ADMIXTOOLS 2 Playground

**tantin** · Май 26, 2023

Преди 3 часа, Кухулин said:

Хммм. Формално ф4 също потвърждава, че Ряховец има по-висок ИЕЛС компонент, отколкото КЛС...


> f4 (dataset, "BGR_Ryahovets_Mdv", "Mbuti.DG", "EHG", "CHG")
ℹ Getting population combinations...
ℹ 1 population combinations found
ℹ Computing from f4 from genotype data...
ℹ Reading metadata...
ℹ Computing block lengths for 1150639 SNPs...
ℹ Computing 1 f4-statistics for block 713 out of 713...
ℹ Summarize across blocks...
# A tibble: 1 × 9
  pop1              pop2     pop3  pop4      est       se     z             p      n
  <chr>             <chr>    <chr> <chr>   <dbl>    <dbl> <dbl>         <dbl>  <dbl>
1 BGR_Ryahovets_Mdv Mbuti.DG EHG   CHG   0.00309 0.000515  6.01 0.00000000189 779763
>

Като гледам колко бързо напредваш, скоро може да се включваш в международния форум или да питаш директно Лазаридис. Аз също бих го тълкувал както казваш ти. Какъв е тоя от Ряховец? Ямненец вероятно?

**tantin** · Май 26, 2023

По принцип Лазаридис си знае работата, но и грешки стават. Възможно да е окастрил много сниповете (според извадката) . Или пък в бързината нещо да са претупали. Мога и аз да превъртя същия тест с моите данни. Това какво ни дава или променя?

**Кухулин** · Май 26, 2023

Преди 11 минути, tantin said:

Какъв е тоя от Ряховец? Ямненец вероятно?

Ряховец е средновековно българско момиче с ID I10548, което се приема за прокси на съвременните българи. В модела на Лазаридис се води с излишък на КЛС спрямо ИЕЛС, което дава повод за обсъждане на всякакви кавказки миграци и прочее. Само че аз този излишък не го виждам. Може да ми трябват очила а може и да не ми трябват. Ще видим.

**Кухулин** · Май 26, 2023

Преди 25 минути, tantin said:

По принцип Лазаридис си знае работата, но и грешки стават.

Стават грешки, но при него са една след друга. Вече му нямам вяра.

**Кухулин** · Май 26, 2023

Преди 28 минути, tantin said:

Мога и аз да превъртя същия тест с моите данни.

I10548 F BGR_Ryahovets_Mdv

KK1_noUDG.SG M CHG
SATP_noUDG.SG M CHG

I0061 M EHG
I0211 M EHG
I0124 M EHG

Това са образците, които ползва Лазаридис. UzOO77 също е ИЕЛС, но по някаква причина не го е включил в популацията.

**Кухулин** · Май 26, 2023

А това са всички образци, които ползва в 5-компонентния модел, калибрирани спрямо официалния файл на Райх:


                                   V1                   V2
1                       SATP_noUDG.SG                  CHG
2                        KK1_noUDG.SG                  CHG
3                               I0211                  EHG
4                               I0061                  EHG
5                               I0124                  EHG
6                               I1954     IRN_Ganj_Dareh_N
7                               I1947     IRN_Ganj_Dareh_N
8                               I7527     IRN_Ganj_Dareh_N
9                               I1290     IRN_Ganj_Dareh_N
10                              I1945     IRN_Ganj_Dareh_N
11                            I1687_d    ISR_Natufian_EpiP
12                              I1690    ISR_Natufian_EpiP
13                              I1069    ISR_Natufian_EpiP
14                            I0861_d    ISR_Natufian_EpiP
15                            I1072_d    ISR_Natufian_EpiP
16                            I1685_d    ISR_Natufian_EpiP
17                              I0867           Levant_PPN
18                              I1414           Levant_PPN
19                              I1700           Levant_PPN
20                              I1709           Levant_PPN
21                              I8554           Levant_PPN
22                              I1415           Levant_PPN
23                              I1701           Levant_PPN
24                              I1710           Levant_PPN
25                              I1679           Levant_PPN
26                              I1699           Levant_PPN
27                       TAF010_noUDG    MAR_Taforalt_EpiP
28                       TAF015_noUDG    MAR_Taforalt_EpiP
29                       TAF014_noUDG    MAR_Taforalt_EpiP
30                       TAF013_noUDG    MAR_Taforalt_EpiP
31                       TAF011_noUDG    MAR_Taforalt_EpiP
32                       TAF009_noUDG    MAR_Taforalt_EpiP
33                       B_Mbuti-4.DG             Mbuti.DG
34                       S_Mbuti-2.DG             Mbuti.DG
35                       S_Mbuti-1.DG             Mbuti.DG
36                       S_Mbuti-3.DG             Mbuti.DG
37                              I6445          Mesopotamia
38                              I6457          Mesopotamia
39                              I6441          Mesopotamia
40                              I8432          Mesopotamia
41              AfontovaGora3_noUDG_d    RUS_AfontovaGora3
42                       MA1_noUDG.SG           RUS_MA1_HG
43                              I4657    SRB_Iron_Gates_HG
44                              I5235    SRB_Iron_Gates_HG
45                              I5240    SRB_Iron_Gates_HG
46                              I5244    SRB_Iron_Gates_HG
47                              I5242    SRB_Iron_Gates_HG
48                              I5239    SRB_Iron_Gates_HG
49                              I5773    SRB_Iron_Gates_HG
50                              I5236    SRB_Iron_Gates_HG
51                              I5238    SRB_Iron_Gates_HG
52                              I5772    SRB_Iron_Gates_HG
53                              I5771    SRB_Iron_Gates_HG
54                              I4872    SRB_Iron_Gates_HG
55                              I4871    SRB_Iron_Gates_HG
56                              I4660    SRB_Iron_Gates_HG
57                              I5409    SRB_Iron_Gates_HG
58                              I5237    SRB_Iron_Gates_HG
59                              I5234    SRB_Iron_Gates_HG
60                              I5401    SRB_Iron_Gates_HG
61                              I4916    SRB_Iron_Gates_HG
62                              I4870    SRB_Iron_Gates_HG
63                              I4877    SRB_Iron_Gates_HG
64                              I4874    SRB_Iron_Gates_HG
65                              I4875    SRB_Iron_Gates_HG
66                              I4876    SRB_Iron_Gates_HG
67                              I4881    SRB_Iron_Gates_HG
68                              I5402    SRB_Iron_Gates_HG
69                              I4915    SRB_Iron_Gates_HG
70                              I4914    SRB_Iron_Gates_HG
71                              I4917    SRB_Iron_Gates_HG
72                              I5233    SRB_Iron_Gates_HG
73                              I5407    SRB_Iron_Gates_HG
74                              I4873    SRB_Iron_Gates_HG
75                              I4880    SRB_Iron_Gates_HG
76                              I4878    SRB_Iron_Gates_HG
77             ZHJ_BON024.A0101_Luk84   TUR_C_Boncuklu_PPN
78            ZMOJ_BON014.A0101_Luk21   TUR_C_Boncuklu_PPN
79              ZKO_BON001.A0101_Luk7   TUR_C_Boncuklu_PPN
80             ZHAJ_BON034.A0101_Luk9   TUR_C_Boncuklu_PPN
81            ZHAG_BON004.A0101_Luk10   TUR_C_Boncuklu_PPN
82                              I1103 TUR_Marmara_Barcin_N
83                              I1102 TUR_Marmara_Barcin_N
84                              I1101 TUR_Marmara_Barcin_N
85                              I1100 TUR_Marmara_Barcin_N
86                              I1099 TUR_Marmara_Barcin_N
87                              I1096 TUR_Marmara_Barcin_N
88                              I0736 TUR_Marmara_Barcin_N
89                              I1098 TUR_Marmara_Barcin_N
90                              I1097 TUR_Marmara_Barcin_N
91                              I1583 TUR_Marmara_Barcin_N
92                              I0744 TUR_Marmara_Barcin_N
93                              I1581 TUR_Marmara_Barcin_N
94                              I0745 TUR_Marmara_Barcin_N
95                              I1580 TUR_Marmara_Barcin_N
96                              I0708 TUR_Marmara_Barcin_N
97                              I0707 TUR_Marmara_Barcin_N
98                              I0709 TUR_Marmara_Barcin_N
99                              I1579 TUR_Marmara_Barcin_N
100                             I1585 TUR_Marmara_Barcin_N
101                             I0746 TUR_Marmara_Barcin_N
102 ZBC_IPB001.B-C0101_Luk2-Pinarbasi   TUR_Pinarbasi_EpiP
103                  Villabruna_noUDG                  WHG
104                Loschbour_snpAD.DG                  WHG
105                 LaBrana1_noUDG.SG                  WHG
106                   Bichon_noUDG.SG                  WHG
>

**tantin** · Май 26, 2023

Преди 48 минути, Кухулин said:
I10548 F BGR_Ryahovets_Mdv

KK1_noUDG.SG M CHG
SATP_noUDG.SG M CHG

I0061 M EHG
I0211 M EHG
I0124 M EHG
Това са образците, които ползва Лазаридис. UzOO77 също е ИЕЛС, но по някаква причина не го е включил в популацията.

Давам ти го Ряховеца на ПСА:

Виждаш го къде е набутан в средата, в калабалъка.. И двата компонента КЛС /ИеЛС са доста силни. Най-вероятно ИеЛС е по-силния. (понеже това представяне е силно разтегнато по отношение на ЗЕЛС.

**tantin** · Май 26, 2023

Преди 23 часа, Кухулин said:

Мани майтапа, ама тоя qpAdm по три компонента е по-близо до Г25 и само по два - до ЮД

Мойта сметка:

 target            left                 weight     se     z
  <chr>             <chr>                 <dbl>  <dbl> <dbl>
1 BGR_Ryahovets_Mdv CHG                  0.255  0.0815 3.13 
2 BGR_Ryahovets_Mdv EHG                  0.265  0.0746 3.56 
3 BGR_Ryahovets_Mdv Levant_PPN           0.127  0.119  1.06 
4 BGR_Ryahovets_Mdv SRB_Iron_Gates_HG    0.0317 0.0523 0.606
5 BGR_Ryahovets_Mdv TUR_Marmara_Barcin_N 0.321  0.120  2.68

За сравнение:

> extract_f2(prefix, my_f2_dir,
+ inds = NULL,
+ pops = mypops,
+ allsnps = TRUE,
+ blgsize = 0.05,
+ maxmem = 8000,
+ maxmiss = 0,
+ minmaf = 0,
+ maxmaf = 0.5,
+ pops2 = NULL,
+ outpop = NULL,
+ overwrite =T)
i Reading allele frequencies from packedancestrymap files...
i v54.1_1240K_public.geno has 16466 samples and 1233013 SNPs
i Calculating allele frequencies from 177 samples in 16 populations
i Expected size of allele frequency data: 296 MB
1233k SNPs read...
√ 1233013 SNPs read in total
! 31339 SNPs remain after filtering. 28723 are polymorphic.
i Allele frequency matrix for 31339 SNPs and 16 populations is 6 MB
i Computing pairwise f2 for all SNPs and population pairs requires 201 MB RAM without splitting
i Computing without splitting since 201 < 8000 (maxmem)...
i Data written to D:\temp/

> mypops
[1] "CHG" "EHG" "IRN_Ganj_Dareh_N" "ISR_Natufian_EpiP" "Levant_PPN"
[6] "MAR_Taforalt_EpiP" "Mbuti.DG" "Mesopotamia" "RUS_AfontovaGora3" "RUS_MA1_HG"
[11] "SRB_Iron_Gates_HG" "TUR_C_Boncuklu_PPN" "TUR_Marmara_Barcin_N" "TUR_Pinarbasi_EpiP" "WHG"
[16] "I10548"

pops_SA_right
[1] "IRN_Ganj_Dareh_N" "ISR_Natufian_EpiP" "MAR_Taforalt_EpiP" "Mbuti.DG" "Mesopotamia" "RUS_AfontovaGora3"
[7] "RUS_MA1_HG" "TUR_C_Boncuklu_PPN" "TUR_Pinarbasi_EpiP" "WHG"

> pops_SA_left
[1] "CHG" "EHG" "Levant_PPN" "TUR_Marmara_Barcin_N" "SRB_Iron_Gates_HG"

> results = qpadm (f2_blocks , pops_SA_left, pops_SA_right, "I10548" )
i Computing f4 stats...
i Computing admixture weights...
i Computing standard errors...
i Computing number of admixture waves...

> results$weights
# A tibble: 5 x 5
target left weight se z
<chr> <chr> <dbl> <dbl> <dbl>
1 I10548 CHG 0.164 0.114 1.44
2 I10548 EHG 0.231 0.0705 3.28
3 I10548 Levant_PPN 0.0895 0.433 0.207
4 I10548 TUR_Marmara_Barcin_N 0.483 0.350 1.38
5 I10548 SRB_Iron_Gates_HG 0.0319 0.0751 0.424

**Кухулин** · Май 26, 2023

Преди 7 минути, tantin said:

# A tibble: 5 x 5
target left weight se z
<chr> <chr> <dbl> <dbl> <dbl>
1 I10548 CHG 0.164 0.114 1.44
2 I10548 EHG 0.231 0.0705 3.28
3 I10548 Levant_PPN 0.0895 0.433 0.207
4 I10548 TUR_Marmara_Barcin_N 0.483 0.350 1.38
5 I10548 SRB_Iron_Gates_HG 0.0319 0.0751 0.424

Мани-мани. Движим се в грешната посока. Трябва да го качим тоя CHG, че иначе язък за барута.

Най-добрият ми резултат досега (трябва да се смята привечер, на тиха музика):


> qpadm( 
+   data = "C:/AdmixTools/Dataset/v54.1.p1_1240K_public",  
+   left = c(
+     "CHG",
+     "EHG",
+     "Levant_PPN",
+     "SRB_Iron_Gates_HG",   
+     "TUR_Marmara_Barcin_N"
+     ), 
+   right = c(
+     "IRN_Ganj_Dareh_N", 
+     "ISR_Natufian_EpiP", 
+     "MAR_Taforalt_EpiP", 
+     "Mbuti.DG", 
+     "Mesopotamia", 
+     "RUS_AfontovaGora3", 
+     "RUS_MA1_HG", 
+     "TUR_C_Boncuklu_PPN", 
+     "TUR_Pinarbasi_EpiP", 
+     "WHG"
+     ), 
+   target = "BGR_Ryahovets_Mdv", 
+   allsnps = T
+ )
ℹ Reading metadata...
ℹ Computing block lengths for 1150639 SNPs...
ℹ Computing 45 f4-statistics for block 713 out of 713...
ℹ "allsnps = TRUE" uses different SNPs for each f4-statistic
  Number of SNPs used for each f4-statistic:
                pop1                 pop2             pop3               pop4      n
1  BGR_Ryahovets_Mdv                  CHG IRN_Ganj_Dareh_N  ISR_Natufian_EpiP 143473
2  BGR_Ryahovets_Mdv                  CHG IRN_Ganj_Dareh_N  MAR_Taforalt_EpiP 792952
3  BGR_Ryahovets_Mdv                  CHG IRN_Ganj_Dareh_N           Mbuti.DG 802867
4  BGR_Ryahovets_Mdv                  CHG IRN_Ganj_Dareh_N        Mesopotamia 681995
5  BGR_Ryahovets_Mdv                  CHG IRN_Ganj_Dareh_N  RUS_AfontovaGora3 229459
6  BGR_Ryahovets_Mdv                  CHG IRN_Ganj_Dareh_N         RUS_MA1_HG 579754
7  BGR_Ryahovets_Mdv                  CHG IRN_Ganj_Dareh_N TUR_C_Boncuklu_PPN 781910
8  BGR_Ryahovets_Mdv                  CHG IRN_Ganj_Dareh_N TUR_Pinarbasi_EpiP 660444
9  BGR_Ryahovets_Mdv                  CHG IRN_Ganj_Dareh_N                WHG 803231
10 BGR_Ryahovets_Mdv                  EHG IRN_Ganj_Dareh_N  ISR_Natufian_EpiP 139193
11 BGR_Ryahovets_Mdv                  EHG IRN_Ganj_Dareh_N  MAR_Taforalt_EpiP 762693
12 BGR_Ryahovets_Mdv                  EHG IRN_Ganj_Dareh_N           Mbuti.DG 769527
13 BGR_Ryahovets_Mdv                  EHG IRN_Ganj_Dareh_N        Mesopotamia 657988
14 BGR_Ryahovets_Mdv                  EHG IRN_Ganj_Dareh_N  RUS_AfontovaGora3 224990
15 BGR_Ryahovets_Mdv                  EHG IRN_Ganj_Dareh_N         RUS_MA1_HG 556655
16 BGR_Ryahovets_Mdv                  EHG IRN_Ganj_Dareh_N TUR_C_Boncuklu_PPN 751090
17 BGR_Ryahovets_Mdv                  EHG IRN_Ganj_Dareh_N TUR_Pinarbasi_EpiP 636837
18 BGR_Ryahovets_Mdv                  EHG IRN_Ganj_Dareh_N                WHG 769897
19 BGR_Ryahovets_Mdv           Levant_PPN IRN_Ganj_Dareh_N  ISR_Natufian_EpiP 134395
20 BGR_Ryahovets_Mdv           Levant_PPN IRN_Ganj_Dareh_N  MAR_Taforalt_EpiP 672902
21 BGR_Ryahovets_Mdv           Levant_PPN IRN_Ganj_Dareh_N           Mbuti.DG 677430
22 BGR_Ryahovets_Mdv           Levant_PPN IRN_Ganj_Dareh_N        Mesopotamia 599021
23 BGR_Ryahovets_Mdv           Levant_PPN IRN_Ganj_Dareh_N  RUS_AfontovaGora3 210160
24 BGR_Ryahovets_Mdv           Levant_PPN IRN_Ganj_Dareh_N         RUS_MA1_HG 493493
25 BGR_Ryahovets_Mdv           Levant_PPN IRN_Ganj_Dareh_N TUR_C_Boncuklu_PPN 664470
26 BGR_Ryahovets_Mdv           Levant_PPN IRN_Ganj_Dareh_N TUR_Pinarbasi_EpiP 574494
27 BGR_Ryahovets_Mdv           Levant_PPN IRN_Ganj_Dareh_N                WHG 677759
28 BGR_Ryahovets_Mdv    SRB_Iron_Gates_HG IRN_Ganj_Dareh_N  ISR_Natufian_EpiP 143634
29 BGR_Ryahovets_Mdv    SRB_Iron_Gates_HG IRN_Ganj_Dareh_N  MAR_Taforalt_EpiP 794044
30 BGR_Ryahovets_Mdv    SRB_Iron_Gates_HG IRN_Ganj_Dareh_N           Mbuti.DG 803953
31 BGR_Ryahovets_Mdv    SRB_Iron_Gates_HG IRN_Ganj_Dareh_N        Mesopotamia 682830
32 BGR_Ryahovets_Mdv    SRB_Iron_Gates_HG IRN_Ganj_Dareh_N  RUS_AfontovaGora3 229748
33 BGR_Ryahovets_Mdv    SRB_Iron_Gates_HG IRN_Ganj_Dareh_N         RUS_MA1_HG 580406
34 BGR_Ryahovets_Mdv    SRB_Iron_Gates_HG IRN_Ganj_Dareh_N TUR_C_Boncuklu_PPN 782885
35 BGR_Ryahovets_Mdv    SRB_Iron_Gates_HG IRN_Ganj_Dareh_N TUR_Pinarbasi_EpiP 661212
36 BGR_Ryahovets_Mdv    SRB_Iron_Gates_HG IRN_Ganj_Dareh_N                WHG 804356
37 BGR_Ryahovets_Mdv TUR_Marmara_Barcin_N IRN_Ganj_Dareh_N  ISR_Natufian_EpiP 143633
38 BGR_Ryahovets_Mdv TUR_Marmara_Barcin_N IRN_Ganj_Dareh_N  MAR_Taforalt_EpiP 793965
39 BGR_Ryahovets_Mdv TUR_Marmara_Barcin_N IRN_Ganj_Dareh_N           Mbuti.DG 803814
40 BGR_Ryahovets_Mdv TUR_Marmara_Barcin_N IRN_Ganj_Dareh_N        Mesopotamia 682784
41 BGR_Ryahovets_Mdv TUR_Marmara_Barcin_N IRN_Ganj_Dareh_N  RUS_AfontovaGora3 229745
42 BGR_Ryahovets_Mdv TUR_Marmara_Barcin_N IRN_Ganj_Dareh_N         RUS_MA1_HG 580330
43 BGR_Ryahovets_Mdv TUR_Marmara_Barcin_N IRN_Ganj_Dareh_N TUR_C_Boncuklu_PPN 782797
44 BGR_Ryahovets_Mdv TUR_Marmara_Barcin_N IRN_Ganj_Dareh_N TUR_Pinarbasi_EpiP 661171
45 BGR_Ryahovets_Mdv TUR_Marmara_Barcin_N IRN_Ganj_Dareh_N                WHG 804215
ℹ Computing admixture weights...
ℹ Computing standard errors...
ℹ Computing number of admixture waves...

warning: solve(): system is singular (rcond: 2.38973e-17); attempting approx solution

warning: solve(): system is singular (rcond: 9.83176e-18); attempting approx solution

warning: solve(): system is singular (rcond: 3.92669e-18); attempting approx solution
$weights
# A tibble: 5 × 5
  target            left                 weight     se     z
  <chr>             <chr>                 <dbl>  <dbl> <dbl>
1 BGR_Ryahovets_Mdv CHG                  0.279  0.0343  8.11
2 BGR_Ryahovets_Mdv EHG                  0.231  0.0305  7.57
3 BGR_Ryahovets_Mdv Levant_PPN           0.0806 0.0543  1.48
4 BGR_Ryahovets_Mdv SRB_Iron_Gates_HG    0.0799 0.0208  3.85
5 BGR_Ryahovets_Mdv TUR_Marmara_Barcin_N 0.330  0.0566  5.83

$rankdrop
# A tibble: 5 × 7
  f4rank   dof  chisq         p dofdiff chisqdiff   p_nested
   <int> <int>  <dbl>     <dbl>   <int>     <dbl>      <dbl>
1      4     5   13.9 1.60e-  2       7      505.  7.06e-105
2      3    12  519.  2.15e-103       9      814.  1.67e-169
3      2    21 1333.  1.83e-269      11     1944.  0        
4      1    32 3277.  0              13     6448.  0        
5      0    45 9725.  0              NA       NA  NA        

$popdrop
# A tibble: 31 × 16
   pat      wt   dof chisq        p f4rank    CHG    EHG Levant_PPN SRB_Iron_Gates_HG
   <chr> <dbl> <dbl> <dbl>    <dbl>  <dbl>  <dbl>  <dbl>      <dbl>             <dbl>
 1 00000     0     5  13.9 1.60e- 2      4  0.279  0.231     0.0806            0.0799
 2 00001     1     6 170.  5.40e-34      3  0.329  0.237     0.336             0.0983
 3 00010     1     6  73.0 1.00e-13      3  0.277  0.290     0.0734           NA     
 4 00100     1     6  29.4 5.00e- 5      3  0.302  0.222    NA                 0.0760
 5 01000     1     6 112.  9.12e-22      3  0.457 NA         0.0498            0.186 
 6 10000     1     6 150.  9.49e-30      3 NA      0.392     0.195             0.0201
 7 00011     2     7 255.  2.93e-51      2  0.272  0.345     0.384            NA     
 8 00101     2     7 405.  2.18e-83      2  0.721  0.113    NA                 0.166 
 9 00110     2     7  95.5 9.13e-18      2  0.281  0.294    NA                NA     
10 01001     2     7 343.  4.35e-70      2  0.569 NA         0.227             0.205 
# ℹ 21 more rows
# ℹ 6 more variables: TUR_Marmara_Barcin_N <dbl>, feasible <lgl>, best <lgl>, dofdiff <dbl>,
#   chisqdiff <dbl>, p_nested <dbl>
# ℹ Use `print(n = ...)` to see more rows

Редактирано Май 26, 2023 от Кухулин

**Кухулин** · Май 26, 2023

ПП Утре, ако остане време, ще мина през църквата да запаля една свещичка. Може още малко да се качи.

**Кухулин** · Май 26, 2023

И самите българи, пак в тази схема:

 
> qpadm( 
+   data = "C:/AdmixTools/Dataset/v54.1.p1_1240K_public",  
+   left = c(
+     "CHG",
+     "EHG",
+     "Levant_PPN",
+     "SRB_Iron_Gates_HG",   
+     "TUR_Marmara_Barcin_N"
+     ), 
+   right = c(
+     "IRN_Ganj_Dareh_N", 
+     "ISR_Natufian_EpiP", 
+     "MAR_Taforalt_EpiP", 
+     "Mbuti.DG", 
+     "Mesopotamia", 
+     "RUS_AfontovaGora3", 
+     "RUS_MA1_HG", 
+     "TUR_C_Boncuklu_PPN", 
+     "TUR_Pinarbasi_EpiP", 
+     "WHG"
+     ), 
+   target = "Bulgarian.DG", 
+   allsnps = T
+ )
ℹ Reading metadata...
ℹ Computing block lengths for 1150639 SNPs...
ℹ Computing 45 f4-statistics for block 713 out of 713...
ℹ "allsnps = TRUE" uses different SNPs for each f4-statistic
  Number of SNPs used for each f4-statistic:
           pop1                 pop2             pop3               pop4       n
1  Bulgarian.DG                  CHG IRN_Ganj_Dareh_N  ISR_Natufian_EpiP  160508
2  Bulgarian.DG                  CHG IRN_Ganj_Dareh_N  MAR_Taforalt_EpiP  997344
3  Bulgarian.DG                  CHG IRN_Ganj_Dareh_N           Mbuti.DG 1029914
4  Bulgarian.DG                  CHG IRN_Ganj_Dareh_N        Mesopotamia  820659
5  Bulgarian.DG                  CHG IRN_Ganj_Dareh_N  RUS_AfontovaGora3  257424
6  Bulgarian.DG                  CHG IRN_Ganj_Dareh_N         RUS_MA1_HG  733035
7  Bulgarian.DG                  CHG IRN_Ganj_Dareh_N TUR_C_Boncuklu_PPN  985252
8  Bulgarian.DG                  CHG IRN_Ganj_Dareh_N TUR_Pinarbasi_EpiP  800247
9  Bulgarian.DG                  CHG IRN_Ganj_Dareh_N                WHG 1029826
10 Bulgarian.DG                  EHG IRN_Ganj_Dareh_N  ISR_Natufian_EpiP  154256
11 Bulgarian.DG                  EHG IRN_Ganj_Dareh_N  MAR_Taforalt_EpiP  938341
12 Bulgarian.DG                  EHG IRN_Ganj_Dareh_N           Mbuti.DG  957819
13 Bulgarian.DG                  EHG IRN_Ganj_Dareh_N        Mesopotamia  778206
14 Bulgarian.DG                  EHG IRN_Ganj_Dareh_N  RUS_AfontovaGora3  251015
15 Bulgarian.DG                  EHG IRN_Ganj_Dareh_N         RUS_MA1_HG  684961
16 Bulgarian.DG                  EHG IRN_Ganj_Dareh_N TUR_C_Boncuklu_PPN  923234
17 Bulgarian.DG                  EHG IRN_Ganj_Dareh_N TUR_Pinarbasi_EpiP  757902
18 Bulgarian.DG                  EHG IRN_Ganj_Dareh_N                WHG  957764
19 Bulgarian.DG           Levant_PPN IRN_Ganj_Dareh_N  ISR_Natufian_EpiP  146586
20 Bulgarian.DG           Levant_PPN IRN_Ganj_Dareh_N  MAR_Taforalt_EpiP  782579
21 Bulgarian.DG           Levant_PPN IRN_Ganj_Dareh_N           Mbuti.DG  793432
22 Bulgarian.DG           Levant_PPN IRN_Ganj_Dareh_N        Mesopotamia  683175
23 Bulgarian.DG           Levant_PPN IRN_Ganj_Dareh_N  RUS_AfontovaGora3  228954
24 Bulgarian.DG           Levant_PPN IRN_Ganj_Dareh_N         RUS_MA1_HG  574127
25 Bulgarian.DG           Levant_PPN IRN_Ganj_Dareh_N TUR_C_Boncuklu_PPN  772871
26 Bulgarian.DG           Levant_PPN IRN_Ganj_Dareh_N TUR_Pinarbasi_EpiP  655670
27 Bulgarian.DG           Levant_PPN IRN_Ganj_Dareh_N                WHG  793411
28 Bulgarian.DG    SRB_Iron_Gates_HG IRN_Ganj_Dareh_N  ISR_Natufian_EpiP  160662
29 Bulgarian.DG    SRB_Iron_Gates_HG IRN_Ganj_Dareh_N  MAR_Taforalt_EpiP  998165
30 Bulgarian.DG    SRB_Iron_Gates_HG IRN_Ganj_Dareh_N           Mbuti.DG 1030158
31 Bulgarian.DG    SRB_Iron_Gates_HG IRN_Ganj_Dareh_N        Mesopotamia  821471
32 Bulgarian.DG    SRB_Iron_Gates_HG IRN_Ganj_Dareh_N  RUS_AfontovaGora3  257723
33 Bulgarian.DG    SRB_Iron_Gates_HG IRN_Ganj_Dareh_N         RUS_MA1_HG  733225
34 Bulgarian.DG    SRB_Iron_Gates_HG IRN_Ganj_Dareh_N TUR_C_Boncuklu_PPN  985947
35 Bulgarian.DG    SRB_Iron_Gates_HG IRN_Ganj_Dareh_N TUR_Pinarbasi_EpiP  800920
36 Bulgarian.DG    SRB_Iron_Gates_HG IRN_Ganj_Dareh_N                WHG 1030068
37 Bulgarian.DG TUR_Marmara_Barcin_N IRN_Ganj_Dareh_N  ISR_Natufian_EpiP  160658
38 Bulgarian.DG TUR_Marmara_Barcin_N IRN_Ganj_Dareh_N  MAR_Taforalt_EpiP  997836
39 Bulgarian.DG TUR_Marmara_Barcin_N IRN_Ganj_Dareh_N           Mbuti.DG 1029380
40 Bulgarian.DG TUR_Marmara_Barcin_N IRN_Ganj_Dareh_N        Mesopotamia  821280
41 Bulgarian.DG TUR_Marmara_Barcin_N IRN_Ganj_Dareh_N  RUS_AfontovaGora3  257719
42 Bulgarian.DG TUR_Marmara_Barcin_N IRN_Ganj_Dareh_N         RUS_MA1_HG  732812
43 Bulgarian.DG TUR_Marmara_Barcin_N IRN_Ganj_Dareh_N TUR_C_Boncuklu_PPN  985461
44 Bulgarian.DG TUR_Marmara_Barcin_N IRN_Ganj_Dareh_N TUR_Pinarbasi_EpiP  800733
45 Bulgarian.DG TUR_Marmara_Barcin_N IRN_Ganj_Dareh_N                WHG 1029288
ℹ Computing admixture weights...
ℹ Computing standard errors...
ℹ Computing number of admixture waves...

warning: solve(): system is singular (rcond: 1.17997e-17); attempting approx solution

warning: solve(): system is singular (rcond: 4.76662e-19); attempting approx solution

warning: solve(): system is singular (rcond: 7.88902e-19); attempting approx solution
$weights
# A tibble: 5 × 5
  target       left                 weight     se     z
  <chr>        <chr>                 <dbl>  <dbl> <dbl>
1 Bulgarian.DG CHG                  0.291  0.0251 11.6 
2 Bulgarian.DG EHG                  0.120  0.0216  5.58
3 Bulgarian.DG Levant_PPN           0.0837 0.0349  2.40
4 Bulgarian.DG SRB_Iron_Gates_HG    0.130  0.0156  8.32
5 Bulgarian.DG TUR_Marmara_Barcin_N 0.375  0.0361 10.4 

$rankdrop
# A tibble: 5 × 7
  f4rank   dof   chisq         p dofdiff chisqdiff   p_nested
   <int> <int>   <dbl>     <dbl>   <int>     <dbl>      <dbl>
1      4     5    29.9 1.57e-  5       7      527.  1.19e-109
2      3    12   557.  1.61e-111       9      859.  3.94e-179
3      2    21  1416.  3.34e-287      11     2037.  0        
4      1    32  3453.  0              13     6889.  0        
5      0    45 10342.  0              NA       NA  NA        

$popdrop
# A tibble: 31 × 16
   pat      wt   dof chisq         p f4rank    CHG     EHG Levant_PPN SRB_Iron_Gates_HG
   <chr> <dbl> <dbl> <dbl>     <dbl>  <dbl>  <dbl>   <dbl>      <dbl>             <dbl>
 1 00000     0     5  29.9 1.57e-  5      4  0.291  0.120      0.0837            0.130 
 2 00001     1     6 236.  4.04e- 48      3  0.356  0.115      0.374             0.156 
 3 00010     1     6 162.  1.88e- 32      3  0.257  0.246      0.122            NA     
 4 00100     1     6  52.6 1.40e-  9      3  0.312  0.110     NA                 0.133 
 5 01000     1     6  82.8 9.27e- 16      3  0.388 NA          0.0509            0.187 
 6 10000     1     6 230.  7.77e- 47      3 NA      0.279      0.211             0.0694
 7 00011     2     7 407.  7.10e- 84      2  0.201  0.301      0.498            NA     
 8 00101     2     7 496.  5.90e-103      2  0.823 -0.0805    NA                 0.258 
 9 00110     2     7 230.  5.22e- 46      2  0.271  0.248     NA                NA     
10 01001     2     7 301.  3.01e- 61      2  0.463 NA          0.329             0.208 
# ℹ 21 more rows
# ℹ 6 more variables: TUR_Marmara_Barcin_N <dbl>, feasible <lgl>, best <lgl>, dofdiff <dbl>,
#   chisqdiff <dbl>, p_nested <dbl>
# ℹ Use `print(n = ...)` to see more rows

>

**Кухулин** · Май 28, 2023

On 26.05.2023 г. at 21:07, Кухулин said:

Трябва да го качим тоя CHG, че иначе язък за барута.

Напредваме, дами и господа Смених датасета с по-леката версия, изкарах Мбути на първа линия и ето го резултатът:

 result_qpadm_Ryahovets = qpadm( 
+   data = "C:/AdmixTools/Dataset/v54.1.p1_HO_public",  
+   left = c(
+     "CHG",
+     "EHG",
+     "Levant_PPN",
+     "SRB_Iron_Gates_HG",   
+     "TUR_Marmara_Barcin_N"
+     ), 
+   right = c(
+     "Mbuti.DG", 
+     "IRN_Ganj_Dareh_N", 
+     "ISR_Natufian_EpiP", 
+     "MAR_Taforalt_EpiP", 
+     "Mesopotamia", 
+     "RUS_AfontovaGora3", 
+     "RUS_MA1_HG", 
+     "TUR_C_Boncuklu_PPN", 
+     "TUR_Pinarbasi_EpiP", 
+     "WHG"
+     ), 
+   target = "BGR_Ryahovets_Mdv", 
+   allsnps = T
+ )
ℹ Reading metadata...
ℹ Computing block lengths for 593124 SNPs...
ℹ Computing 45 f4-statistics for block 711 out of 711...
ℹ "allsnps = TRUE" uses different SNPs for each f4-statistic
  Number of SNPs used for each f4-statistic:
                pop1                 pop2     pop3               pop4      n
1  BGR_Ryahovets_Mdv                  CHG Mbuti.DG   IRN_Ganj_Dareh_N 425316
2  BGR_Ryahovets_Mdv                  CHG Mbuti.DG  ISR_Natufian_EpiP 237370
3  BGR_Ryahovets_Mdv                  CHG Mbuti.DG  MAR_Taforalt_EpiP 427613
4  BGR_Ryahovets_Mdv                  CHG Mbuti.DG        Mesopotamia 363195
5  BGR_Ryahovets_Mdv                  CHG Mbuti.DG  RUS_AfontovaGora3 137111
6  BGR_Ryahovets_Mdv                  CHG Mbuti.DG         RUS_MA1_HG 315090
7  BGR_Ryahovets_Mdv                  CHG Mbuti.DG TUR_C_Boncuklu_PPN 420116
8  BGR_Ryahovets_Mdv                  CHG Mbuti.DG TUR_Pinarbasi_EpiP 355376
9  BGR_Ryahovets_Mdv                  CHG Mbuti.DG                WHG 431999
10 BGR_Ryahovets_Mdv                  EHG Mbuti.DG   IRN_Ganj_Dareh_N 423252
11 BGR_Ryahovets_Mdv                  EHG Mbuti.DG  ISR_Natufian_EpiP 236421
12 BGR_Ryahovets_Mdv                  EHG Mbuti.DG  MAR_Taforalt_EpiP 425594
13 BGR_Ryahovets_Mdv                  EHG Mbuti.DG        Mesopotamia 361593
14 BGR_Ryahovets_Mdv                  EHG Mbuti.DG  RUS_AfontovaGora3 136766
15 BGR_Ryahovets_Mdv                  EHG Mbuti.DG         RUS_MA1_HG 313485
16 BGR_Ryahovets_Mdv                  EHG Mbuti.DG TUR_C_Boncuklu_PPN 418080
17 BGR_Ryahovets_Mdv                  EHG Mbuti.DG TUR_Pinarbasi_EpiP 353800
18 BGR_Ryahovets_Mdv                  EHG Mbuti.DG                WHG 429725
19 BGR_Ryahovets_Mdv           Levant_PPN Mbuti.DG   IRN_Ganj_Dareh_N 359420
20 BGR_Ryahovets_Mdv           Levant_PPN Mbuti.DG  ISR_Natufian_EpiP 216151
21 BGR_Ryahovets_Mdv           Levant_PPN Mbuti.DG  MAR_Taforalt_EpiP 359387
22 BGR_Ryahovets_Mdv           Levant_PPN Mbuti.DG        Mesopotamia 317689
23 BGR_Ryahovets_Mdv           Levant_PPN Mbuti.DG  RUS_AfontovaGora3 124359
24 BGR_Ryahovets_Mdv           Levant_PPN Mbuti.DG         RUS_MA1_HG 265619
25 BGR_Ryahovets_Mdv           Levant_PPN Mbuti.DG TUR_C_Boncuklu_PPN 354220
26 BGR_Ryahovets_Mdv           Levant_PPN Mbuti.DG TUR_Pinarbasi_EpiP 306934
27 BGR_Ryahovets_Mdv           Levant_PPN Mbuti.DG                WHG 361278
28 BGR_Ryahovets_Mdv    SRB_Iron_Gates_HG Mbuti.DG   IRN_Ganj_Dareh_N 425679
29 BGR_Ryahovets_Mdv    SRB_Iron_Gates_HG Mbuti.DG  ISR_Natufian_EpiP 237528
30 BGR_Ryahovets_Mdv    SRB_Iron_Gates_HG Mbuti.DG  MAR_Taforalt_EpiP 427936
31 BGR_Ryahovets_Mdv    SRB_Iron_Gates_HG Mbuti.DG        Mesopotamia 363460
32 BGR_Ryahovets_Mdv    SRB_Iron_Gates_HG Mbuti.DG  RUS_AfontovaGora3 137212
33 BGR_Ryahovets_Mdv    SRB_Iron_Gates_HG Mbuti.DG         RUS_MA1_HG 315293
34 BGR_Ryahovets_Mdv    SRB_Iron_Gates_HG Mbuti.DG TUR_C_Boncuklu_PPN 420419
35 BGR_Ryahovets_Mdv    SRB_Iron_Gates_HG Mbuti.DG TUR_Pinarbasi_EpiP 355633
36 BGR_Ryahovets_Mdv    SRB_Iron_Gates_HG Mbuti.DG                WHG 432303
37 BGR_Ryahovets_Mdv TUR_Marmara_Barcin_N Mbuti.DG   IRN_Ganj_Dareh_N 425706
38 BGR_Ryahovets_Mdv TUR_Marmara_Barcin_N Mbuti.DG  ISR_Natufian_EpiP 237535
39 BGR_Ryahovets_Mdv TUR_Marmara_Barcin_N Mbuti.DG  MAR_Taforalt_EpiP 428004
40 BGR_Ryahovets_Mdv TUR_Marmara_Barcin_N Mbuti.DG        Mesopotamia 363480
41 BGR_Ryahovets_Mdv TUR_Marmara_Barcin_N Mbuti.DG  RUS_AfontovaGora3 137215
42 BGR_Ryahovets_Mdv TUR_Marmara_Barcin_N Mbuti.DG         RUS_MA1_HG 315367
43 BGR_Ryahovets_Mdv TUR_Marmara_Barcin_N Mbuti.DG TUR_C_Boncuklu_PPN 420488
44 BGR_Ryahovets_Mdv TUR_Marmara_Barcin_N Mbuti.DG TUR_Pinarbasi_EpiP 355662
45 BGR_Ryahovets_Mdv TUR_Marmara_Barcin_N Mbuti.DG                WHG 432413
ℹ Computing admixture weights...
ℹ Computing standard errors...
ℹ Computing number of admixture waves...

warning: solve(): system is singular (rcond: 2.48275e-17); attempting approx solution

warning: solve(): system is singular (rcond: 5.59683e-18); attempting approx solution

warning: solve(): system is singular (rcond: 7.05606e-19); attempting approx solution
> result_qpadm_Ryahovets$weights
# A tibble: 5 × 5
  target            left                 weight     se     z
  <chr>             <chr>                 <dbl>  <dbl> <dbl>
1 BGR_Ryahovets_Mdv CHG                  0.307  0.0424 7.24 
2 BGR_Ryahovets_Mdv EHG                  0.200  0.0359 5.59 
3 BGR_Ryahovets_Mdv Levant_PPN           0.0356 0.0558 0.638
4 BGR_Ryahovets_Mdv SRB_Iron_Gates_HG    0.0994 0.0243 4.09 
5 BGR_Ryahovets_Mdv TUR_Marmara_Barcin_N 0.357  0.0598 5.98 
>

Сниповете паднаха, но пък КЛС и ИЕЛС достигнаха нивата на Южната дъга! 31% и 20% съответно. Другите компоненти шават насам-натам, ама нас това вече слабо ни интересува

Впрочем, всички тези упражнения имат чисто учебна стойност, защото ф4 и при новия датасет все си е положителна...

 f4(
+   "C:/AdmixTools/Dataset/v54.1.p1_HO_public", 
+   "BGR_Ryahovets_Mdv", 
+   "Mbuti.DG", 
+   "EHG", 
+   "CHG"
+ )
ℹ Getting population combinations...
ℹ 1 population combinations found
ℹ Computing from f4 from genotype data...
ℹ Reading metadata...
ℹ Computing block lengths for 593124 SNPs...
ℹ Computing 1 f4-statistics for block 711 out of 711...
ℹ Summarize across blocks...
# A tibble: 1 × 9
  pop1              pop2     pop3  pop4      est       se     z         p      n
  <chr>             <chr>    <chr> <chr>   <dbl>    <dbl> <dbl>     <dbl>  <dbl>
1 BGR_Ryahovets_Mdv Mbuti.DG EHG   CHG   0.00234 0.000562  4.17 0.0000310 429339
>

**Кухулин** · Май 28, 2023

Съвременните българи в тази схема (без DG, само HO):

result_qpadm_Ryahovets = qpadm( 
+   data = "C:/AdmixTools/Dataset/v54.1.p1_HO_public",  
+   left = c(
+     "CHG",
+     "EHG",
+     "Levant_PPN",
+     "SRB_Iron_Gates_HG",   
+     "TUR_Marmara_Barcin_N"
+     ), 
+   right = c(
+     "Mbuti.DG", 
+     "IRN_Ganj_Dareh_N", 
+     "ISR_Natufian_EpiP", 
+     "MAR_Taforalt_EpiP", 
+     "Mesopotamia", 
+     "RUS_AfontovaGora3", 
+     "RUS_MA1_HG", 
+     "TUR_C_Boncuklu_PPN", 
+     "TUR_Pinarbasi_EpiP", 
+     "WHG"
+     ), 
+   target = "Bulgarian.HO", 
+   allsnps = T
+ )
ℹ Reading metadata...
ℹ Computing block lengths for 593124 SNPs...
ℹ Computing 45 f4-statistics for block 711 out of 711...
ℹ "allsnps = TRUE" uses different SNPs for each f4-statistic
  Number of SNPs used for each f4-statistic:
           pop1                 pop2     pop3               pop4      n
1  Bulgarian.HO                  CHG Mbuti.DG   IRN_Ganj_Dareh_N 553696
2  Bulgarian.HO                  CHG Mbuti.DG  ISR_Natufian_EpiP 283702
3  Bulgarian.HO                  CHG Mbuti.DG  MAR_Taforalt_EpiP 568148
4  Bulgarian.HO                  CHG Mbuti.DG        Mesopotamia 453740
5  Bulgarian.HO                  CHG Mbuti.DG  RUS_AfontovaGora3 161230
6  Bulgarian.HO                  CHG Mbuti.DG         RUS_MA1_HG 420191
7  Bulgarian.HO                  CHG Mbuti.DG TUR_C_Boncuklu_PPN 555185
8  Bulgarian.HO                  CHG Mbuti.DG TUR_Pinarbasi_EpiP 449535
9  Bulgarian.HO                  CHG Mbuti.DG                WHG 584521
10 Bulgarian.HO                  EHG Mbuti.DG   IRN_Ganj_Dareh_N 549660
11 Bulgarian.HO                  EHG Mbuti.DG  ISR_Natufian_EpiP 282184
12 Bulgarian.HO                  EHG Mbuti.DG  MAR_Taforalt_EpiP 563758
13 Bulgarian.HO                  EHG Mbuti.DG        Mesopotamia 450916
14 Bulgarian.HO                  EHG Mbuti.DG  RUS_AfontovaGora3 160712
15 Bulgarian.HO                  EHG Mbuti.DG         RUS_MA1_HG 416320
16 Bulgarian.HO                  EHG Mbuti.DG TUR_C_Boncuklu_PPN 550777
17 Bulgarian.HO                  EHG Mbuti.DG TUR_Pinarbasi_EpiP 446604
18 Bulgarian.HO                  EHG Mbuti.DG                WHG 578703
19 Bulgarian.HO           Levant_PPN Mbuti.DG   IRN_Ganj_Dareh_N 432847
20 Bulgarian.HO           Levant_PPN Mbuti.DG  ISR_Natufian_EpiP 248859
21 Bulgarian.HO           Levant_PPN Mbuti.DG  MAR_Taforalt_EpiP 434644
22 Bulgarian.HO           Levant_PPN Mbuti.DG        Mesopotamia 374734
23 Bulgarian.HO           Levant_PPN Mbuti.DG  RUS_AfontovaGora3 140991
24 Bulgarian.HO           Levant_PPN Mbuti.DG         RUS_MA1_HG 320639
25 Bulgarian.HO           Levant_PPN Mbuti.DG TUR_C_Boncuklu_PPN 427232
26 Bulgarian.HO           Levant_PPN Mbuti.DG TUR_Pinarbasi_EpiP 363077
27 Bulgarian.HO           Levant_PPN Mbuti.DG                WHG 439042
28 Bulgarian.HO    SRB_Iron_Gates_HG Mbuti.DG   IRN_Ganj_Dareh_N 553867
29 Bulgarian.HO    SRB_Iron_Gates_HG Mbuti.DG  ISR_Natufian_EpiP 283864
30 Bulgarian.HO    SRB_Iron_Gates_HG Mbuti.DG  MAR_Taforalt_EpiP 567946
31 Bulgarian.HO    SRB_Iron_Gates_HG Mbuti.DG        Mesopotamia 453937
32 Bulgarian.HO    SRB_Iron_Gates_HG Mbuti.DG  RUS_AfontovaGora3 161338
33 Bulgarian.HO    SRB_Iron_Gates_HG Mbuti.DG         RUS_MA1_HG 419583
34 Bulgarian.HO    SRB_Iron_Gates_HG Mbuti.DG TUR_C_Boncuklu_PPN 554983
35 Bulgarian.HO    SRB_Iron_Gates_HG Mbuti.DG TUR_Pinarbasi_EpiP 449633
36 Bulgarian.HO    SRB_Iron_Gates_HG Mbuti.DG                WHG 583556
37 Bulgarian.HO TUR_Marmara_Barcin_N Mbuti.DG   IRN_Ganj_Dareh_N 554233
38 Bulgarian.HO TUR_Marmara_Barcin_N Mbuti.DG  ISR_Natufian_EpiP 283906
39 Bulgarian.HO TUR_Marmara_Barcin_N Mbuti.DG  MAR_Taforalt_EpiP 568728
40 Bulgarian.HO TUR_Marmara_Barcin_N Mbuti.DG        Mesopotamia 454131
41 Bulgarian.HO TUR_Marmara_Barcin_N Mbuti.DG  RUS_AfontovaGora3 161369
42 Bulgarian.HO TUR_Marmara_Barcin_N Mbuti.DG         RUS_MA1_HG 420575
43 Bulgarian.HO TUR_Marmara_Barcin_N Mbuti.DG TUR_C_Boncuklu_PPN 555730
44 Bulgarian.HO TUR_Marmara_Barcin_N Mbuti.DG TUR_Pinarbasi_EpiP 449932
45 Bulgarian.HO TUR_Marmara_Barcin_N Mbuti.DG                WHG 585160
ℹ Computing admixture weights...
ℹ Computing standard errors...
ℹ Computing number of admixture waves...

warning: solve(): system is singular (rcond: 2.48874e-17); attempting approx solution

warning: solve(): system is singular (rcond: 7.78132e-18); attempting approx solution

warning: solve(): system is singular (rcond: 8.62477e-19); attempting approx solution
> result_qpadm_Ryahovets$weights
# A tibble: 5 × 5
  target       left                 weight     se     z
  <chr>        <chr>                 <dbl>  <dbl> <dbl>
1 Bulgarian.HO CHG                  0.278  0.0158 17.6 
2 Bulgarian.HO EHG                  0.150  0.0145 10.4 
3 Bulgarian.HO Levant_PPN           0.0268 0.0209  1.28
4 Bulgarian.HO SRB_Iron_Gates_HG    0.120  0.0106 11.3 
5 Bulgarian.HO TUR_Marmara_Barcin_N 0.426  0.0225 18.9 
>

ф4:

 f4(
+   "C:/AdmixTools/Dataset/v54.1.p1_HO_public", 
+   "Bulgarian.HO", 
+   "Mbuti.DG", 
+   "EHG", 
+   "CHG"
+ )
ℹ Getting population combinations...
ℹ 1 population combinations found
ℹ Computing from f4 from genotype data...
ℹ Reading metadata...
ℹ Computing block lengths for 593124 SNPs...
ℹ Computing 1 f4-statistics for block 711 out of 711...
ℹ Summarize across blocks...
# A tibble: 1 × 9
  pop1         pop2     pop3  pop4      est       se     z           p      n
  <chr>        <chr>    <chr> <chr>   <dbl>    <dbl> <dbl>       <dbl>  <dbl>
1 Bulgarian.HO Mbuti.DG EHG   CHG   0.00176 0.000340  5.17 0.000000229 578104
>

**tantin** · Май 28, 2023

Преди 48 минути, Кухулин said:
BGR_Ryahovets_Mdv Mbuti.DG EHG   CHG   0.00234 0.000562  4.17 0.0000310 429339

Преди 19 минути, Кухулин said:
 Bulgarian.HO Mbuti.DG EHG   CHG   0.00176 0.000340  5.17 0.000000229 578104

Как го тълкуваш това? EHG е малко повече от CHG ?

**Кухулин** · Май 28, 2023

Преди 6 минути, tantin said:

Как го тълкуваш това? EHG е малко повече от CHG ?

Да, така го тълкувам. Тоест, в този случай на кпАдм не може да се има доверие. Макар че п-стойностите на Ряховец са добри, за разлика от българските. Но ф4 бие всичко, поне на този етап от статистическото ми познание

> result_qpadm_Ryahovets$popdrop[1,]
# A tibble: 1 × 16
  pat      wt   dof chisq     p f4rank   CHG   EHG Levant_PPN SRB_Iron_Gates_HG TUR_Marmara_Barcin_N feasible best  dofdiff
  <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>  <dbl> <dbl> <dbl>      <dbl>             <dbl>                <dbl> <lgl>    <lgl>   <dbl>
1 00000     0     5  8.40 0.135      4 0.307 0.200     0.0356            0.0994                0.357 TRUE     NA         NA
# ℹ 2 more variables: chisqdiff <dbl>, p_nested <dbl>
> result_qpadm_Bulgarian$popdrop[1,]
# A tibble: 1 × 16
  pat      wt   dof chisq       p f4rank   CHG   EHG Levant_PPN SRB_Iron_Gates_HG TUR_Marmara_Barcin_N feasible best  dofdiff
  <chr> <dbl> <dbl> <dbl>   <dbl>  <dbl> <dbl> <dbl>      <dbl>             <dbl>                <dbl> <lgl>    <lgl>   <dbl>
1 00000     0     5  19.1 0.00185      4 0.278 0.150     0.0268             0.120                0.426 TRUE     NA         NA
# ℹ 2 more variables: chisqdiff <dbl>, p_nested <dbl>
>

**Кухулин** · Май 30, 2023

Тц-тц, мърлява работа. Почна да ми пищи скрипта, отварям анотацията - някакви мешаници по средата на файла. I21276 в ексел. Тия хора са го писали на ръка и после изобщо не са го проверявали. Харвард, разбираш ли. Пфф...

**tantin** · Май 31, 2023

On 30.05.2023 г. at 4:16, Кухулин said:

Тц-тц, мърлява работа. Почна да ми пищи скрипта, отварям анотацията - някакви мешаници по средата на файла. I21276 в ексел. Тия хора са го писали на ръка и после изобщо не са го проверявали. Харвард, разбираш ли. Пфф...

Анотационните файлове са така, копи пействали са от различни източници. А като стане един огромен файл никой не го проверява повече.

**Кухулин** · Юни 1, 2023

@tantin, би ли проверил как се държи при теб образецът "kum6_noUDG.SG", (популация "Turkey_Kumtepe_N.SG")?

**tantin** · Юни 1, 2023

Преди 1 час, Кухулин said:

@tantin, би ли проверил как се държи при теб образецът "kum6_noUDG.SG", (популация "Turkey_Kumtepe_N.SG")?

Този го нямям в ПСА базата ми. Не се е класирал, явно е с ниско покритие.

Доколкото гледам в публикацията за него е някакъв типичен анатолиец (анатолийка, щото е жена) от 5 хилядолетие пне.

https://www.cell.com/current-biology/pdfExtended/S0960-9822(16)30850-8

Евентуално с Ф4 статистиките може да се види спрямо кои анатолийци е най-близък, но така или иначе аз не очаквам нещо особено от такъв индивид.

**tantin** · Юни 1, 2023

В другия файл към същата публикация са дали анализ, горе долу пълен анализ:

https://www.cell.com/current-biology/pdfExtended/S0960-9822(15)01516-X

Резултатите им потвърждават че тоя е много сходен с Щутгартския фермер и Айс-мен. (ледения човек от Алпите). Единствената разлика дето показват те при много-компонентния анализ е че тоя има по-голям кавказки компонент.

**Кухулин** · Юни 1, 2023

Преди 58 минути, tantin said:

Този го нямям в ПСА базата ми. Не се е класирал, явно е с ниско покритие.

Покритието не е чак толкова ниско - 126к. В оригиналното изследване връткат всякакви статистики:

Table S5: Key results obtained from D-statistics D(Outgroup, pop1; pop2, pop3). (Related to Figure 4A)

https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S096098221501516X-mmc1.pdf

И въпреки това базата на Райх нищо не дава:

Иначе пробите от Кумтепе имат доста интересен геном, само че нещо са ги окастрили...

**tantin** · Юни 1, 2023

Преди 5 минути, Кухулин said:

Покритието не е чак толкова ниско - 126к. В оригиналното изследване връткат всякакви статистики:

Table S5: Key results obtained from D-statistics D(Outgroup, pop1; pop2, pop3). (Related to Figure 4A)

https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S096098221501516X-mmc1.pdf

И въпреки това базата на Райх нищо не дава:

Иначе пробите от Кумтепе имат доста интересен геном, само че нещо са ги окастрили...

Забележи следното: ти тука ползваш базата: _HO_public

Тази база не е с 1240к, а е само с 500к . Ако ползваш голямата база 1240к то Turkey_Kumtepe_N е само на 10%.

Друг е въпроса дали тези 126 к се проектират в областта на 500к или извън тях.

За предпочитане да ползваш голямата база, така има по-голям шанс да имаш покритие по същите снипове.

HO_public се ползва основно за съвременни индивиди, където имаме предостатъчно покритие и информация. За древните индивиди за предпочитане да се ползва голямата база.

**Кухулин** · Юни 1, 2023

И двете бази ползвам, същата работа.

**tantin** · Юни 1, 2023

Голямата база е с това име: v54.1.p1_1240K_public

aadr_v54.1.p1_1240K_public

1240K са броя на сниповете, 1240 000 .

Съответно може да ползваш и някоя по-стара. Тия най-последните версии са доста раздути. Имат много дупликати и тройно-повтарящи се.

Каква полза да има 15 000 древни индивида, като много от тях ги има в 3 версии. Тоест реално са само 5000 и другите са повторения. Но да речем че повтарящите и три-пъти повтарящите се не са чак толкоз много.. Реално данните са същите и по стартите бази, просто в новите версии са включени много нови изследвания. Това обаче прави базата огрмна и трудна за обработка.

**tantin** · Юни 1, 2023

Преди 26 минути, Кухулин said:

И двете бази ползвам, същата работа.

При мен се получават:

# A tibble: 12 x 7
pop1 pop2 pop3 est se z p
<chr> <chr> <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
1 Turkey_Kumtepe_N.SG Armenia_EBA Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.158 0.00124 127. 0
2 Turkey_Kumtepe_N.SG BK-1653_noUDG Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.160 0.00143 112. 0
3 Turkey_Kumtepe_N.SG Chan_noUDG.SG Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.161 0.00140 115. 0
4 Turkey_Kumtepe_N.SG Chimp.REF Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.159 0.00133 120. 0
5 Turkey_Kumtepe_N.SG LaBrana1_noUDG.SG Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.163 0.00144 113. 0
6 Turkey_Kumtepe_N.SG mota_noUDG.SG Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.161 0.00138 117. 0
7 Turkey_Kumtepe_N.SG R15.SG Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.164 0.00142 116. 0
8 Turkey_Kumtepe_N.SG Russia_Samara_EBA_Yamnaya Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.167 0.00129 130. 0
9 Turkey_Kumtepe_N.SG TUR_Marmara_Barcin_N Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.154 0.00105 147. 0
10 Turkey_Kumtepe_N.SG Turkey_Kumtepe_N.SG Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0 0 NaN NaN
11 Turkey_Kumtepe_N.SG Yana_old_noUDG.SG Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.162 0.00140 116. 0
12 Turkey_Kumtepe_N.SG ZKU002_noUDG.SG Russia_Samara_EBA_Yamnaya 0.162 0.00139 116. 0

Ето и лог файла:

i Reading allele frequencies from packedancestrymap files...
i v54.1_1240K_public.geno has 16466 samples and 1233013 SNPs
i Calculating allele frequencies from 65 samples in 12 populations
i Expected size of allele frequency data: 256 MB
1233k SNPs read...
√ 1233013 SNPs read in total
! 58226 SNPs remain after filtering. 49250 are polymorphic.
i Allele frequency matrix for 58226 SNPs and 12 populations is 10 MB
i Computing pairwise f2 for all SNPs and population pairs requires 235 MB RAM without splitting
i Computing without splitting since 235 < 8000 (maxmem)...
i Data written to D:\temp/

- участват 58к снипа.

Вход

ADMIXTOOLS 2 Playground

Recommended Posts

Link to comment

Share on other sites

ПОТРЕБИТЕЛИ С НАЙ-МНОГО ОТГОВОРИ

ПОПУЛЯРНИ ДНИ

ПОТРЕБИТЕЛИ С НАЙ-МНОГО ОТГОВОРИ

ПОПУЛЯРНИ ДНИ

Популярни мнения

Кухулин

genefan

Кухулин

Posted Images

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Link to comment

Share on other sites

Напиши мнение

Теми

Последно разглеждащи 0 Потребители

Полезно

За нас

За контакти: