ADMIXTOOLS 2 Playground

[Южняк]

Преди 4 минути, Кухулин said:

Не може да го има отляво, без да сложиш референция отдясно. Трябва двете страни да са балансирани. Освен това Слабгрейв е много стар, а другите ти леви популации са по-нови. Ти си знаеш де.

о, прав си, далеч от съвършенство. всичко е така. но това последното е ф3 с аутгупа мбути; там няма десни. всеки с всеки.

Редактирано Юни 16, 2023 от Южняк

[Кухулин]

Преди 15 минути, Южняк said:

ако атом го твърди, между впрочем, няма начин да е вярно. чисто практически, от опит

Е, Атом в случая цитира Лазаридис. Аз, знаеш, по принцип не се отнасям с голямо доверие към Харвардската школа  но тук изглежда са прави. Поне на първо четене.

 

 

[Южняк]

още едно ф3 с аутгрупа мбути, с някои куриози в него.  наблюдават се някои закономерности, но, не решават въпроса със самоводене. а той е належащ, защото примерно битоля е 50% самоводене, да не говорим, че и съвр. български геноми имат компонент от него... разбира се, това са работни файлове и всичко е с не едно, а много наум..но тук се отваря известна вероятност самоводене да има компонент от желязна епоха ингрия, т.е. угорски....в таблицата има неподходяща двойка, австрияроман/австрияроман левант, която пообърква всичко.. но, пак е любопитна..

[Южняк]

в таблицата самоводене обича всички, а значи, никой...

[Кухулин]

Тези стойности в какви единици са? В смисъл - как са получени?

[Южняк]

ф3 (Мбути; х,у)всеки с всеки; най-голям общ дрифт имат аустриа клоустен..роман.сг с аустираклоустен- не знам си какво романсг -оут; което се приравнява на 100; оттам нататък е скала надолу спрямо размера общ дрифт на аустриа клоустен..роман.сг с аустираклоустен; т.е. примерно алан/монголия имат 26% общ дрифт, ако вземем общия дрифт между аустриа клоустен..роман.сг и аустираклоустен- не знам си какво романсг -оут за 100; т.е. ако дрифта на двамата римски войника от австрия помежду им възлиза на  100 снп-та, дрифта между алани и монголци възлиза на 26 снп-та, ; ако дрифта между австрийците възлиза на 4000 снп-та (от общо 500 хиляди), дрифта между алани и монголци възлиза на 1000 снп-та (пак от 500 000). т.е. 100 не значи изобщо автоматично сто процента, а само най-високото количество общ дрифт между коя да е сравнявана двойка. И...започваш да виждаш някои закономерности...междувпрочем, когато ти казах, че Тантин може да ти го обясни, не се шегувах. Питай го и ще видиш, че ще ти обясни техниката. Прави се с адмикстуулс 2. това, дето го обсъждаме тука.

Редактирано Юни 16, 2023 от Южняк

[Кухулин]

Преди 57 минути, Кухулин said:

Няма страшно. Тематиката ми е интересна, пък и чакането на нови данни добавя към тръпката  

Относно Самоводене, аз се отнасям доста предпазливо към конкретните миксове по негов адрес. Реших да подходя от друг ъгъл и имам някои предварителни резултати, плод на не много проста статистическа обработка. Донякъде се потвърждават впечатленията на Атом от другата тема.

Това е на база аутгруп ф3 и линейна корелация. Вижда се дефицит на КЛС, т. е. балансът е изместен в полза на ИЕЛС.

Горният плот е с аутгруп Мбути. Йоруба малко измества баланса, но структурата се запазва:

[Кухулин]

Преди 3 минути, Южняк said:

ф3 (Мбути; х,у)всеки с всеки; най-голям общ дрифт имат аустриа клоустен..роман.сг с аустираклоустен- не знам си какво романсг -оут; което се приравнява на 100; оттам нататък е скала надолу спрямо размера общ дрифт на аустриа клоустен..роман.сг с аустираклоустен; т.е. примерно алан/монголия имат 26% общ дрифт, ако вземем общия дрифт между аустриа клоустен..роман.сг и аустираклоустен- не знам си какво романсг -оут за 100; т.е. ако дрифта на двамата римски войника от австрия помежду им възлиза на  100 снп-та, дрифта между алани и монголци възлиза на 26 снп-та, ; ако дрифта между австрийците възлиза на 4000 снп-та (от общо 500 хиляди), дрифта между алани и монголци възлиза на 1000 снп-та (пак от 500 000). т.е. 100 не значи изобщо автоматично сто процента, а само най-високото количество общ дрифт между коя да е сравнявана двойка. И...започваш да виждаш някои закономерности...

Аха, ясно. Значи Самоводене е равноотдалечен от всички тези популации в относителен план. Трябва да погледнем към кои беше близък в Г25 и да ги сравним. Забравил съм вече.

[Южняк]

кои образци дефинираш като кхг и кои като иелс за плота?

[Южняк]

Just now, Кухулин said:

Аха, ясно. Значи Самоводене е равноотдалечен от всички тези популации в относителен план. Трябва да погледнем към кои беше близък в Г25 и да ги сравним. Забравил съм вече.

има по-голям общ дрифт със монголия и аланите отколкото имат всички други образци. но това просто не казва достатъчно. ситуацията на образците от ингрия е подобна, но това не казва достатъчно, а и не е същата.

[Южняк]

Преди 12 минути, Кухулин said:

Горният плот е с аутгруп Мбути. Йоруба малко измества баланса, но структурата се запазва:

кухулин, не искам да отхвърлям априорно, но шанса джюлюница-неолит и ябълково-неолит да имат цели 0.155 (т.е. 15%?) иелс е равен на пълна и фундаментална нула. особено при условие, че бгр ямна тук са маркирани като иелс = 0.170. Нещо е сбъркано, на пръв поглед. Или, да го кажем иначе, по мои сведения, както и по сведения на всички останали, иелс компонента на джюлюница неолит и ябълково - неолит е 0. не 0.150. скалата изглежда ненаред, веднага.

Редактирано Юни 16, 2023 от Южняк

[Кухулин]

Преди 3 минути, Южняк said:

кухулин, не искам да отхвърлям априорно, но шанса джюлюница-неолит и ябълково-неолит да имат цели 0.155 (т.е. 15%?) иелс е равен на пълна и фундаментална нула. особено при условие, че бгр ямна тук са маркирани като иелс = 0.170. Нещо е сбъркано, на пръв поглед. Или, да го кажем иначе, по мои сведения, както и по сведения на всички останали, иелс компонента на джюлюница неолит и ябълково - неолит е 0. не 0.150. скалата изглежда ненаред, веднага.

Това по осите не са проценти, а е суровата стойност на ф3. Зелената линия е линейна корелация между КЛС и ИЕЛС след елиминиране на статистическите аутлаери. Диаграмата следва да се чете така: над зелената линия КЛС е нетипично висок за нашите земи, а под зелената линия е нетипично нисък. 

[Кухулин]

Самоводене сравнен с австрийците по Г25. Общо взето някакъв аваро-маджарски тип.

[Кухулин]

Преди 17 минути, Южняк said:

кои образци дефинираш като кхг и кои като иелс за плота?

 

KK1_noUDG.SG M CHG
SATP_noUDG.SG M CHG
I0061 M EHG
I0211 M EHG
I0124 M EHG

 

Редактирано Юни 16, 2023 от Кухулин

[tantin]

Преди 1 час, Южняк said:

Недей да се отказваш, ти за нула бройки напредна супермного. Иначе се чувствах като ви чета и тебе, и тантин напоследък. Тантин знае повече, отколкото покава, обаче има някакви странни сривове на моменти в интерпретациите. Кухулин, хубави са ти моделите и всичко е така, както го казваш. българите могат да се моделират по доста начини, с алани е само един от тях. самоводене е странен, има някакъв непревземаем дрифт в него, или е нещо близко до акъла, но аз не се сещам. няколко графики с адмикстуулс, тантин ще ти обясни как съм ги направил, той знае. ф3 хийтмап с използвани мбуту за оутгруп. дето се викаше едно време във форума, луда работа... славпро са ав1 и ав2, лонгсоут са 3-те щжни генома от сзолад лонгобардското гробище, сзстеп са 3-те генома със степен компонент пак от лонгобарското гробище, лсармат са 10-тина късносарматски генома от 4-5 в. унгарияо станалите май са ясни. 100 не е равно на 100% от генома, а на максималния брой споделени снп-та от коя да е от двойките, 0 не е 0% а двойката с най-малко общи снп-та. Значи, ако си снабито око, тука, почват да се виждат едни интеревсни цветови патерни, обединяващи някои популации, намекващи за общност. самоводене, уви, е башка; това дето съм го написал в червено като 20% не е двадесет процента, а 20 в скалата от 0 (двойката с най малко общи снп-та) до 100 (конкретната двойка с най-много общи снп-та.) аланът има някакво далекоизточно днк, както и сам се сети; за съжаление, самоводене не влиза в никоя от групите, както виждаш; има там нещо аланско, но слабо, има монголско, пак слабо, но по същество не се групира в популации. но пък след малко ще ти пусна един интересен кп админ за него..

Много добре я подкарахте темата! Браво!

Поздравления и за вкарването на heatmap в играта.

Аз обичам когато се дава също цветния код - като легенда, кой цвят на накво разтояние съответства.

Вижда се тука че по топлите, червените цветове са по-близките.

Съответно сините се раздалечават.

На база тия разтояния се прави клъстърния анализ, съответно групирането по клъстъри.

Клъстърите са дадени като линийки, дървовидната структура над и встрани от таблицата.

На мен повечко ми се струва че има някакъв балкански компонент, групирани около византиеца , виждаме много стабилно ядро което е доста разнородно но се е стабилизирало и умножило.

[Кухулин]

Стандартен ф4 тест за баланс на генния поток. По-рано в темата се отнесох леко скептично към него, но изглежда се  потвърждава:

[Кухулин]

Преди 51 минути, Кухулин said:

Диаграмата следва да се чете така: над зелената линия КЛС е нетипично висок за нашите земи, а под зелената линия е нетипично нисък. 

Тук е редно да се коригирам. Диаграмата не отразява абсолютните стойности на КЛС, а баланса КЛС / ИЕЛС. Над линията - нетипично в полза на КЛС, под линията - нетипично в  ползана ИЕЛС. Лека корекция, но важна  

[tantin]

Преди 2 часа, Южняк said:

ф3 (Мбути; х,у)всеки с всеки; най-голям общ дрифт имат аустриа клоустен..роман.сг с аустираклоустен- не знам си какво романсг -оут; което се приравнява на 100; оттам нататък е скала надолу спрямо размера общ дрифт на аустриа клоустен..роман.сг с аустираклоустен; т.е. примерно алан/монголия имат 26% общ дрифт, ако вземем общия дрифт между аустриа клоустен..роман.сг и аустираклоустен- не знам си какво романсг -оут за 100; т.е. ако дрифта на двамата римски войника от австрия помежду им възлиза на  100 снп-та, дрифта между алани и монголци възлиза на 26 снп-та, ; ако дрифта между австрийците възлиза на 4000 снп-та (от общо 500 хиляди), дрифта между алани и монголци възлиза на 1000 снп-та (пак от 500 000). т.е. 100 не значи изобщо автоматично сто процента, а само най-високото количество общ дрифт между коя да е сравнявана двойка. И...започваш да виждаш някои закономерности...междувпрочем, когато ти казах, че Тантин може да ти го обясни, не се шегувах. Питай го и ще видиш, че ще ти обясни техниката. Прави се с адмикстуулс 2. това, дето го обсъждаме тука.

Горе доли съм наясно, но не съм чак толкоз навътре че да обяснявам. Пробвал съм да пускам подобни, но и съм позабравил.

Виждам че ти директно от Ф3 статистиките ги извеждаш.

Аз ползвах едни скриптове от Нгансан ( или както му беше там името) , от ПСА данните може да се прави директно хийтмап и клъстърен анализ.

Мерси за похвалите Южняк! Пробваме се, но има много какво още да се желае.

[tantin]

Преди 2 часа, Кухулин said:

Тези стойности в какви единици са? В смисъл - как са получени?

Тези стойности в таблицата се построяват на база разтоянията между всеки 2 индивида (или групи съответно).

Подобно на ПСА таблицата.

Като оцветим таблицата в цветови код, съответстващ на разтоянието се получава heatmap.

Разтоянията в примера на Южняка се формират така:

Ф3(мбути, тест1 , тест2)

Диагоналните стойности са всеки по себе си и затова са нулеви.

Съответно таблиците са симетрични, огледални по диагонала.

Над и встрани от таблицата се дава схемата с клъстърите. Тези схеми се наричат дендрограм или филограм в биологията.

[tantin]

Все пак малко доуточнение: как се получават конкретните стойности за построяване на heatmap?

Вземаме византиеца за база за сравнение.

Гледаме кой е най близко до него: 99.

Византиеца спрямо себе си е на 100 процента блозост.

Съседа му е на 99.9 процента.

Следващия да речем че е на 87 процента близост.. И така нататък.

Най-отдалечените ще са на 0 процента близост.

Тоест таблицата за heatmap e обратно пропорционална на генетичната близост.  Най високата стойност е към референтния индивид за сравнение.

 

 

[Южняк]

Кухулин, котиас си ползвал ама котиас го отпиши. за кавказец. тоя е над 50% неолитен фермер. то и аз се подведох покрай теб и ползвах котиас за определяне на какваз, без да знам че е котиас, щото си му сменил името.. котиас е дълбоко смесен. да, знам че ти звучи странно. тоя е твърде стар, на 20-на хил г. по това време неилитните фермери от анатолия са баш там, в грузия. мътна работа. но да знаеш че котиас не става. е, до нови срещи.

[Южняк]

P.s. тая графика, която постна, вземам си донякъде думите назад,  е сериозно нещо, правено с адмикстуулс 2 също; но - нещо референтните популации са проблем.  има по-лесни начини.

[Кухулин]

Преди 1 час, Южняк said:

P.s. тая графика, която постна, вземам си донякъде думите назад,  е сериозно нещо, правено с адмикстуулс 2 също; но - нещо референтните популации са проблем.  има по-лесни начини.

Не е кой знае какво, но върши работа: f3 + Linear Model + Cook's Distance. Общо взето базова статистика. Не мога да се сетя за по-лесен начин да определиш типичните нива на баланса. Мбути е добре като аутгруп, но може да се пробва всичко. Шимпанзето за съжаление не бачка.

[tantin]

Преди 1 час, Южняк said:

Кухулин, котиас си ползвал ама котиас го отпиши. за кавказец. тоя е над 50% неолитен фермер. то и аз се подведох покрай теб и ползвах котиас за определяне на какваз, без да знам че е котиас, щото си му сменил името.. котиас е дълбоко смесен. да, знам че ти звучи странно. тоя е твърде стар, на 20-на хил г. по това време неилитните фермери от анатолия са баш там, в грузия. мътна работа. но да знаеш че котиас не става. е, до нови срещи.

Това малко пресилено ми се струва, че КК1 Котиас е 50% неолитен фермер. 

Ако КК1 е 50 % неолитен фермер, то тогава кой е същинския КЛС?  Сори, ама няма по- добри представители за КЛС от КК1 и другия кавказец от Сатсубрила. Satsurblia cave.

После пак там се набутват и иранските неолитчици и влизаме в теоретична дискусия кой какъв е.

За капак - финладските еленовъди -Саами също показват някаква близост с Кавказците КЛС. И въбще цяла Европа от Неолита насам показва близост към КЛС.

Изключение разбира се са ЗЕЛС - WHG.

Примерно тук си заслужава да кажем нещо и за Джуджуана. Джуджуана са наследници на късния бачо-кировец и на руменеца от пещерата Муерти.  Джу. се явяват нещо като предшественици на КЛС и също на Анатолийския Неолит.

Но докато пътя към ЗЕЛС е добре утъпкан и виждаме много представители от различни времена, то пътя към Кавказ и Анатолийския неолит е много разкъсан и разхвърлян, тук таме някое камъче и нищо...  Премного празнини.

 

 

 

[Кухулин]

Интересна работа. В базата на Райх липсват доста проби от Южната дъга. Например българката I19455 с 296к снипа.

I19455/Tell Kran 2009; grave 8, sample 36 (outside jar; long bone), genetically female.