ADMIXTOOLS 2 Playground

[tantin]

On 19.06.2023 г. at 22:37, Кухулин said:

Интересна работа. В базата на Райх липсват доста проби от Южната дъга. Например българката I19455 с 296к снипа.

I19455/Tell Kran 2009; grave 8, sample 36 (outside jar; long bone), genetically female.

Мисля че не са ги обединили все още с основната база. Уж са в процес на обновяване на голямата база, но кой ги знае докъде са стигнали. 

Все още сме на v54.1.p1, след дребните козметични промени.  Ако искаш можеш да си ги обединиш, не е проблем, но после базата става още по голяма и трудна за обработка. 

[Кухулин]

Преди 6 часа, tantin said:

Ако искаш можеш да си ги обединиш, не е проблем, но после базата става още по голяма и трудна за обработка. 

Тоест трябва сам да си компилирам гено файл? Или има някаква друга система?

[tantin]

Преди 5 часа, Кухулин said:

Тоест трябва сам да си компилирам гено файл? Или има някаква друга система?

Това е системата. Сливаш фаийловете: (merge).

Това се прави на Линукс машина. 

Аз първо ги конвертирам в plink формат: .bed .bim .fam .

След това ги обединявам с plink. Веднъж обърнати в plink формат може директно да се правят ф3 и ф4 статистики.

Адмикстоолс 2 може да работи доректно с plink данни, няма нужда да се обръщат обратно в geno формат.

Аз това съм го отработил, ако ти трябва мога да дам скриптовете.

[Кухулин]

Преди 13 минути, tantin said:

Аз това съм го отработил, ако ти трябва мога да дам скриптовете.

Мерси, ама не ми се занимава с такива врътки. Ще изчакам тия мушмули от Харвард да си оправят базата.