Неандерталци, денисовци и съвременни човеци

[genefan]

Една нова статия потвърждава и друго - намаляване на ръста и общото здравословно състояние след преминаване към земеделие в сравнение с ловците събирачи. 

An integrative skeletal and paleogenomic analysis of stature variation suggests relatively reduced health for early European farmers

https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2106743119?fbclid=IwAR2xEFUF1-yVVVc4U965nAvNrzX_MOfZZ491pgkK-L74_0bLKT8bpsQuf5o

 

 

 

[boyko]

В пещерата Tam Ngu Hao 2 (Cobra Cave, Североизточен Лаос) е открит зъб на дете на възраст от 164 до 131 000 год. Смятат, че е на денисовско момиче на възраст между 3,5 и 8,5 год. Нямат ДНК, стар е за въглеродно датиране, но са анализирали формата на зъба чрез различни методи, включително анализ на протеини и 3D рентгенова реконструкция. Вътрешната структура на зъба е подобна на този от Денисова и ясно различима от съвременните хора и други древни видове.

https://www.nature.com/articles/s41467-022-29923-z

[Thorn]

https://thornforum.net/viewtopic.php?p=901#p901

[boyko]

Първият успешно секвениран геном на мъж от Помпей, загинал при изригването на Везувий 79 г. Бил е на възраст между 35 и 40 г. Сравнявали са с ДНК от 1030 древни и 471 съвременни индивида от Западна Евразия. Близо е до съвременните италианци от централата част и някои групи от имперския период, макар че има и гени, характерни за сардинците и нетипични за римлянин. Потвърждават виждането за високи нива на генетично разнообразие в империята. Идентифицират и лезии в един от прешлените на гръбнака, което предполага, че мъжът е бил с туберкулоза.

Успели са да извлекат и ДНК от жена на около 50 г. от същото място, но с пропуски в последователностите и не са могли да секвенират генома.

Спекулират, че може би пирокластичните материали от вулкана са осигурили защита от разграждащи ДНК фактори на околната среда, например кислорода.

https://www.nature.com/articles/s41598-022-10899-1

[tantin]

  On 27.05.2022 г. at 2:02, boyko said:

Първият успешно секвениран геном на мъж от Помпей, загинал при изригването на Везувий 79 г. Бил е на възраст между 35 и 40 г. Сравнявали са с ДНК от 1030 древни и 471 съвременни индивида от Западна Евразия. Близо е до съвременните италианци от централата част и някои групи от имперския период, макар че има и гени, характерни за сардинците и нетипични за римлянин. Потвърждават виждането за високи нива на генетично разнообразие в империята. Идентифицират и лезии в един от прешлените на гръбнака, което предполага, че мъжът е бил с туберкулоза.

Успели са да извлекат и ДНК от жена на около 50 г. от същото място, но с пропуски в последователностите и не са могли да секвенират генома.

Спекулират, че може би пирокластичните материали от вулкана са осигурили защита от разграждащи ДНК фактори на околната среда, например кислорода.

https://www.nature.com/articles/s41598-022-10899-1

Expand  

Този е интересен италианец - хаплогрупата му е от тези на африканците - А.  Вероятно ще да е бил доста мургав, ако не и съвсем черен.  Да не се чудим защо има толкоз мургави италианци.

  Цитирай

Individual A, albeit at low coverage (Table 1), was found to belong to the Y-chromosome lineage A-M13 (A1b1b2b), a rare lineage absent among ancient individuals from the Italian Peninsula²⁹, mainly found in Eastern Africa (~ 40%), but with known occurrences, at much lower frequencies, in the Near East (Turkey, Yemen, Egypt, Palestine, Jordan, Oman and Saudi Arabia) and the Mediterranean islands of Sardinia, Cyprus and Lesbos^37,38,39,40. 

Expand  

 

[tantin]

Нашенец от Лошбур

[boyko]

Нов метод за датиране на останките от хоминини от Sterkfontein Caves, т.нар. „ люлката на човечеството “, в Ю.Африка, дава резултат по-стар с около милион години от досегашните. Според новите данни австралопитеците там са на възраст от 3,4 до 3,7 мил. години, а не на 2 - 2,5 милиона, което ги прави малко по-стари от тези в Етиопия с прочутата Lucy. Измервали са т.нар. космогенни нуклиди, които са редки радиоактивни изотопи, получени при бомбардиране на скали от космически лъчи.

https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.2123516119

[boyko]

Докато ние още си чакаме резултатите от нашите проби, Райх пуска в Science ново (четвърто мисля) изследване от Тихия Океан. Секвенирали са 164 древни и 112 съвременни индивида от Микронезия. Идентифицират пет недокументирани преди потока миграции, които заселват Guam, Marshall Islands, Caroline Islands, Palau и Northern Mariana Islands. Три от тях са от островите от ЮИ Азия, една от Полинезия и една от северните покрайнини на Нова Гвинея. Последната е изненада, според авторите. Спекулират за матрилокална структура на населението, при която младоженците са заврени зетьове, мигрират при момите демек, а булките се женят по родните си места.

https://www.science.org/doi/10.1126/science.abm6536

 

 

[Thorn]

https://thornforum.net/viewtopic.php?p=1114#p1114

[tantin]

  Цитирай

Maybe contemporary non-Africans are actually Neanderthals, and later waves of modern human DNA from Africa swamped the rest of non-Africans’ genomes so “non-Africans are best described as Neanderthals, with 98 percent modern human mixture, or something profoundly philosophically unsettling like that,” he says, half seriously.

Expand  

https://www.gnxp.com/

Цитат от блога на Разиб Хан,  той пък цитира Дейвид Райх.  

С няколко думи: неандерталците имат близка митохондриална и У хромозоми със съвременните човеци. А денисовци имат съвсем различни митохондриална и У хромозоми . В същото време неандерталци и денисовци имат тотална близост по останалите аутозомни маркери.  Как е възможно това се пита Д. Райх. 

[boyko]

ДНК на херпеса е проследен до индоевропейците преди около 5000 г. Чрез целувки се е разпространил при масовите миграции. Изследването е публикувано в Science Advances. Иначе форми на херпеса има от милиони години при много животни и дори корали, но лицевия херпес при човека (вируса HSV-1) се е развивал бавно, за да достигне до 3,7 милиарда души днес. Спекулират, че е бил с ХС още при излизането му от Африка. Изненадващо трудно е било намирането на ДНК-то му в древни кости - успели са да го идентифицират в само 4 индивида от около 3000 изследвани. Интересно че смятат, че преди ямнанците неолитчиците не са се цункали нито в сексуален, нито в друг контекст. Точат се да разнищят как е стоял въпроса при неадерталците.

https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.abo4435

[boyko]

И още едно изследване от днес. Според публикация в Nature хората в Евразия са започнали да консумират мляко преди поне 9000 г, а не едва след появата на лактозната толерантност при ИЕ. Според авторите гладът и излагането на инфекциозни заболявания най-добре обяснява еволюцията на способността ни да използваме мляко и други неферментирали млечни продукти. Анализът на безпрецедентна база данни от близо 7000 остатъци от органични животински мазнини и 13000 фрагмента от керамика от 550 археологически обекта показва, че млякото е било използвано широко в праисторията още от времето на най-ранното земеделие, като употребата му се е увеличавала и намалявала в различните региони и по различно време. В следствие на това лактозната персистенция е еволюирала многократно през последните 10000 г. и се е разпространила в различни популации в Европа, Ц и Ю Азия, Средна Изток и Африка. Днес около една трета от възрастните по света имат тези гени.

https://www.bristol.ac.uk/news/2022/july/genetic-dairystudy.html

https://www.nature.com/articles/s41586-022-05010-7 платено

[makebulgar]

Дори и с лактозна нетолерантност хората са можели да се хранят с мляко. Имали са малко повече газове или кратка диария, но нищо по-сериозно. Усвоявали са белтъчините и мазнините, а лактозата е хранила чревните бактерии, което принципно не е лошо. 

Днешния начин на хранене е много по лош, и не ни е проблем да живеем с газове, киселини, диария и други подобни, заради люто, солено, преяждане, мазна и преработена храна.

[kirasirrav]

Да, конкретно за това, неферментиралите млечни продукти трябва да се избягват при хора с тежки форми на непоносимост.

Аз например от малък не обичам прясно мляко и много добре си спомням че дори само след една чаша ( а сега даже ако си сипя малко в кафето ) се появяват почти незабавно тези леки неразположения, но нищо повече.

[boyko]

Нова публикация в Frontiers in Ecology and Evolution твърди, че има следи от човешка дейност в Ню Мексико от преди 37 000 год. Намерените кости от мамути показват следи от умишлено счупване, мястото прилича на касапница и има признаци на контролиран огън и топене на мазнина. Утайката около костите съдържа останки и от малки животни - риби, птици, гризачи и гущери. Липсват ясно свързани каменни инструменти, но авторите смятат, че има достатъчно подкрепящи доказателства. Откритието би дръпнало заселването на Америките доста по-рано от досега предполаганите 16 000 г. и е в подкрепа на теорията за поне две основополагащи вълни - Кловис и общество преди Кловис с различна генетична линия.

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fevo.2022.903795/full

Редактирано Август 2, 2022 от boyko

[tantin]

  On 2.08.2022 г. at 1:38, boyko said:

Нова публикация в Frontiers in Ecology and Evolution твърди, че има следи от човешка дейност в Ню Мексико от преди 37 000 год. Намерените кости от мамути показват следи от умишлено счупване, мястото прилича на касапница и има признаци на контролиран огън и топене на мазнина. Утайката около костите съдържа останки и от малки животни - риби, птици, гризачи и гущери. Липсват ясно свързани каменни инструменти, но авторите смятат, че има достатъчно подкрепящи доказателства. Откритието би дръпнало заселването на Америките доста по-рано от досега предполаганите 16 000 г. и е в подкрепа на теорията за поне две основополагащи вълни - Кловис и общество преди Кловис с различна генетична линия.

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fevo.2022.903795/full

Expand  

Като информация - добре.. Като доказателство - не ми се струва достатъчно. Това че има разни кости натрупани и насъбрани - може да се е получило от утайки, реки, натрупвания, дори и пожари.. Ще чакаме за още.

[Warlord]

Е айде сега, тия хора сигурно могат да различават контролирани огнища от пожари и прорези, направени с остриета от случайни драскотини.

Според мен изображенията от компютърнъта томография изглеждат достатъчно убедителни, като за лаик, но експертното око вероятно вижда уликите и доста по-ясно. А проучването е направо с прецизност на криминално следствие. 

Няма да е лошо разбира се теорията да се подкрепи и с други находки от периода, но изглежда това е само въпрос на време. На мен винаги ми е изглеждало съмнително късна досегашната датировка на заселването на Америките, при положение, че мостът към Азия е съществувал през целия ледников период. 

[tantin]

 

Кръвните групи на Неандерталци и Денисовци.

• Published: July 28, 2021
• https://doi.org/10.1371/journal.pone.0254175

 

(Превод през гугъл)

(Мистериозна) генетична връзка между неандерталците и Австралия
Новият частичен RHD алел, RHD*DIII type4 с c.602G и c.733C, докладван при трите неандерталски индивида, а не при Denisova 3, беше неизвестен при съвременните хора до 2019 г. и неговото описание като нов вариант в индивид от първата нация на Австралия с делеция на RHD Exon-9 или пренареждане с RHCE Exon-9 [29]. По този начин този полиморфизъм не е нов вариант в историческия смисъл на термина, тъй като вече е присъствал около 100 kya при неандерталците. Този резултат подхранва дискусията за събитията на смесване между различните линии, а също и за ранното разпръскване на Хомо сапиенс през Арабския полуостров [44] към Австралия [45] и Океания [46]. За да преценим дали неандерталецът RHD*DIII type4 с c.602G и c.733C е възникнал в съвременните хора от споделено потекло или интрогресия, ние моделирахме модерни хромозоми с високо покритие от Азия и Океания (колекция HGDP-CEPH, публично достъпна, [47]) като мозайка от модерни и архаични състояния, използвайки скрит модел на Марков (вижте S2 файл за подробни методи). Открихме вероятен интрогресиран тракт от 15,7 Kb, обхващащ над 4 екзона на RHD в 5 индивида: 2 HGDP-Brahuis и 3 HGDP-Sepik Papuans (Фигура 4). 3-те Sepik Papuas са хетерозиготни носители на производния алел при rs150073306, който определя алела DUC2 (като по този начин повишава MAF на производния алел почти до 19% в тази популация—виж S2 файла), за който Altai е хомозиготен. Когато се фазира, има почти идентичен хаплотип на алтайския и австралийския абориген в папуаския HGDP00546. Пестелива хипотеза за обяснение на остатъците от RHD хаплотип, често срещан сред всички неандерталци само в 2 съвременни океанианци, предполага, че RHD*DIII type4 с профил c.602G и c.733C е бил пренесен от левантинските неандерталци и предаден на съвременните хора преди 65 kya и маршрута към Югоизточна Азия [48, 49]. Това предположение обаче остава спекулативно, тъй като архаичният трактат беше наречен с ниско ниво на достоверност (>20%). По-кратък тракт (4,6 Kb) все още беше извикан при ниво на достоверност от >50%, но не и при по-високи прагове на достоверност (>90%). Ще бъдат необходими допълнителни анализи, за да потвърдим нашето предположение.

•  

 

[tantin]

  Цитирай

Натиска върху околната среда
Нашият анализ на гените ABO и FUT2 подкрепя факта, че патогените са изиграли основна роля в оцеляването и селекцията на генетични варианти в съвременните и архаични хоминини [50]. Молекулярните основи на архаичните ABO фенотипове, особено за A и B групи, са идентични с тези, открити при нечовекоподобните примати, което потвърждава древна балансирана селекция, споделяна от видовете примати [51]. Заслужава да се отбележи наличието на два несекреторни FUT2 полиморфизма в неандерталски и денисовски индивиди. Към днешна дата несекреторният фенотип не е открит при нечовекоподобни примати [51] и е доказано, че придава по-голяма резистентност към някои вируси със забележима резистентност към Norovirus (подобна на Norwalk, семейство Caliciviridae) инфекция [52–54], което е основна причина за остър гастроентерит в световен мащаб. Като се има предвид краткото съществуване на вируса, подобен на Norwalk, при хората (след неолит [55]), два сценария биха обяснили появата на несекреторната черта при архаичните хора. FUT2 може да се е развил неутрално в хоминините преди късната поява на селективен натиск, по същия начин, както при глюкозните транспортери (GLUT 2 и 12) и G6PD2 с малария [56]. Или, като се има предвид, че хоминидите вероятно са били домакини на някои вируси [57], подобен на Norwalk вирус (или сестринска група) може вече да е съществувал преди 90 000 години в Евразия, причинявайки достатъчно смъртност при малки деца, за да изберат два конвергентни FUT2 алела. Обърнете внимание, че появата на неандерталския несекреторен алел в океан(ийц)ите (жителите на Океания) [26–28] остава отворена.

Expand  

• https://doi.org/10.1371/journal.pone.0254175

[tantin]

За древното смесване между архаични човекоподобни и модерните човеци

 

Има множество публикации, където се обсъжда предполагаемото смесване на съвременните модерни човеци и човекоподобни видове, значително раздалечени по време.  Най-известни са разбира се Денисовци и Неандерталци. Но в западна Африка се предполага съществуването на трети вече изчезнал вид, който е участвал във формирането на съвременния модерен човек.

Доказателства за това се търсят по множество начини. Една такава публикация:

https://doi.org/10.1073/pnas.1109300108

Genetic evidence for archaic admixture in Africa

В това изследване авторите разглеждат подробно участъци в гените, където има значително отклонение, и които се срещат основно в Африка, но почти ги няма в съвременните модерни човеци.  Има основание да се предполага че подобни отклонения са "получени" от смесването с този 3-ти неизвестен подвид от Западна Африка. Но от друга страна процентите на тези отклонения са различни при хората от Конго- Мбути и в Южна Африка, което дава основания на авторите да продполагат че тези смесвания не са били еднократни и на едно място. Възможни са повече смесвания.

 

Пример за такива участъци където има значителни отклонения и където се предполагат следи от това древно смесване:

 

[tantin]

 

[boyko]

Според статия, публикувана в Current Biology, крахът на Старото царство и Акадската империя може да е причинен от епидемии от чума и коремен тиф. В човешки зъби, датирани от 2290 и 1909 г. пр.н.е. от пещерата Hagios Charalambos, остров Крит, са открити следи от Yersinia pestis и Salmonella enterica. Геномът на чумата е от вече изчезнала линия, а двата секвенирани на тифа се групират със съвременни щамове, но вероятно все още не са били напълно адаптирани към хората. Не е ясно доколко заразите са били разпространени и смъртоносни, но, според авторите, евентуалните епидемии може да са оказали влияние на съдбата на двете велики цивилизации.

https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(22)01101-0?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0960982222011010%3Fshowall%3Dtrue

Редактирано Август 9, 2022 от boyko

[boyko]

Опростената гласова кутия прави възможна човешката реч. Публикацията е в Science. Сред 43 вида примати хората се отличават по липсата на подобни на балон ларингеални структури, наречени въздушни торбички, както и на гласова мембрана. Това опростяване на ларинкса позволява на хората да имат отличен контрол на височината на гласа и дълги, стабилни звуци. Промените в ларинкса са настъпили някъде след отделянето ни от нашите най-близки живи роднини, шимпанзетата, преди предполагаемо 6-7 милиона години. В изследването са включени само живи видове, тъй като тези меки тъкани не се запазват във вкаменелости. Оттам неяснотата кога точно са настъпили промените.

https://www.kyoto-u.ac.jp/en/research-news/2022-08-12

https://www.science.org/doi/10.1126/science.abm1574 платено

[boyko]

Нова публикация, която оценява структурата на лицето на праисторическите черепи, подкрепя хипотезата, че голяма част от кръстосването между ХС и ХН се е случило в Близкия изток. Анализирали са черепите на 13 неандерталци, 233 праисторически хомо сапиенс и 83 съвременни човека. Изследването индиректно подкрепя тезата, че Европа е била поизпразнена от ХН при пристигането на вече поомешаните ХС. Надяват се да надградят с разширяване на изследваните черепи, включително такива на натуфианци.

Целят се в С. Африка от преди Сахара да се разшири. То и генетиците натам дълбаят, ама е трудно с мат'ряла.

https://www.mdpi.com/2079-7737/11/8/1163

[tantin]

Излезе новата база с древни геноми на Д. Райх. Версия V.52.

В нея са включени няколко генома от пещерата Бачо Киро.

Какво можем да кажем за тях: много древни са,  стоят близко до човека от Уст Ишим. Единия обаче е по-късен и стои до другите древни европейци. Изследването за Бачо Киро е отпреди година, но сега данните са достъпни в лесен geno формат и няма нужда от конвертирания.