интерпретациите. Кухулин, хубави са ти моделите и всичко е така, както го казваш. българите могат да се моделират по доста начини, с алани е само един от тях. самоводене е странен, има някакъв непревземаем дрифт в него, или е нещо близко до акъла, но аз не се сещам. няколко графики с адмикстуулс, тантин ще ти обясни как съм ги направил, той знае. ф3 хийтмап с използвани мбуту за оутгруп. дето се викаше едно време във форума, луда работа... славпро са ав1 и ав2, лонгсоут са 3-те щжни генома от сзолад лонгобардското гробище, сзстеп са 3-те генома със степен компонент пак от лонгобарското гробище, лсармат са 10-тина късносарматски генома от 4-5 в. унгарияо станалите май са ясни. 100 не е равно на 100% от генома, а на максималния брой споделени снп-та от коя да е от двойките, 0 не е 0% а двойката с най-малко общи снп-та. Значи, ако си снабито око, тука, почват да се виждат едни интеревсни цветови патерни, обединяващи някои популации, намекващи за общност. самоводене, уви, е башка; това дето съм го написал в червено като 20% не е двадесет процента, а 20 в скалата от 0 (двойката с най малко общи снп-та) до 100 (конкретната двойка с най-много общи снп-та.) аланът има някакво далекоизточно днк, както и сам се сети; за съжаление, самоводене не влиза в никоя от групите, както виждаш; има там нещо аланско, но слабо, има монголско, пак слабо, но по същество не се групира в популации. но пък след малко ще ти пусна един интересен кп админ за него..

**Южняк** · Юни 16, 2023

странна любов между византийци и южни славяни, ако е това, което си мисля, междувпрочем..

**Южняк** · Юни 16, 2023

работещи модели 1. за съвременните български образци (колонката най-вляво е п) и за.. макоедонския образец от битоля, 10-ти в., който е с, ами лщбопитно потекло, да го кажем така. горе виждаш десните популации, те са, ами, от трвоя файл който ми показа тука. левите са тези дето ги обяснявах в предния пост. файлопвете са от райх, версия ХО, и аллспс = Труе, и аллснпс +Фолс дават еднакъв горе-долу резултат. Още веднъж, ако се чудиш как се правят множество модели едновременно ит н. с адмикстуулс, мисля, убеден съм, тантин знае.

Няма налично описание.

**Южняк** · Юни 16, 2023

разбира се, сигурен съм, че при промяна на десните популации нещата биха се променили, но използвах всъщност тоя файл, дето ти го беше правил, атам това бяха десните

**Кухулин** · Юни 16, 2023

Преди 7 минути, Южняк said:

Недей да се отказваш, ти за нула бройки напредна супермного.

Няма страшно. Тематиката ми е интересна, пък и чакането на нови данни добавя към тръпката

Относно Самоводене, аз се отнасям доста предпазливо към конкретните миксове по негов адрес. Реших да подходя от друг ъгъл и имам някои предварителни резултати, плод на не много проста статистическа обработка. Донякъде се потвърждават впечатленията на Атом от другата тема.

Това е на база аутгруп ф3 и линейна корелация. Вижда се дефицит на КЛС, т. е. балансът е изместен в полза на ИЕЛС.

**Кухулин** · Юни 16, 2023

Преди 11 минути, Южняк said:

десните популации, те са, ами, от трвоя файл който ми показа тука

Това са десните популации по Лазаридис, а той не се занимава с Източна Азия в основния анализ. За пълноценен модел отдясно трябва да се включи източноазиатска референция - Хан, Дяволската пещера или нещо друго.

**Южняк** · Юни 16, 2023

Преди 2 минути, Кухулин said:

Няма страшно. Тематиката ми е интересна, пък и чакането на нови данни добавя към тръпката

Относно Самоводене, аз се отнасям доста предпазливо към конкретните миксове по негов адрес. Реших да подходя от друг ъгъл и имам някои предварителни резултати, плод на не много проста статистическа обработка. Донякъде се потвърждават впечатленията на Атом от другата тема.

Това е на база аутгруп ф3 и линейна корелация. Вижда се дефицит на КЛС, т. е. балансът е изместен в полза на ИЕЛС.

тука веднага ти казвам, че най-вероятно се дължи на ниския евронеолит в самоводене; тъй като дели всичко на две кхг/иелс, по някакъв начин софтуера е пратил неолитния компонент по посока кавказ и естествено, самоводене отстъпва на всички. но разбира се, може и напълно да греша. ако атом го твърди, между впрочем, няма начин да е вярно. чисто практически, от опит, нищо лично, но тоя не улучи и веднъж за повече от 10 г . много теко пристрастен там, а и с други проблеми, нямам представа какви. Нищо лично към Атом, но директно загубиих интерес. Нямам основание да се съмнявам в анализа на лазаридис и райх, че кавказкия компонент в самоводене е 40% (източноевропейски ловци събирачи е по-малък, по спомен, около 20%. За какво говорим тогава? Не знам.

**Южняк** · Юни 16, 2023

Just now, Кухулин said:

Това са десните популации по Лазаридис, а той не се занимава с Източна Азия в основния анализ. За пълноценен модел отдясно трябва да се включи източноазиатска референция - Хан, Дяволската пещера или нещо друго.

е, включил съм, слабгейв монголия, той не се вижда, но е там, в "левите" популации, защото не искам да изключа нищо монголско; пак от твоя файл, ако не греша, или аз го добавих, не помня. не в тия, които постнах преди малко, но изкарах сума тестове на далекоизточния компонент.

**Южняк** · Юни 16, 2023

ей тука можеш да видиш и слаб грейв монголия - да, аланите и самоводене споделят най-много снп-та с него и той с тях

**Кухулин** · Юни 16, 2023

Преди 1 минута, Южняк said:

е, включил съм, слабгейв монголия, той не се вижда, но е там, в "левите" популации, защото не искам да изключа нищо монголско; пак от твоя файл, ако не греша, или аз го добавих, не помня. не в тия, които постнах преди малко, но изкарах сума тестове на далекоизточния компонент.

Не може да го има отляво, без да сложиш референция отдясно. Трябва двете страни да са балансирани. Освен това Слабгрейв е много стар, а другите ти леви популации са по-нови. Ти си знаеш де.

Вход

ADMIXTOOLS 2 Playground

Recommended Posts

Link to comment

Share on other sites

ПОТРЕБИТЕЛИ С НАЙ-МНОГО ОТГОВОРИ

ПОПУЛЯРНИ ДНИ

ПОТРЕБИТЕЛИ С НАЙ-МНОГО ОТГОВОРИ

ПОПУЛЯРНИ ДНИ

Популярни мнения

Кухулин

genefan

Кухулин

Posted Images

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Напиши мнение

Теми

Последно разглеждащи 0 Потребители

Полезно

За нас

За контакти: